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大吃一惊，因为这些命令并没有被执行，那疯狂的同步率依然在不断上升，驾驶舱没有按照命令弹射出来，整个实验室依然是混乱状态。
“怎么会这样，驾驶舱为什么没有弹射，改变输入命令，快点！”赤木直虽然和碇唯是情敌，她同样喜欢碇源堂，但她却没有乘人之危，而是真心想把碇唯给救出来，毕竟在情敌之前，两人也是最要好的朋友，她不希望自己的好友出现什么意外，就算真的要跟对方抢碇源堂，也要用正当手段。
就在这个时候，原本静止不动的初号机突然动了一下，它抬起右手，接着一巴掌拍在强化玻璃上，那张略带恐怖的脸，以及发光的眼睛，死死盯着强化玻璃后面的碇源堂以及碇真嗣！
也许这下行动有些突然，也许是初号机的样有点可怕，反正年幼的碇真嗣一下倒在地上，身体颤抖着，无法站立起来，而旁边的碇源堂依然面无表情，盯着和自己只有一面玻璃距离的初号机，很认真的盯着对方，接着他用手托了一下墨镜，脸上出现略微复杂的笑容：“这就是你的选择吗…？”
完，他抬起右手，将自己的手放在初号机巨大的右手对面，也许是他的话得到对方的回应，初号机竟然点点头，接着收起自己的右手，重新倒在地上，看着发生的一切，碇源堂低声说道：“真嗣，快点长大吧，因为有些事不受伤、不做出牺牲是实现不了的。”
只是他的话，并没有被吓到的碇真嗣听到，碇源堂也不在意，继续看着下面所发生的一切。
赤木直所有的营救方案全部都失败了，当初号机的驾驶舱被弹射出来并且打开时，驾驶员碇唯消失了，消失的无影无踪，就好像一场魔术，没有人知道她去了什么地方，只有碇源堂明白对方做出什么选择，当这场实验结束后，他离开了，在离开时甚至没有带走碇真嗣，他默默无语的走着，走在深夜的街道上。
……
在电脑前，雷哲将所发生的一切看在眼中，当驾驶舱打开，里面空空如也的时候，他略微摇摇头，他当然知道碇唯的选择和去向，该怎么说，他挺佩服碇唯的，因为她为自己所爱的，重要的人奉献出一切，也许在这个女人看来，自己的丈夫，自己的儿，甚至比这个世界还要重要吧？
“你想让碇真嗣看到人类的光明和未来？却不知道这一次，对他造成的打击有多大，算了，这是你自己的选择，我无法去干涉什么，这里的剧情还是先不要随意改变了。”雷哲搓搓下巴这样说道，接着他伸个懒腰，直接躺在地板上，看着老旧的天花板，他的嘴角浮现笑容。
“算了，我还真有点想要见见这个女人，应该没关系吧。”雷哲说完就消失在房间中。
……
经过今晚的试验，初号机被暂时放回仓库，碇唯的失踪虽然让人不解，但上面的人貌似并不怎么关系，碇源堂在离开后就没有回来，而碇真嗣因为过度惊吓，现在处于昏迷状态，空旷的仓库中除了巨大的机器人，别无他物，而就在这个时候一个人出现在仓库中，这人正是雷哲。
漂浮在空中，他正好在初号机的正上方，看着下方的机器人，虽然外面已经附上强化装甲，但剧情中那独特的独角却没有出现，说实话雷哲看着眼前的初号机，觉得有点别扭。
“……”雷哲的身体渐渐下降，最后当解除初号机的时候，他的身体竟然融合进去，就跟落进水中一样，掀起一圈圈波澜，最终全身都进入初号机内部。
……
实话当进入初号机后，雷哲发现周围的景色很熟悉，因为这正是他当初来到这个世界后，所创造的天空城，也就是传说中的‘伊甸园’，他怎么也没到这个世界的样是这样的。
“这还真是怀念啊，这是初号机的精神世界？应该说是亚当的精神世界？不对不对，亚当的灵魂不在初号机中，既然这样，这段记忆怎么会出现…？”亚当在解封的时候，被分成四个，其中一个变成胚胎，应该说那才是亚当的本体，拥有对方的记忆和灵魂，另外三个巨人分身，在之后被制造成初号机，六号机和八号机。
但这三个巨人都没有继承亚当的记忆和灵魂，只是有对方的力量，比如说初号机在暴走时出现的翅膀，六号机继承的‘天使光环’，初号机和六号机占据亚当二分之一的力量，而八号机单独继承了另一半力量，如果论力量，八号机在所有机型中是最强大的，它甚至已经被称为‘神’的存在。
