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然而，在教皇权力的膨胀之中，异端的概念也随之扩张，不仅包括了裂教、叛教、异教这些内涵，而且还从宗教向政治渗透：在坚持君权神授的政治信条之下，英诺森三世对西欧各国国王施行加冕礼并拥有废黜权，甚至动用十字军进行讨伐，以达到控制各国内政的目的。公元1215年，英吉利国王被迫在限制王权、保障臣民权利的《自由大宪章》上签字，当英诺森三世了解到这一情况以后，便立即以教皇的名义宣布《自由大宪章》无效，否则从国王到臣民将一律受到开除教籍的惩罚，这是因为：“主交给彼得治理的不仅是整个教会，而且是整个世界！”Ⅸ。43 在信仰的天平上
即使是在教皇国的鼎盛时期，即使是如此具有魄力的教皇英诺森三世，也不可能做到既治理整个教会，又治理整个世界。这是因为其所面对的宗教是如此之多，世界是如此之大，实际上，就其有可能治理的基督教教会与西欧各国而言，除了东正教与天主教无法真正统一以外，西欧的国王们也不是个个都接受这一治理的。所以，这个关于治理的权力梦，甚至在收复圣地耶路撒冷上也不能实现，只好实现在对于天主教异端进行惩罚上了，这就是为什么十字军的长矛要对准异端分子的最大缘故。
1208年，英诺森三世决定对居住在意大利北部与法国南部富裕地区，以法国阿尔比城为中心的阿尔比派进行治理，因为阿尔比派只承认上帝，而把基督耶稣当做最高受造之物，圣灵做为受造之物是众灵之首，拒绝一切教阶与圣事，自认是“纯洁的”教会。于是，英诺森三世到法国北部煽动当地贫穷的贵族与骑士组成十字军，宣布凡是参加讨伐异端的十字军成员一律不受国家法律的约束，并且教会赦免他们的一切罪行，还免付债务的所有利息，实际上即鼓励十字军对阿尔比教派大开杀戒，大肆抢劫，以此来对异端进行惩罚。
当十字军开进阿尔比教派地区的时候，由于该派信徒众多，难以迅速地将天主教教徒从当地居民之中一一加以分辨，使惩罚异端的行动一时间不便展开。这时候，随军的教皇代表下令：“只管把他们通通杀光，让上帝去分辨谁是他的人民！”血腥的大屠杀开始了，于是发生了骇人听闻的屠城事件：
比埃塞给攻陷，我们的人对城中的居民不管其身份、年龄、性别，一律不饶，死于刀下的约有2 人。大量的敌人被杀死，整个城市被烧毁，这是上帝惩罚的最好说明。
然而，对于阿尔比教派进行如此灭绝性的镇压，反而激起了对方的顽强斗志，十字军的讨伐行动屡屡受阻，双方僵持不下，使这一次的十字军圣战一直延续到20年以后。在1229年，由于法兰西国王派出大量的精锐军队加入十字军的行列，才使得这一场圣战宣告结束。可以说，圣战的终于完结使罗马教皇意识到动用十字军来讨伐异端付出的代价实在太大，一方面是对基督教教徒使用武力进行镇压所造成的巨大生命损失将有害于天主教的声誉；一方面是必须将所有可能出现的异端思想与个人迅速地加以制裁，以免形成异端教派以后难于消除，从而直接促成了以所谓宗教法庭的形式来对异端行为进行惩罚。于是，以制造宗教恐怖而闻名的异端裁判所也就应运而生。
随后，正是在这阿尔比教派惨遭镇压的1229年，罗马教皇举行了土鲁斯会议，专门就十字军讨伐阿尔比教派的圣战进行经验总结：首先是鉴于阿尔比教派很善于运用对于《圣经》的文本阐释，以上帝的教义与罗马教皇相抗衡，并且攻击天主教，于是决定禁止任何平民信徒，也就是没有担任圣职的一般教徒购置《圣经》，同时，除非教皇允许，禁止使用民族语言译本的《圣经》；其次是成立异端裁判所，代表教皇对异端进行审判，任何人凡是知道异端分子活动以及发现违反教规行为，应该向地方主教报告，而地方主教必须上报异端裁判所，以便及时进行审判与惩罚，防止异端的出现。
