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许多类型之间有“种属关系”的那些共同特征，可以用起源的理论来加以更好的说明。接着，他在《概要》中谈了一种类型同用起源理论能很好说明属于比较解剖学和胚胎学事实的那些范畴相似或一致的情况。他举了一个前肢构造的总平面图的经典例子（艾·若夫鲁亚·圣——伊勒尔），指出许多还是歌德提出的关于位变异构体的分化的事实（颅骨的脊椎理论，起源于一部分花的叶子，等等），把这些事实叫作歌德的术语——“形态学”。最后，某些胚胎的事实（高等脊椎动物的胚胎所具有的主动脉弧可以作为这些事实的例子，这些主动脉弧再现了它们在鱼身上的分布图）只能用继承共同的祖先来说明。而后，他又分析了这样一个问题：为什么年轻时期很少发生变异而更接近祖先，这是因为选择往往是在比较晚的时期才进行的。
最后，他举了“发育不全的（退化的）”器官作为自然界这种不合理的特别明显的例子，因为从创造物种的观点无论如何也不能解释这种不合理性。他还多次指出，这些器官很可能在祖先们那里起过作用，很可能由于不使用而衰退了。
达尔文在结尾的一章里首先试图用具体例子表明进化论观点比创造理论优越。他从这方面研究了地理分布的事实，研究了对其他临近类型的关系以及三个亚洲犀牛种在解剖学上的构造情况和胚胎的发展过程。
在解决犀牛共同起源的问题时，达尔文作出结论说，事实完全允许把所有关于大纲（我们现在称这样的纲为类型）的类型看成为有着共同的起源的东西。
达尔文指出，新理论提高了对生物学的兴趣，因为它提出了新的问题。他还强调指出，概括过程是很广泛和宏伟的，根据这一概括，所有的生物都服从于一个统一的进化过程。
于是，我们看到，通过自然选择（他还没有使用这个术语）的进化理论，达尔文不仅在一八四二年已经建立，而且基本特点也完全提了出来。而如果要把《概要》各章中指出的打算将来充分加以描述的例子补充到上面，那么可以感觉到，在当时，这个理论就是靠他所拥有的大量事实材料而建立起来的。但是，他当时还没有同任何人谈过自己“异端的”进化思想。他还要用大量的能证明这种进化思想的事实来充实自己复杂理论的每一个论点，这要彻底克服各种困难，而且只有那时才能把书公之于世。而在科学界，他暂时还只能以一个卓越的博物学家的身份，主要是一个地质学家，珊瑚礁理论和许多地质学方面的论文、报告的作者的身份，一个很快获得了广泛声誉的“贝格尔”号博物学家的《考察日记》的作者的身份而为世人所知晓。
第十一章 在唐恩的十二年
在伦敦的生活，对于习惯在庄园或省城郊区过自由自在生活的达尔文夫妇来说，已经不堪忍受了，特别是由于达尔文的健康状况越来越坏。他们已经生了两个孩子，而埃玛又怀上了第三个。他们决定从城市搬到农村，并且决定最多每两三个星期到伦敦去一趟。一八四二年九月，达尔文夫妇买下了唐恩的庄园。这座庄园之所以吸引他们，是由于它是一个很偏僻而又舒适的地方，距伦敦不很远。唐恩村有几百居民，位于两条村道的交叉处，离庄园有四份之一英里远。最近的两个火车站距庄园有十英里，而到车站去倒成了一件大事。充当马车夫的老园丁只好经常小心翼翼地驾驶着马车，一会儿往山上走，一会儿沿着弯曲的乡间土路往下走。因此达尔文不得不放弃自己原先打算经常去伦敦的想法。买来的庄园一片荒芜，旧房屋的样子并不吸引人。为了使房屋有一个比较舒适的样子，达尔文在最初几年付出了很多劳动，把它粉刷了一遍，开辟了一个花园和一个菜园，围上篱笆，在房屋的第三层修了一个阳台，上面覆盖上一层匍匐植物。周围有一些森林，把白垩的露头和被小路截成两半的深壑掩盖起来，还有河谷中的耕地。
