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“变异”看样子也是伴随着繁殖过程而进行的，但在实践中人却总在利用它。
他又操起铅笔并且开始写生物发生变化的原因：
一、在外界环境影响下的变化（例如，靠食物和温度而生长）。
二、由于这种环境的变化，器官锻炼与否所引起的变化（他在这里想起了拉马克）。
三、不是直接靠外部环境，而是与繁殖过程有关的变化。
与繁殖过程有关的变化并不是很早就表现出来，看样子是与性的形成过程本身和性的因素有关，这些变化达尔文在他的理论初稿里已作为最经常的和最重要的变化提出来，因为人正是利用这些变化来达到自己的目的的。
大量的同繁殖有关的各种器官的变异，通常表现出来的程度并不大，达尔文把这一点写在草稿上，但是，当他想起畸形的情况，又想到了英国的植物栽培学家称之为“飞跃”，即一下子离开正常类型的植物时，他补充说：“而其中有一些在很大程度上表现出来。”
为什么人用具有他所需要的那些品质的动物作种畜，而用具有他所需要的那些品质的植物作种子呢？因为人希望它们的后代会表现出这些品质来，因为它们具有遗传性。他写道：“所有这些变化（尽管是天赋的）以及各种各样的变化（尽管进程是很缓慢的）明显地表现出要成为遗传性的愿望；如果这种情况不发生，这些变化就会成为单一的变种，如果发生这种情况，就会形成种族”①。
除了保持得到了加强的新品质外，还要防止与不具有新属性的类型进行杂交的影响。如果杂交是偶然的或自由的，杂交物一定会失去其优秀的特征。所有这些在他头脑中产生的怀疑，他在自己的《概要》中也都提到了。但是，即使有这些限制，人也会通过自己的选择获得许多东西。达尔文写道：“……但是，如果人能进行选择，那么新的种族很快就会形成；最近一些年，选择在有系统地进行。在古代，选择实际上也经常进行（后来他把它称之为”不自觉的选择“，当时人只是更关心对他来说是优良的动物，而不多关心劣等动物）。通过这样的选择可以得到跑马、载重马，一种适于用其油的猪，另一种适于吃其肉的猪，等等。此外，还可以得到一种枝叶茂盛的植物和一种果实累累的植物，等等；同一种植物可以满足人在不同季节的需要。用第一种方法②，象由原因产生的直接结果一样，动物会适应外部的环境，如身体的大小适应于食物的多少。动物也可以通过后一种方法③来适应。但后来它们可能适应于并不会影响它们生长的那些目的和任务，就象采购动物油脂的商人的存在并不能导致脂肪的形成一样。”
①在这里，达尔文的想法第一次深入到对进化来说是极端重要的遗传问题的细节。最后一句的修改和删掉表明，一方面，所举出的表述使他非常吃力，另一方面，需要对事实作进一步的分析，以便象达尔文后来在《物种起源》做的那样来表述这个问题。
②即在外部条件直接影响下的变化。——作者注③即选择。——作者注为了弄明白最后一句话，必须记住，达尔文提出了人影响生物的两种方法。第一种是外部条件的直接影响，例如营养对动物大小的影响；第二种是间接的；肥猪种的出现不是由于采购动物油脂的商人存在这个直接原因，而是由于在市场需要的压力下，人通过选择小的变种培育出最适合于采购动物油脂的商人所需要的特种猪。
他在结尾时也指出了人工选择的不足之处。“由于人不能很好地作出判断，捉摸不定，因此常常不消灭不合适的生物，只是根据外表来判断（不会根据内部特征来挑选），只是选择对人有益的物种，不考虑这些物种适应生存条件的程度。”
所以，他只用了两页的篇幅概括地指出了“改变家养生物的各种原理”。这就是人进行的选择，他后来称之为“人工”选择。同生殖有关的变异提供了选择的可能性，原因是从事选择的人，而遗传性把选择出的品质固定下来并积累起来。他后来尝试把这些原理用于自然界中的野生类型。就是自然界中也存在“变异”，虽然当时达尔文还认为，变异在自然界中比在家养状态中要少得多（后来他搜集到的材料使他深信，就是在自然界中变异也并不少）。
