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显然，这种进化理论是仅局限于人的感官所能及的范围内，即只是针对我们地球上人类所能耳闻目睹的生命类别，通过进行外部现象的表层观察与归纳假设，所提出的一种十分不完善的理论。所以这种理论也像科学上的其他许多理论一样，不断地被后人修正和否定，比如近代由于分子生物学的发展，人们又根据不同物种中，具同一功能的基因其结构相近程度，提出了新的分子进化理论，否定了达尔文根据生物之间不同的解剖学特征所归纳出的物种进化顺序。但这种新的进化理论同样是不究竟的，它也仅触及生命的表层现象，而没有深入到生命最深层的本质，所以同样会被以后的理论所推翻。
生命问题是现代科学的重大课题，同样，它也是佛教的关怀所在。释迦牟尼佛因悲愍众生而发愿让一切众生离苦得乐，为彻底明了生命的本质，通过往昔长劫勇猛地修习菩萨的六度万行，最后证得了最圆满的智慧。所以佛家的动机和起点就是相当高的，故佛陀无所不知的智慧眼里能洞见十方无穷的世界，现见有情世界的种类不仅限于地球上的动物和人类，而是遍于虚空界的整个六道众生，并且指出不单是每一个有情根据自己不同的善恶业而于六道中不断地升进和沉沦，而且人类社会也是依据人们共同所造的善恶业而兴盛发展或退堕衰败。比如从佛经中描写的人类历史来看，当人们行善的时候，身高寿命皆普遍增长，人寿可增至八万四千岁，其福德几乎与天等同；而人们行恶时，则福德日减，灾害渐多，内心烦恼痛苦也剧烈增盛，比如人寿减至只有十岁时，人类身高也仅为一尺，社会上饥馑、瘟疫、战争等灾害普遍流行，人的生活相当于动物一样。并且佛陀更进一步指出，从本质上讲，这一切外部现象与内心的苦乐诸种感受，皆是因为众生的无明我执的妄心所生，如佛经云：‘众生从业生，心断业非有。’
达尔文的生物进化论，只是从生物的外表形态与结构出发，而没有深入到有情世界内心的奥妙，于是得出生物和人类的进化是遵循著“自然选择，适者生存‘的竞争原则。这一错误的结论，结果导向人类有意或无意中走向凶暴与自我毁灭的道路。比如，人与自然动物竞争的结果是自然界中的土地、大气和水受到了严重的污染，人类的生存环境遭到重大的威胁，比如在欧洲，著名的河流莱茵河中已鉴别出近30余种的有害物质，河流中的鱼虾近乎绝迹。人与人竞争的结果，是个人和国家的安全感都在日益地减少，人类随时都可能遭受全部毁灭。所以，在同自然和社会的适应过程中，科学虽然想给人类带来福乐，但由于不知道内心世界的奥秘，最终还是适得其反，如佛教中著名论典《入菩萨行论》所说：’若不知此心，奥秘法中尊，虽避苦求乐，无义终飘泊。‘
科学由于自身的缺陷，给人类社会带来了许多的弊端，现在许多有识之士越来越认识到这一点。而佛陀的智慧包含过去、现在、未来的一切时间和十方无尽空间，生命和宇宙的本质均无余现前，故有西方许多的科学信徒也都纷纷到佛教这块圣地来寻求有关指明宇宙、人类社会发展方向的真谛。比如1999年5月至6月，包括有16个国家（其中美国最多，其次为瑞士、德国、法国、加拿大、英国、意大利、澳大利亚、日本、印度、荷兰、西班牙、葡萄牙、新西兰、墨西哥、越南）的182位以欧美佛教徒为主体的大型佛教访华团来中国参访学佛，他们说：西方人对物质的追求已有好几个世纪了，但科技的发展并不能解决人们的很多问题，相反，造成人们对现实的迷茫、精神空虚，他们认识到东方文化尤其是佛教有著深邃而珍贵的精神财富，西方人仅在西方学佛还不够，这次就是专门到中国来学习佛法的。
世界上最大的谜是什么