但不管是初号机，六号机，八号机，都并不完整，只有当四个分身集合在一起后，才是原来雷哲熟悉的亚当，那个人类的始祖之一，当然对方到底是不是人类始祖，就连雷哲也不清楚，因为当他来到这刚诞生的世界时，亚当，莉莉丝就已经存在，甚至连撒旦也是如此。
雷哲不知道对方的来历，因为他也懒得去管，所以在创造‘伊甸园’后，他就让对方居住在这，至于他们怎样做，雷哲甩都不甩，结果才导致后面所发生的事情。
想到那些事情雷哲就觉得头痛，这次的亏吃的真心大，每次想到这里他都咬牙切齿，先不说亚当和莉莉丝，单单是撒旦就让他想抽人。
“唔，不知道碇唯是不是也在这里…”雷哲看看周围的环境，接着他发现远处一颗橡树下，坐着一个女人，这女人的怀中抱着一个婴儿，脸上带着平静的笑容，嘴中轻轻哼起一首简单的歌谣。
“原来是这样，原来这个世界是你创造出来的吗？碇唯…”雷哲笑笑，接着他迈步走向远处的女人，而那个一直低头的女人，在此时也抬起头看向他，脸上的笑容没有减少分毫。
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碇唯，碇真嗣的母亲，碇源堂的妻，也是对初号机，使徒等研究的主要成员。
1999年曾写过一份‘很有趣’的生物工程学报告，得到冬月赏识，这份报告内容不祥，有人新怀疑是a10神经元相关理论的雏形，但雷哲却翻查过相关资料得知，其实早在1999年之前，碇唯就已经开始研究‘a10神经元’，而她在1999年所写的生物工程报告，已经是相当成熟的理论。
在结识碇源堂前就已经是seele其辖下组织的成员，但当时她并非直属seele，而是另一个相关部门，名叫‘gehirn’既‘脑灵’，也就是nerv的前身，后来被改建成nerv，这是在初号机第一次同步率提升到400％，碇唯与之融合后的事情。
1999年秋天前后开始和碇源堂交往，随后2000年参加葛城调查队前往南极，但在第二次冲击前，一同研究被发现的亚当，进行解封研究，但随后没多久她就离开南极回到日本，其中有组织安排的其它任务，也有私人问题，在第二次冲击之前和碇源堂完婚，不久之后第二次冲击降临，二分之一的人类死在这场浩劫中，碇唯因为当时在秘密实验室，所以幸存下来。
第二次冲击过后，碇唯确认怀孕，但她依然坚持参与人工进化研究所的工作，以及e计划，而她所负责的依然跟a10神经元有关，但涉及的东西却变得更广泛。
2001年，第二次冲击过后的一年，碇真嗣诞生，可以说这就是一切的开始，不光是他，基本上所有在日后登场的驾驶员，都在同一年出生。
在接下来的三年中，碇唯因为解除的研究越来越多，导致她所知道的事情也越来越多，包括seele高层所要执行的‘人类补完计划’，而在这个过程中，碇源堂也靠自己的本事，做到研究所所长的位置，并且开始解除更多的秘密。
作为研究的主要参与人员，碇唯并不赞同seele的计划，碇唯是打算将人寄生于eva上，获得永久寿命。
与人类补完计划不同，这里没有因为人失去形体而相互融合的打算，为此与初号机的融合是必不可少的，因为在研究的过程中，碇唯发现一些突破性的问题，但他并没有将其告诉seele，也正是因为如此她参与了之后的试验，并且在高达400％的同步率中，不管是身体还是灵魂都与初号机融合。
而在这之后，碇源堂所努力的方向也发生变化，‘人类补完计划’将人类从原罪中解救出来的计划，即将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的at力场，使每个人回归lcl之海，而碇源堂的补完不同，他只是想通过补完自己，让自己见到碇唯，两者的冲突导致了最后nerv与seele的矛盾。
死海文书上预言的最终事件，也是seele试图实现的最高目标。