达尔文在唐恩这个地方度过了他整个的一生直到晚年。这种平静的生活由于偶而去亲戚那里作短暂的旅行，或到伦敦去，或到其它城市去参加英国科学协会会议，或到水疗机关参加水疗“训练班”而中断。这种生活同那种要求有很大的活动性和消耗极大体力的环球旅行截然不同。不过，也许只有在这些新的条件下，达尔文才能够写出许多使他享有盛名，并在人们对生物界以及人在生物界的地位的看法中，产生巨大变化的博物学方面第一流的著作，因为他长期患病，所以每天工作最多不过两三个小时。
他后来的传记实质上只是他的著作史以及他和他的朋友们为生物学中的新思想斗争的历史。
我们以前曾指出过，年轻的达尔文怎样在第一次偶然到了热带佛得角群岛上的圣地亚哥后，坐在熔岩形成的悬崖下，利用赖尔的新地质学思想分析岛的地质史，以及他将撰写一部他所访问过的那些国家地质学著作的想法而使他当时欣喜若狂。《珊瑚礁》一书是他实现这一理想的开端，而且是辉煌的开端。众所周知，赖尔对他的珊瑚礁理论是十分赞扬的，虽然这个理论也驳斥了赖尔自己的环形（珊瑚）岛的理论，这些环形岛好象一个圆环位于淹没在水下的火山喷口上，赖尔又尽力促使达尔文尽快地在地质学会会议上报告他所搜集的材料。
《珊瑚礁》一书出版后，达尔文在一八四二年秋着手撰写他在“贝格尔”号旅行时访问过的火山岛的地质方面的著作。这应该写成《‘贝格尔’号舰航行地质学》的第二部。它的第三部应该是在南美的地质考察。我已经提到，有一些他在途中写的有关“地质”的信件，曾经在地质协会一些会议上报告过。他在返回英国后所撰写的这些简讯和其他报告，曾以报道的形式刊登出来。而现在他就开始对自己在地质方面的搜集品和笔记进行全面整理，并对他访问过的各国的地质情况作出详细的描写。
新著作的前五章就是描述他访问过的大西洋和太平洋上的火山岛。当他写第一章（该章写的正是关于圣地亚哥岛的地质情况）时，他对该岛的印象记得多么清楚啊！在他面前出现了该岛的地质剖面：最低层是火山岩，他认为是在海底上面流动的；中层几乎是第三纪初期延伸很多海里的石灰石的水平层（古生物学家索尔比在英国为他鉴定了这些岩层中的贝壳）；最上层是晚期形成的熔岩，它是该岛从海中上升后由锥形喷火口流出来的，并且稍微把最接近喷火口的一些石灰层变了形。
在第二章里，他简单地描述了亚速尔群岛中的费尔南多德诺罗尼亚特塞腊岛的地质情况；描述了塔希提岛（他在这个岛上找到上升的痕迹）西北部的地质和大西洋中的小岛——圣保罗岛的地质情况。
在第三章里，他比较详细地描述了亚森松岛的地质情况，在这里，他的地质锤子曾经“胜利地敲过山岩”，因为正是在这里，达尔文得到高兴的消息：塞治威克预言他作为一个地质学家，会有远大的前程。
第四章是对圣赫勒拿岛的地质的描写。所有这些考察，不管它们是怎样的不连贯而又简短，但却都是非常准确的。尼·谢·沙茨基在他的《达尔文是一个地质学家》一文中，引用了岩石学家列纳尔的著作里以下的几行话，雄辩地证明了这一点。列纳尔在他对“挑战者”号的著名考察所搜集的岩浆岩进行了加工整理，并仔细地把自己的结果同达尔文的结论作了比较，说：“我立刻对这位考察家表示由衷的软佩，他手里只拿一个放大镜，利用只是以焊接吹管来进行的那些简单试验，而且很少用量角仪测量，就能区别最复杂的矿物集合体的性质。不管他对山岩的结构和成分是以多么大的信心和准确性来进行鉴定的，但经过对其他地区的火山情况的对比研究，这些矿物的起源还是弄清楚了，并且得到了证实。不管他对他发现的事实和他的前人在别的地方描述过的事实之间的关系调查得多么清楚，但这种关系没有证据是不能被人接受的，尽管这些关系破坏了占统治地位的假说，例如上升的喷火口以及火山现象和深成现象的根本区别就是这样。最后，该书无与伦比的功绩就是论证包含在本书之内并且似乎是偶然散见于其中的那些新思想。”