现在的科学在探索研究外部物质世界的同时，也发现了某些规律，解开了一部分自然之谜，但是世界上万事万物的奥秘是无穷无尽，科学家何时何日才能解开这一切所有的谜呢？！其实一旦把其中最根本最重要的谜底解开，这所有一切都自然迎刃而解了。这宇宙无穷无尽个谜中最大之谜就是‘我是谁’这一人类自身之谜，可惜科学仍然涉及不多。在科学上，对于用来观察外部物质世界的仪器的原理、性能、精确度等情况，一个研究人员若是毫无所知的话，那他所得到的研究结果就是可想而知的一塌糊涂了。同样地，科学过去现在以及未来所能取得的所有一切成就，皆是因为我，是一个个的科学家的自身的我发现了什么现象，是我在思索，是我制造设计了某某仪器，是我总结出了某某规律，建立了种种的理论，但我究竟是什么？科学对此问题的回答却显得是那样地苍白无力，这就相当地奇怪了，科学家们所发现的那些规律和理论也由此而显得很成问题。
现在我们很多人执著于外界的许多东西，去追逐外面各种各样形形色色的世界，但实际上真正去观察自己内心的话，这个能感知的我又到底在什么地方呢？用佛教观察五蕴的方法即观察自己的肉身、感受、思想等各个要素，会发现我的本质的存在性是非常地深奥。全部的身体还是身体的部分是我？如果全部身体是我，那我的一根头发掉在地上的时候，我也就失去了一部分，这是不能承认的；如果部分是我，我执也就成了很多的了，但这显然违背了我们平常的执著，因为对于我是只执著一个，从来没有执著很多个的。这样还可以很深入地分析下去。所以经过详细地观察，会发现我是不存在的，所有的万事万物以‘金刚屑因’和‘一因多因’等来观察的话，也全部都变成了虚空，没有一点可靠。这些关于无我和空性的道理，是佛教里最甚深的，一般对佛法不怎么了解的人不一定会理解。当由此而诽谤会造下非常大的罪业，所以我也就不敢在这里广为宣说了，只是稍略提一下。如果你们对佛法真正有了一定的了解，生起了很大的信心，以后我们也可以宣讲这方面甚深的窍诀。
佛教经论中不但指出了人的心识和外境的虚幻性假立存在，同时还描述了心识与外境之间的内在关系。进一步观察时，心识由自己的功能变出了种种我们固执为实有，然实则并不能独立存在的外境万事万物，如身体、房子、山河大地等等。如印度月称论师的传世巨著—《入中论》中说：‘世界外物都是自己心识的变现’。佛教中的唯识就是直接研究心识与外境的流派。唯识认为不同的生命所见的外境不同，如以人所见的水为例，地狱众生见到的不是水，而是滚烫的铁汁，饿鬼见的是脓血，天人和已基本获得了生命自在的菩萨（菩萨以修证的高低分为十地，此指一至七地）见到的是甘露，修证更深入的菩萨（此指八至十地）见到的是具无边功德的佛母，而在已彻证宇宙与人生实相的佛陀看来，水又成了远离形相言思的智慧。由此可见，从浅层观察，外境和心识独立存在，而从深层次观察，外境的存在完全取决于心识的认识水平，换句话说，并没一成不变的外境，甚至于并没有外境这一客观事物，一切全都是心识的变现。这心识有多层意义，在世俗上共有八种，一般意义上的哲学与科学仅理解到前六种，而对最超乎于八识之上，同时也是最深奥的胜义智慧更是未有涉及，从这也可见到在哲学上把佛教描述成唯心（前六识）主义的观点是在盲人摸象了。
而一些濒死者更是刻骨铭心地体验了这些抽象理论的内在涵义。如当今世界上最著名的濒死体验者与研究专家之一，美国的阿特沃特女士，在1977年的一次濒死体验中，在神识飘浮在空中后，她因旧有的习气作了一个实验，在脑中制造出了一座构造严密、形状具体的房子，然后将脑子里的图像投射到面前的空中。突然之间，她面前出现了房子的形像，和脑中的一模一样。这使她惊呆了。她在这房子里进进出出，不停地开门关门，在地板上跳舞，这时她悟出了‘思想即是物质，思想无所不能’。接著她继续实验，造出了车水马龙的街衢，以及已去世的亲人，最后她以意念让他们消失，果然片刻间，他们也统统不见了。她的这一体验至少说明了心识的存在，以及心识反映创造了万物的这一理论。关于这一点，现在风靡海内外的索甲仁波切的名著《西藏生死书》中也有大量的论述与事例。
