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最初雷哲所提供的a10神经研究成果，为的就是替那些凡骨，比如说明日香，真希波，碇真嗣还有铃原东治来提升同步率的，结果到现在他发现那些咒印根本就没必要，先不说渚薰和明日香那夸张的数据，就真希波也有80的同步，看来自己当初的某些设定又要白费了。
“他对我们的计划至关重要，也只有他才能更好的驾驶初号机，渚薰的同步率的确高，但他并不是我想要的。”碇源堂的声音一如既往的没有什么波动，他在说完这句话后，被双手遮挡的嘴微微翘起，笑了一下，不过他的笑容却没有被冬月耕造看到。
“接下来也许要发生很多事情呢，之后的事情也要拜托你了，冬月。”碇源堂说完挂断通讯，房间内再次恢复平静，大概一分钟后，碇源堂接通某个人的电话，接着说道：“我这里已经有研究成果了，死海文书的最后一句已经翻译成功，神其实早在十五年前就已经出现了，只不过他用普通人的身份行走在这个世界上。”
“你已经知道神的身份了吗？你确定不是在骗我？”
“抱歉，我只是知道神已经出现，但他是谁我并不知道，但我想有人会知道这个问题，你不觉得奇怪吗？比如说雷哲拿出的那些研究成果，以及那些不属于现在文明的科技，虽然我们调查过他相关的所有事情，但某些东西依然没有进展，我不相信这一切都是他自己研究出来的，如果说这个世界上有谁知道神的下落，那我觉得也只有他才知道这个情报。”
“是吗？其实我们早也已经怀疑他了，只不过到现在他都没露出什么马脚，而他也一直都在我们的监视下。”
“如果他真的和神有关，那你觉得自己的手段对他有用吗？现在不管他是否和对方有关系，我们都不能对他做什么，只能等待时机的到来。”
“时机，你是说？”
“没错，就是人类补完计划的成功，到那个时候神不出现都不可能，在这之前没必要去主动寻找对方的踪迹，对方可是神，不是我们这些凡人能够随意找到的，不是吗？”
“……”
通讯器的另一端陷入沉默，大概几十秒后对方说道：“这件事就交给你去做吧，就像你说的现在不是纠结这件事的时候，等到人类补完计划真的成功后，我们就会见到那个人吧，那个时候希望神能够原谅我们人类所犯下的罪孽吧…”对方说完就结束通讯，而碇源堂却笑起来。
“神会原谅人类犯下的罪孽？如果你知道神并不关心这种事，会不会惊讶呢，他才不在乎人类会变成什么样，因为他根本不关心这个世界，不要说人类补完计划，就算这个世界灭亡他也不会多说什么，对他来说这个世界只是一个小小和‘盒’罢了…”
碇源堂的表情首次不再像原来那样冰冷，他看向办公桌上摆放的相框，里面是碇源堂，以及自己的妻碇唯，还有刚刚出生的碇真嗣。
“神什么的，根本就不重要，人类什么的也根本不重要，我想要的，只是希望能和你永远生活在这个世界，为你我可以放弃一切，甚至心甘情愿变成一个人类，很快我们的愿望就会实现了，永远的生活在一起，永远永远…”
“你还真的很喜欢碇唯呢，没想到我们的撒旦竟然会为一个人类而付出全部感情，当年的莉莉丝也没得到你这样的爱吧？”办公室的黑暗角落中，走出一个人，金色的双马尾，虽然已经十四岁，但她还是抱着一个布娃娃，这个人不是别人，正是明日香，她的突然出现并没有让碇源堂惊讶，因为对方总是会很突然的出现，然后消失。
“今天你竟然会跑到我这里，怎么不留在雷哲的身边，难道说你对他已经厌烦了？”
“你在开玩笑吗？我只是突然想来看看你而已，看来你今天过的也很开心，还是跟原来一样不断的算计别人，我想知道这个世界上有谁不会被你算计，碇唯吗？又或者说是碇真嗣？”明日香笑着问道，她知道碇源堂是撒旦，但她却没有告诉雷哲，虽然她觉得对方已经猜到些什么，但这最后的窗户纸并没有捅破，雷哲好像并不着急揭穿碇源堂的真面目。