这一冲击是由亚当和莉莉斯的结合所触发，并最终创造一个继承地球上所有人类的神的存在。
nerv和seele的目标，是确保由人类而不是使徒来触发第三次冲击，即‘人类补完计划’。
为实现这一计划，人类必须击败守护‘生命之树’的使徒，也正是因为这个原因，才会有以初号机为代表的兵器，来击溃剩下的使徒。
不过说实话，seele的高层并没有将死海文书完全解读明白，应该说死海文书上记载的内容，和真正发生的事情并不一样，可以说死海文书的内容只是后来人类经过代代口述，然后经过对神的崇敬，美化出来的版本，如果用真实的事件去记录当时所发生的一切，肯定会有很多地方和神话传说不符，比如说神并不爱人类，神并非有节操，神只不过是个宅男，一个吃饱睡，睡醒了吃的年轻人而已，他甚至没有想过帮助任何生物以及人类，甚至没有创造过所谓的世界。
但死海文书有一些地方所记载的没错，那就是上面所记载的预言，按道理来说，因为雷哲的关系，2000年所发生的事情应该看作第三次，更早的一次是发生在世界之初，那会是正儿八经的神话时代，天使，神，魔鬼，以及人类共存的时代。
那个时代的人类所拥有的科技，甚至比现在还要发达数千年乃至上万年，传说中的亚特兰蒂斯就属于那个时代人类的产物，只不过在第一次冲击中，亚特兰蒂斯，以及所有的天使，魔鬼都消失殆尽，留下的只有残缺的古卷，这是比死海文书还要古老的卷轴，应该说死海文书就是翻译这古卷后的结果。
在古卷中，天使，魔鬼，神，亚特兰蒂斯的灭亡，被称为第一次冲击，但最终并没有被记载下来，古卷中还记载着接下来所会发生的事情，比如说后来所谓的第一次冲击的‘大洪水’，也有人说第一次冲击导致恐龙灭亡，各种说法并不统一。
第二次冲击就是2000年，亚当解除封印时产生的灾难，而第三次冲击，就是最后的补完计划，让人类重归神的怀抱，或者说让人类成为这个世界新的神灵。
不过应该怎么说，剧情的主角的确是碇真嗣，凌波丽，明日香，但在雷哲看来真正贯穿整个故事发展的人，却是只出现回忆中的女人，碇唯。
更详细地说，把碇唯说成是具有知性美的圣母也毫不为过，她生性淡薄于一切，平和于人生。
跟她在一起，能够让人心底宁静，碇源堂之所以爱她如此之深，就是因为碇源堂一生充满了利用与利用，只有在碇唯这里，他才可以获得心灵的宁静。
虽然不想去改变整个剧情，但雷哲却很想见见这个女人，虽然说碇源堂最终的愿望就是进入eva见到碇唯，但他最终也没实现这小小的愿望，因为这必须和亚当融合，或者说进行补完才可以做到，不过这种事对雷哲来说并不困难，因为不管是精神世界，灵魂世界，还是物质世界，他都能来去自如，当然只是稍微麻烦一点而已。
……
眼前的世界，的确是自己当初制造出来的天空城，只不过其它生物将这里称呼为‘伊甸园’，神所居住的地方，说实话当初雷哲并没说明自己的身份，但也许是因为力量最强大的关系，不知从什么时候起，智慧生物就称自己为‘神’。
其实抛开《反叛的鲁鲁修》那个变成自己掌中神国的世界，这里才是雷哲第一次掌握的世界，他就是这个世界的管理者，而也从这个时候开始，他才真正算一个‘真神’，只不过他的情况依然有些特殊，那就是这个世界是从阿礼所冒充的真神中以决斗的方式赢来的，也就是说这是他的私有财产，如果没有意外，这个世界也将成为继《反叛的鲁鲁修》外，雷哲所拥有的第二个掌中神国。
而他在这个世界也不再是平凡的管理者，他有权力去改变世界的进程，走向，发展，以及所有的一切，他可以把这个世界变成魔幻世界，变成仙侠世界，变成科幻世界，变成任何他想要的世界，原本这种世界养成是很不错的游戏，而雷哲最开始也的确想要把这里改编成自己所希望的样，可结果却让他很悲催，就连他自己都说，他是有史以来最倒霉的真神，有谁能想到他会被自己世界的生物联手给封印起来？
这周围的世界并非初号机的精神世界，而是碇唯所幻化出来的，就跟之前所说的，亚当的灵魂在那个胚胎