当然，地质学所证明的自然界中的巨大变化也应该在生物中表现出来。但是，环境的直接影响，例如气候的影响，并不能解释下面能说明生物之间彼此能合理适应的现象，例如，啄木鸟在树干里寻找蠹虫，或檞寄生从某些树里吸收自己需要的养分，结出籽来，让某些鸟类加以散播“（可以认为，这个例子达尔文是借用考尔鲁特的）。花适应于昆虫授粉或种子为了让长毛的动物传播它而长成钩状的现象，都不可能用环境的直接影响来解释。
要是有某一种具有超自然的洞察力的东西，能了解动植物相互关系间的一切细微差别，就象人所做的那样（虽然有些粗糙），在考虑对他有益和特征的基础上对家养品种进行选择，选择出所有偶然出现的多少对生物有益的变化的话，那么，这种合理的、适应性的发展则是可以理解的。但是达尔文在这里附带说明，他指的不是“造物主”，而是在寻找“自然的原因”。因为自然界中没有这样的具有特殊洞察力的东西，他就“在按几何级数增加中，在‘生存斗争’的原则中寻找可以取代这种东西的第二种原因”。为了第一种原因，他引证了马尔萨斯的话，而为了第二种原因，他引证了德坎多尔的话。由这样的选择而形成的特征，就表现在追赶兔子的长腿狗这一例子上。此外，他还指出了一些其它的例子，阐明按几何级数增加的道理和由此必然产生出竞争或生存斗争的道理。达尔文指出，自然界的选择虽然选择出的东西很少（达尔文当时认为，这是由于变异性很少的缘故），但是在选择时却要严格得多，因而也要可靠得多。
于是，在人的选择和自然界的选择之间就画了一条平行线。但是达尔文预见到，他在这方面将遇到两种主要的反对意见：一、差别的大小；二、家养的变种彼此杂交的生育力大的情况和自然界的物种杂交的不育情况。这迫使他花去很大篇幅来研究在物种相互杂交时不育的问题。他在《概要》中证明，不育的情况并非总是物种的特征；不育的情况在种族杂交时也会遇到，相反，在物种杂交时却往往有生育力，而且还存在各种程度的不育情况，换句话说，这里存在着各种过渡阶段。他还预见到理论上的其他难处；象眼睛或耳朵这样复杂而好看的器官怎么能发展呢？啄木鸟的各种适应性是怎样产生的呢？何处能找到从简单到复杂的过渡呢？
看来，达尔文对本能的发展这一问题特别感兴趣。《一八四二年概要》表明，关于这个问题他已经搜集了数量惊人的材料：在自然界中的大量观察以及猎人和畜牧学家实践中的大量实例。不过他在这里有意识地把自己的任务局限于：他不是过多地立意要弄清楚本能的起源（就象他不向自己提出生命的起源问题一样），只是想说明复杂的本能是从简单的本能逐渐发展而来的。他认为，复杂的本能第一能够由成为逐渐遗传下来的习惯形成，第二能够由本能的天生变化所形成，而不受任何习惯的影响。他接着对人工选择和自然选择的比较作了总结。
他在这里说道：“如果承认野生动物有时会发生变异的话，那么当我们看到人们为了不同的目的而得到的成千上万种的生物也在发生变异时，对此又怎能表示怀疑呢？如果承认，这样的变异有成为遗传的趋势，而我们只要想起容貌和神情的相似之处——继承下来的疾病：畸形和形成的无数种族（白菜有一千二百种之多），我们对此又怎能表示怀疑呢？我们假定，选择是不断进行的，而在注意到食物的用量是固定不变的平均数，注意到生殖力却是以几何级数在进行着时，有谁会怀疑呢？我们假定，外部条件是在变化着的，如同所有的生物学家所断言的那样，这些条件过去发生过变化，而且现在继续在发生变化，那么，如果自然界的任何规律都不加以阻碍，有时就可形成不同于亲体的种族………”。达尔文在这里又一次提醒人们注意到最近几年在培育品种方面所取得的成绩，并作出结论，人可以无止境地对品种加以改变。他继续说：“因此，在比人要聪明得多的这一自然界的选择力下，那些最有适应性的种族，根据它们对外界自然以及对周围其它生物的要求会成为另一些物种。”