异端裁判所作为向教皇直接负责的宗教法庭，裁判官具有极大的权力，除了教皇以外，裁判官不受任何一级教会的控制与约束，有权解释教会与国家的法规。如果被告在公布罪名的一个月内不自行认罪，裁判官将主要根据罗马习惯法来进行秘密审讯，在对原告姓名保密的情况下，拒不认罪的被告会遭到严刑拷打，并且在被定罪以后，处以佩戴黄色十字架、没收个人财产、监禁甚至处死的惩罚，因而挟私忿而告密的情况屡有发生，一时间使人人感到自危，特别是在教皇国处于鼎盛期的大半个世纪之中，西欧各国充斥着一派宗教恐怖的气氛，从而为所谓中世纪的黑暗抹上了一笔浓重的阴影。
随着教皇国鼎盛期的过去，对于异端的惩罚主要集中在异端神学家及其宗教改革之上。因为随着王权的逐渐崛起，罗马教皇已不得不从世俗政治事务之中退出，转而企图对教徒的灵魂进行全面的控制，以保住天主教教会在这一方面的最大权力。因此，正如教皇国鼎盛期具有代表性的正统神学家托马斯·阿奎那在他的《神学大全》之中所认为的那样：“凡犯有异端罪行的，不仅应该革除教籍，还应处死，从世上清除。伪造钱币是为了维持肉体生命，而异端活动腐蚀、毁灭灵魂，性质比伪造钱币远为严重。世俗君主对伪造钱币犯判处应得的死刑，对异端分子就有充足的理由判处死刑。”
这样的处死异端的逻辑推导来自经院哲学所独具的论辩方法：提出一个命题以后，再分成若干层次，于是就引经据典地进行讨论。在《神学大全》之中，托马斯·阿奎那运用亚里斯多德哲学来进行神学讨论，使神学在中世纪成为包容一切知识的“科学的皇后”。这一神学的意识形态性的无限扩张，适应了罗马教皇全面控制教徒灵魂的现实需要，罗马教皇不仅在其去世半个世纪以后的1323年宣布他为圣徒，并在1327年敕令编纂其著作来作为天主教神学的规范，更在1557年宣布其为“普世教会博士”，从而使之成为天主教正统神学的代表。
从哲学的层面上来对《圣经》之中的基本命题“上帝的存在”进行讨论，托马斯·阿奎那无疑达到了神学的最高水平：从宇宙存在的因果律来看，在事物运动的过程之中，一个事物的运动总是要受到另一个事物的推动，而必定有一个不受其他事物推动的推动者，这就是上帝；由此而推及现象世界，果因相连，必须有一个最初的动力因。这就是上帝；再推及从可能成为必然，以自身存在的必然性而赋予其他事物以必然出现的可能性的，这就是上帝；又推及事物是否真实存在的等级程度，必定有一个最高的真实存在，使一切事物得以真实地存在，这就是上帝。同时，托马斯·阿奎那最后还从宇宙存在的目的论出发，认为一切生命存在都为某一个目标而活着，而指导其达到目标的就是安排世界秩序的最高智慧，这就是上帝。
尽管托马斯·阿奎那运用了哲学阐释的方式来论证神学的基本命题，但是，他仍然承认神学与哲学的的差别：哲学是根据人的理性来认识“理性真理”，因而属于自然神学；而神学则是根据上帝启示来呈现'启示真理“，因而属于启神学，从而使理性真理从属于的启示真理，自然神学从属于启示神学，也就是哲学从属于神学，因为来自上帝启示的”恩典“并不否认一切为人所能认识的”自然“，恰恰相反，上帝的启示是要成全人的理性，使人因信仰而认识上帝，特别是去认识上帝是作为世界的创造者而存在的，既然上帝能够创造世界，也就能够毁灭世界，被造之物的世界也就不可能是永恒存在的，人必须坚信上帝才能得到永生。
在这里，托马斯·阿奎那在《神学大全》中的哲学论证，实际上是再次论证了他在《反异教大全》之中所进行的有关神学的讨论，而这一讨论是采用教义阐释的方式来进行的。所以，罗素在《西方哲学史》中指出：对于这位天主教哲学家来说，“最重要的著作是《异教徒驳议辑要》，写于公元1259至1264年。这书通过和一个尚未皈依基督的假想读者的辩论来确立其基督教真理；有人推测这位假想的读者，是通常称为被认作精通阿拉伯哲学的那种人。他还写过一部名叫《神学大全》的书，这书的重要性几乎与前书相等，但它却不太叫我们感兴趣，因为它的议论不以基督真理为前提者较少。”