这些新思想中的一些思想组成了他上述著作的第六章。达尔文在这里首先注意到粗面岩和玄武岩之间的差别。划分这些差别的过程是在这些山岩组成部分比重的影响下进行的。达尔文在自己的考察和其他作者部分记载的基础上证明，由于较重的晶体降到熔岩的下部和较轻的晶体位于熔岩的上部，岩浆就被区分开来。从火山锥体中流出来的熔岩就是这样区分的，深处的岩浆也是这样区分的，同时形成相应的岩石。正如沙茨基指出的那样，这一结论就在过了一百年以后的今天也未失去它的意义。
这一章的第二个总结是论述火山岛的分布和火山现象。达尔文强调指出，大多数海洋上的岛是火山岛。这就向他提出了火山岛和火山现象的起源问题。他在这里反对当时的权威列·冯·布赫把所有火山岛分成两类：一类是中心火山岛。它周围几乎在各个方向都有大量的喷溢物；一类是火山岛山脉。达尔文认为，那种中心火山岛是没有的，当然，尽管在每一群火山中，总有一个高于其余的一切火山。至于火山岛山脉，那么它们在群岛上形成一条线就很少能适应于邻近大陆海岸的外形。大陆上的山脉也很少靠近海岸的情况，迫使他在裂缝和断裂处（它们是在海床变为陆地的情况下在上升时沿着大陆边缘形成的），寻找从海深处上升的大陆山脉和火山岛山脉出现的共同原因。
这部考察著作的第七章同前六章不是直接联系在一起的。这只是“贝格尔”号在返回伦敦的路上，在澳大利亚、凡第门地、新西兰和好望角作的进一步的地质考察。它们曾被加在《‘贝格尔’号地质学》第二版上，大概是为了使专门用来阐述南美洲地质的第三卷更加完整吧。
该书是在一八四四年二月中旬完稿的，同年春末就问世了。
一八四二——一八四四年，达尔文孜孜不倦地从事物种问题的研究。从《一八四二年概要》与他在一八四四年七月前完成的他的理论的概要对比来看，这一点是很清楚的。的确，不管《一八四二年概要》的思想和为了证明理论而指出的事实多么丰富，但还只不过是未来著作最初的提要或草稿。它不应当停留在这种粗糙的、不便于读者阅读的样子上。因此，达尔文考虑到他复杂的理论只能从深入研究它的各个方面获得成功，认为有条理地和更加全面地陈述自己的理论对他本人来说仍然是必要的。他写了新的概要，其份量比《一八四二年概要》大约增加了三倍，并且仔细地进行了誊正。特别是扩大了有关自然选择和生物的地理分布那几节。在写完这部著作以后，他明白了这个问题是多么重要，虽然他的理论面临各种困难，但他越来越相信它的正确性。他认为，有威望的博物学家接受这个理论是科学上的巨大进步。但他同时也感觉到，他的结论与大多数学者的意见和看法相距甚远，他的进化思想同他们是格格不入的，如果现在出版自己的概要，他就会孤立无援。他记得，赖尔曾无情地讥笑拉马克说，学术界傲慢地对待老的进化论者和生物变化论者，认为他们是幻想家。要全副武装地投入战斗。面临大量的工作，可是他的健康情况总是在恶化。假若他突然死去怎么办？到那时候，他的理论，他的整个思想，大量的准备工作——已有大约十来个纸夹组成的全部札记和摘录，在各种著作中所标出的重点，从各种学术著作和专门刊物上摘录的作为资料的那些他所必需的全部文章，不是也全完了吗？难道所有这些要同他一起毁掉吗？
达尔文在心里逐一回忆了他所熟悉的博物学家，以便确定他们之中谁能够担当起他的事业（他意识到他的事业在多大程度上还未完成），批判地研究他所搜集的全部材料，用确凿的事实充实他的每一个论点，分析研究理论上的各种难点，总之，替他写出他的未来的著作。在他看来，这个问题会使每个真正的和诚实的博物学家感兴趣，只要他深入研究对象，熟悉材料。但是，他知道，这项工作需要大量时间。因此，还必须在物质上给这样的博物学家以鼓励。
在我们面前有他思考和怀疑的结果，那就是他写给他是亲近的人和朋友——妻子的遗书。这封信几乎全部值得引证。这是他用文字记录下来的意愿，是后继者必需照办