根据拟定的提纲，下面他应该议论物种起源的各种证据。在《概要》中，他是从讨论地质上的证据开始的；一些人赞成他的学说，另一些人反对他的学说。在《概要》中，他是从谈这样的想法开始的：组成生物的地质学上的序列所根据的那一大纲，换句话说，即在一系列的地质时期里实现一些生物代替另一些生物所根据的那一大纲，与一切生物假如真的起源于共同的祖先才会有的那个大纲是异常相似的。因此，在这里坚持单独的始终如一的创造行动，也就等于坚持每个星球的运行都是事先单独规定好的，而不是应该遵循普遍的万有引力定律。
他后来也谈到一些困难。根据理论，新物种的出现在时间上应当是非常缓慢的。地质上的事实却说是突然的出现。但是产生这种现象的原因只是由于地质年鉴不完全。而绝灭的类型本身（如地质学家布克兰早已指出的那样）不是属于现代的某些纲，而是介乎纲与纲之间的东西，这是与理论完全一致的。
达尔文正是在这个时候孜孜不倦地撰写自己的地质论文，其中大陆的升降问题就具有这种作用。他把自己的考察和有关这些考察过程的想法，同地质年鉴不完全的思想作了比较。而且他在自己的《概要》中说明，这种不完全是由于虽然在海底升高的情况下，大陆空间的增加会加剧物种形成的过程，但是大量的侵蚀（水流、风等对沉积层的冲刷）不能使遗迹保留；而陆地的下沉虽然对保存沉积层有好处，但同时又会使陆地面积缩小和消失，使这些陆地上的生物绝灭。同理论的各种矛盾，例如化石之间没有过渡，突然表现出来的类型的出现和消失，缺乏志留纪前的化石（寒武纪化石尚未发现）等等，达尔文都用地质年鉴不完全作了满意的解释。他在这里采用了赖尔首先使用过的比喻法，赖尔曾把学者们所能得到的地质材料同记录的地球史相比较，但记录很不完全，它是用各种语言记录的，而且我们得到的这部历史仅仅是最后一卷，它只涉及两三个国家，而且其中只剩下零散的几章，每一页只保留几行文字。达尔文根据这一点在《概要》中得出了以下结论：“如果地质学（其目的就是研究历史）向我们提供的只是由撕下来的一叠叠书叶组成的几章中的几页，而每一页又只是用当时一小部分生物插图加以说明的话，那么事实同我的理论是完全一致的。”他接着证明，物种的绝灭不是秘密的过程，而是非常自然的，就象生物死亡一样；在任何一个物种消失以前，它总是越来越少，可以根据第三纪的类型看到这一点。
达尔文接着谈了有关进化的地理证据。他确定了在各动物地理区域的哺乳动物群中差别的程度，说明这些差别不是由于生存的条件，而是由于障碍物产生的。他提出了山顶上的植物群和动物群的起源和它们的变化取决于大陆的升降。他嘲笑地指出，为了说明同一个大区域的动物群的相似，创造论的拥护者不得不采取象创造的“美国人精神”这样的假说。于是，他在这一节里特别提出了自然选择和由于障碍物而隔绝的作用。他在这里简单地分析了岛上的动物群和它们的起源。但是一般说来，这一章在《一八四八年的概要》中很少修改；除了基本的正文外，在手稿的各页上还有草拟的大纲。显然，这一章太简单了，不能使他满意。
达尔文在专门谈分类的这一章中指出，所有的分类学家总是力求达到“自然的”体系。他们并未确定这个自然体系是什么，但很快就感觉到，他们是怎样表明他们所使用过的“种属关系”或“相近性”这些术语的。这里最值得注意的时，从创造活动的观点本当有的那样，不是用体系的标准来选择那种确定组织“目的”和适应生存条件的器官。相反，适应的特征认为是更容易发生变异的，而且不能利用这些特征来形成种属。达尔文认为，使人承认许多类型之间有“种属关系”的那些共同特征，可以用起源的