“这种事有什么好说的吗？你又不是不知道我这些年所经历的事情，今天你找我不是为聊天吧，有什么事吗？”
“你还记得我们当初的约定吗？”明日香这样问道，而碇源堂点点头说道：“当然，我替你封印雷哲，施行人类补完计划，而你帮助我摆脱亚当，这种事情我一直都没忘记，而且也很快就能实现，不过我现在稍微有些担心，你要帮我怎么摆脱亚当。”
撒旦和亚当的关系貌似有些复杂，变成渚薰的亚当迫切的想要找到撒旦，并且恢复对方的记忆，但他并不知道撒旦其实已经恢复记忆，而且还是很早很早之前就已经恢复，而他跟亚当的做法完全不同，他想要逃避亚当的寻找，为此甚至不惜和当时的夏娃，也就是现在的明日香达成某种交易，而这交易就是撒旦封印雷哲并且实施并让人类补完计划成功，而明日香帮助他摆脱亚当。
至于亚当和撒旦为什么会这样，除少数几个人外，并没有人知道原由。
“找个地方把亚当永远的封印，实在不行我就帮你灭掉他？”明日香说的很轻松，甚至在说道要干掉亚当时，表情都没有任何变化，而碇源堂却摇摇头说道：“封印可以考虑，但你答应过我不会伤害他的性命，到最后请你把亚当永远的封印，至于封印在什么对方我就不管了，不过有一点你要保证，就是他永远都不会出现在我的面前！”
“呵呵，看来你真的很讨厌亚当，还亏他一直在找你，算了算了，这是你们两个人之间的事情，我这外人不好插嘴，不过既然是当初的交易，我就一定会完成，如果你办不好这件事，我会亲自把你送到亚当的面前。”
明日香笑着说道，而碇源堂点点头：“我一定会做到。”
“既然如此，就拜托你咯，好好加油吧。”明日香说完就消失了，而等她离开后，碇源堂才摇摇头：“亚当啊亚当，你这是何苦呢，对于你的执着我实在懒得吐槽了…”
亚当和撒旦过去究竟发生过什么，我们暂且不提，让我们去看看其它正在发生的事情。
雷哲所居住的地方现在已经满员了，绫波丽，明日香，渚薰，真希波都住在他的家里，再加上雷哲，奈莎和赛米拉米斯。
奈莎还是保持巨龙的性格，每天除吃饭就是睡觉，就算醒过来也要粘着雷哲，不过最近雷哲总觉得奈莎跟原来有些不太一样，比如说长高了，原本非常贫瘠的胸部也开始发育，总觉得和过去比好像大了一圈的样，难道说这万年萝莉终于向御姐进化了？
赛米拉米斯除在家休息外，就是在学校和nerv进行自己的工作，闲暇的时候她还是会去旧东京的废墟去帮助难民和流浪者，偶尔会跟雷哲聊聊天刷刷好感度，或者做做饭显摆一下自己的手艺，这让奈莎是各种羡慕嫉妒恨，奈莎这头巨龙是完全跟厨房无缘了，那种能够当作生化武器的死亡料理也只有雷哲一个人能吃下，上次亚当不信邪唱了一口，结果三天没有缓过劲来，醒来后第一句话就是看到某个老爷爷在河对面向自己招手。
真希波彻底变成cos女，然后在对雷哲说话的时候结尾总是会带一个很萌的‘喵’字，但在跟别人说话时态度相当恶劣，尤其是跟明日香两人是一天一小吵，两天一大吵，互相嘲讽拉仇恨什么的。
亚当这个货是让雷哲最无法吐槽的人，他总觉得亚当很熟悉，自己貌似见过类似性格的人，结果明日香一句话让他恍然大悟，怪不得这么熟悉，原来亚当很像自己。
总是带着微笑，看上去安安静静，却总是知道对方在想什么，但偏偏有时候做事很操蛋，说话很无节操，经常会让人觉得这种人就不应该出现在这个世界上，应该直接去死。
绫波丽还是老样，三无女神，没事就是看看书，要么就是发呆，总觉得这为少女看上去很平静，但实则却想着很多东西，而她有时候会问雷哲一些很有趣的问题，比如说人类的感情究竟因何而来，比如说人类究竟该如何沟通，让知道对方自己在想什么，怎样消除人类之间的隔阂。
对于这些问题雷哲实在没办法解答，他总觉得现在的绫波丽很像当初在山洞中的奈莎，对什么事情都抱有强烈的好奇心，别看她平常很安静，但思考的东西却很有深度，而她也跟原作中的那个绫波丽不同，虽然同样是三无属性爆表，但雷哲总觉得双方有很大的差别，用明日香的话，就是原作中的绫波丽是一个被人牵线的木偶，而现在的绫波丽，却已经学会如同去思考。