也许有些人不相信这一点，但现代科学的研究却显示了这方面的原理。世界上最有名的数学家纽曼博士，曾提出一个震惊科学界的新理论：‘人体可能具有一种非物质的“识我”控制著肉体的大脑和遥控物质。’著名的物理学家菲列兹说：‘纽曼的精微量子学说显示物质上的实物只不过是人类意念所造成的而已，真正的实体是思想意念。’本世纪最伟大的物理学家之一，1963年诺贝尔物理奖得主威格纳博士也极力支援这个观点：‘人类具有一个非物质的意识力能够影响物质的变化’。英国的一位生物学家，曾与达尔文一起发表了有关生物进化的学说，他也确信灵界具有一股可推动自然界的神秘力量，并把此想法反应在自己的研究上。
所以，现在的科学家也应该多多地研究佛教里那些高深而又闪耀著真知灼见的理论。否则只是一味地探究外境与物质，而不对自己的心识及观察者‘我是谁’这一问题作深入的考察，那毕竟是在舍本求末，只是用现象来解释现象，从而发现不了万事万物的终极实相。那结果科学只能发现越多，其未知也越多，最终是摆脱不了对广大现象界的迷茫，正如当代最伟大的科学家爱因斯坦所说：‘没有宗教的科学是跛子，没有科学的宗教是瞎子。’也就是说，科学和宗教存在著不可分割的联系，若仅具其一，就像瞎子或跛子一样。所以现代科学若是有了佛法的理论作指导，就相当于盲人有了智慧的双眼跛子有了得力的柱杖，能正确而迅速地前进。
佛陀为什么不广宣说科学的内容
现在有些人认为如果佛经与现代科学不矛盾，那在释迦牟尼佛的教法中为什么不广为宣说现在科学里面的许多道理和内容，因为现在科学的内容没有在佛经里广为记载的缘故，所以佛教的教理是落后不合理的。这种想法我认为是相当错误的，实际上佛教的道理是能够含摄宇宙万物中一切的现象，自然也包括了科学上的那些发明创造。科学上的理论不管如何变化发展，它总是在佛法理论的框架内，就像天空中的风云不管是如何地变幻莫测，它总是在虚空的含容内进行。
佛陀虽然没有像科学那样详细地描述各种物质的特性和变化规律，但从大的总括方面，佛经已经指明了物质的能力是千变万化不可思议的，不然像现在我们所感到火是热的、水是冷的这些表像有什么不可思议的呢？正因为佛陀知道每一种物质都有著许许多多神奇的变化能力，所以他才这样说是不可思议的。
再者佛陀虽然没有详细具体地阐述科学里面的那些内容，但却不能由此认为佛教就不是真理，因为社会科学也没有详述自然科学里的内容，难道社会科学就已经成为非科学了吗？同样地，对于现在的飞机、轮船、电脑、电话传真等等这些机器和产品是如何设计如何生产的，最基础的理论物理学科也是没有进行具体详细地说明，难道我们就能够说那些最尖端前沿的理论物理不是科学了吗？所以对佛教的那种看法是很成问题的。又拿其中的电脑来讲，目前电脑的运行基础是二进位。二进位的内容虽然不包括电脑具体部件的特性，制造方法及操作方法，但谁能否定二进位是电脑一切运行的基础。同样道理，佛法中虽然没有详细地描述各种具体事物及其细微的特性，但佛法宣说的是宇宙万事万物的最本质的实相，以及趣入这实相的修行方法。
另外还有一些人认为，在我们的生活、交通、通讯联络等等各个方面，当代的科学对于人们的利益确实很大，佛陀既然知道科学上的那些道理，那为什么他不在佛经里面告诉我们呢？我们吃住等物质上的一些便利，在佛陀无所不知的眼里，它只是一个暂时的利益，而不是最究竟的利益，真正最大最究竟有利众生的事情，就是从轮回的烦恼和痛苦之中解脱出来获得涅槃。比如一个孩子，本来父母非常关心他，但从孩子自己的角度讲，他会认为他自己的玩耍是世界上最重要的事情，是对他最有利益的，而他的父母则对他一生的前途很关心，知道学习和教育对他们的孩子来讲是非常地重要。可是如果父母一直强