这就是说，《反异教大全》中的大部分内容主要涉及到与异教徒的驳议，具有较为开阔的哲学眼光与思路，其余部分才展开了神学的教义阐释，显示出哲学与神学之间在讨论中的某种分离，因而对于哲学史而言，无疑具有更大的意义。至于《神学大全》，因其主要是对于神学的哲学讨论，在某种意义上是对《反异教大全》的更为神学化的哲学式重复，因而罗素作为哲学家及哲学史家，对于《反异教大全》更感兴趣，也就不足为怪。不过，对于天主教神学来说，《神学大全》则是正统神学的代表之作，因而它的作者被尊为“经院哲学家的最高领袖和导师”。
在《反异教大会》之中，托马斯·阿奎那除了提出人们可以通过理性、启示等途径去认识上帝以外，还特别强调了罗马教皇的至上权，不仅是要以天主教为首来统一基督教，而且要求以天主教的教义阐释来统一对于《圣经》的阐释，因而东正教受到他的严厉谴责。尤其是在“和子句”问题上，他坚持圣灵“发自圣父和圣子”，同时指出基督耶稣虽然由圣灵受胎，但不能因此而认为基督耶稣就是圣灵的儿子，从道成肉身的教义来看，基督耶稣只能是上帝的儿子，由圣灵受胎不过是上帝亲临人世的一种方式，因而圣父与圣子不可分离，在“三位一体”的立场上来看，圣灵将出自圣父和圣子也就顺理成章。
可以说，托马斯·阿奎那更主要地是一个神学家，而不是一个哲学家，尽管他将神学阐释上升到了哲学的层面上，正如罗素所说：“阿奎那没有什么真正的哲学精神。他不像柏拉图笔下的苏格拉底样，始终不懈地追逐着议论。他并不是在探究那些事先不能预知结论的问题。他在还没开始哲学思索以前，早已知道了这个真理，也就是天主教信仰中所公布的真理。若是他能够为这一信仰的某些部分找到明显的合理的论证，那就更好，设若找不到，他只有求助于启示。给预先得出的结论去找论据，不是哲学，而是一种诡辩。”
由此可见，是探究未知的真理，还是证明既存的结论，这就是神学与哲学之间的最大差异，因而在神学家对于《圣经》的文本阐释之中，一方面是通过教义阐释，在对各项基本教义进行理论性阐释的基础上，形成了具有体系性的教义神学，这是基督教神学的主体，出现了天主教、东正教、新教等不同教派的系统神学；另一方面是通过哲学阐释，在对宗教信仰进行抽象而繁琐的辩证性阐释的基础上，形成了具有正统性的经院哲学，这是天主教神学的主导，出现了阶段性的发展及流派。
中世纪的天主教神学家，在通过哲学阐释而建立正统神学的同时，也通过教义阐释促成神学异端的出现，在与正统神学相抗衡之中，虽然遭到异端裁判所的残酷镇压，但是，却为宗教改革乃至新教的形成，提供了必需的思想动力与思想资源，因而神学异端实际上已经成为基督教发展的内在驱力。值得注意的是，在哲学阐释与教义阐释之间，并非是对立的，至少在阐释方式上，哲学阐释所具有的理性化的逻辑推导形式，将有助于教义阐释的多层化，促进对于教义本质进行把握；而教义阐释所具有的文本化的原初意义追寻，将有利于哲学阐释的具体化，达到对于信仰的本体认识。
正是因为如此，可以说在正统神学与神学异端之间是相反相成的，而在哲学阐释与教义阐释之间则是相辅相成的，它们共同推进了神学的发展。所以，从这一意义上看，尽管异端裁判所在西欧各国普遍存在着，但是，神学异端的出现却难以避免，特别是当这样的神学异端适应了教权逐渐衰落而王权逐渐上升的现实政治需要的时候，神学异端在遭到罗马教皇的异端裁决之时，往往会得到王权的某种保护，尤其是在王权较为强大的情况下，罗马教皇的异端裁判不是难以奏效，就是成为国王镇压反叛的政治手段，进而宗教改革运动的冲击，更是使异端裁判所形同虚设。
被视为宗教改革先驱的的英格兰神学家威克里夫，先后担任牛津大学神学教授、国王侍从神甫，在1474年，被国王任命为