“你应该知道人类补完计划吧？这个计划，就是为了消除人类之间的隔阂，只不过这种事真的那么容易做到吗？”雷哲笑笑，接着他将一份报告交给明日香，这里面所记载的东西，就是类补完计划》的全文。
人类，占据智慧之果的物种面临著危机，诚信的危机。
人和人之间的距离其实就是人类之间心灵上的隔阂。
心魔蚕食着人类的心。
看不懂身边的人，身边的人也看不懂自己。
暴力、犯罪、性冲动、欺骗都是人类保护自己的卑劣的手段。
照相机能够拍下人的表情，可以揣摩人的思想，但是没有东西可以了解人类的心灵。
人类的精神已经受到了太多的污染；人类的肮脏已经到了无法挽回的地步，只有重新回归母体，重新开始人类的历史才能避免悲惨的结果。
阴天压抑著人的心灵，雨水刺激著人的兽性。
人类需要觉醒，需要回归。
性，人类的动物冲动构成了人类社会，
也给人类心灵造成了巨大的影响。
性犯罪，男女不平等各种和性有关的事务是心灵的缺陷。
崇高的性在现代社会成了污秽，西方国家经历性革命之后对性又恢复到几世纪以前的态度。
在东方，性依旧是朦胧的，不充分的了解促使性沦为道德的垃圾。
性，人类最基本的分类需要补完。
性的补完不是生理上对男女性器官结构的改造，
而是人类对性心灵上的补完。性应该从压迫的含义中释放，男女平等。
带有攻击性的阳物不是压迫的暴力工具，而只是完成性行为的必要道具。 被动的阴部则是包容对方的容器也是通往诞生的通道（the passage birth）。
生命的诞生需要这两种物件。
摆脱性的压迫，重新面对性是女性完成性补完，人类补完计划之一的必要条件。
而男性放弃虚伪的暴力回归母体也是补完的一部分。
性补完是双方的，单方面无法完成补完。
女性作为生命诞生的容器对男性回归有无法抵挡的吸引。
妊娠，生命的徵兆，昭示着罪恶的轮回。
莉莉丝（lilith）在召唤人类的回归，女性在召唤对方的融合。
补完在性的复苏和回归之后开始。
事物的占有，是人类发展的开始，也是人类灭亡的徵兆。
财富的占有把人类的自私膨胀到了极点，心灵已经受到了污染，而这种污染随着物质社会的发展不断扩散，
最终人类的心灵会被没有生命的物质所控制而被引导至灭绝的地域。
对现有的不满足刺激人类利用智慧之果不断创造出新的物质来满足人类天生缺陷的心灵。
心灵的缺陷永远无法通过创造来填补。
这种填补只会扩大心灵的缺陷。
原本黑色、代表沉睡的夜晚被人类创造出来的火破坏。
血腥的食物被人类扭曲了原本的含义。
创造是灭亡的先兆，灭亡是创造的最终结果。
人类走向灭亡，伴随著坏死的心灵。
心灵的缺陷无法通过创造来补完。
只有心灵的忏悔才能完成心灵的补完。
只有慢慢消亡的占有**才能达到最终的补完。
自灭是现在唯一的自由。
淡化生存的空间，满足现有的状态才能慢慢的停止缺陷的扩散。
人类，为了自己所创造出来的东西而自残。
放弃虚幻的物质，放弃引向灭亡的创造，和万物一起呼吸才能补完坏死的心灵。
智慧之果是人类创造世界的工具，也是被永久剥夺生命延续的缘由。
智慧，是死亡之树的毒果，把人类引向了地狱的大门。
人类的智慧是欺骗自己和欺骗自然的技巧，而自然对人类的智慧表示了最大的嘲讽和报复。
恶化的环境、越发复杂的人类之间的游戏、失败者悲惨的结局都是人类最终走向灭亡之路上已经付出的代价。
人类最终会接受来自自己的末日审判。
人类的智慧没有因为一代代人的消逝而消逝，反而更加散发出更加耀眼的黑色之光。
人类心灵隔阂的造成都是源自积累的智慧，没有智慧，人类可以永远生活在和谐的自然之中，和其他生物一起缘生缘灭。
而智慧的传递