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可见，随着《南美地质考察》在一八四六年的出版，《‘贝格尔’号地质学》也完成了。《‘贝格尔’号动物学》完成得更早一些。第一部（《古生物哺乳类动物》，奥温编）在一八四○年出版，上面有查·达尔文写的序言；第二部（《现代哺乳类动物》，华德豪斯编，有达尔文关于现代哺乳类生态学的札记）更早一些，在一八三九年出版；第三部（《鸟类》，约·古尔德和葛瑞编）在一八四一年出版；第四部（《鱼类》，列奥纳尔德·詹宁斯编）在一八四二年出版；第五部（《爬行类动物》，托马斯·贝尔编）在一八四三年出版。
在达尔文孤独的生活中，他的通信（他竭力同他所有的通信人认真地保持通信联系）起了不小的作用。在整个研究时期，他同赖尔和虎克这两个最亲近的朋友通信最多。在老朋友当中，他同表兄弟福克司（如上所述，该人致力于家禽业）的通信比其他人要多些。福克司从事家禽业，这使达尔文不止一次地向他这个专家询问，委托他进行达尔文所需要的观察，而有时也让他出出主意。
在同福克司这样的青年时代的朋友的通信中，达尔文很愉快地回忆起他们很久以前一起散步或参观的情形。他有时也不忘记以感激的心情指出，他多么感激这些朋友，不忘记强调指出，他们对他特别明显地表现出来的友好关系，在给他的老同事和前“贝格尔”号舰长菲茨·罗伊的信中，我们发现下述几行热忱的话：“您好，亲爱的菲茨·罗伊，我时常想到您对我表示关心的许多事实，使我常常想到的是这么件事（无疑，您把它忘记了）：在我们驶向马德拉群岛以前，您来到我的舱房，并且亲手整理了我的吊床，后来我得悉，这件事使我父亲感动得热泪盈眶”。
在同虎克和赖尔的通信中，主要谈的是他们自己的著作，著作进展情况（他们时常交换清样并相互检查）的消息和在刊物上发表著作后对著作的讨论情况。在评价自己朋友的著作时，达尔文竭力称赞。但是，他不改变自己对科学的诚实态度，如果他不同意自己通信人某些论点，就提出不同意见，经常坚持自己的意见。对自然科学上的各种争论问题也可以这样说。例如，虎克断言，孕妇的感受看来会影响她的婴儿。一般来说，当时这个相当流行的意见（例如，达尔文的祖父伊拉司马斯就支持这个意见）受到达尔文严厉的驳斥。他在致虎克的信中说：“我仔细地研究了有关这个问题的零散事实，但我认为，这里无非是些偶然的巧合。亨特在产房里告诉我父亲，他曾在很多情况下，在产妇分娩前，问她们什么使她们产生了强烈的感受，而后把她们的回答记下来。他绝对一次也没有发现有什么正确的东西，即使产妇在婴儿身上发觉某种特别的东西，但后来也就认为这是由于某种感受所致”。
达尔文对他的朋友们的命运的各种变化都给予莫大的关心。例如，在虎克被提为爱丁堡大学教授候选人时，达尔文虽然表示惋惜，因为他们再不能经常见面了，但他在给虎克的一封信中展示了广阔的前程：虎克在爱丁堡将“造就”很好的植物学家，将成为受年轻学者特别敬仰的朋友和指导者，即成为对达尔文本人来说就是汉斯罗当时在剑桥时那样的人。他认为，在这种教育工作方面，虎克在科学上的事业不会遇到困难，达尔文一定会看到虎克将在“植物地理分布这非常宏伟、几乎是创造规律的主要基石的课题方面，成为欧洲首屈一指的权威”。但是，虎克没有当选为教授，他不久便成为他父亲基由植物园的助手，父亲死后，他便代替他父亲管理植物园。
达尔文得知虎克决定去参加著名的考察喜马拉雅山脉（虎克于一八四七年十一月十一日启程））后，极为关注此事。他劝虎克研究印度的煤炭区，这会成为取得英国政府的“实利主义首脑人物们”大笔政府津贴的借口。他自己想委托虎克搜集关于驯化的动物种族的资料。在虎克献给达尔文的《喜马拉雅山日记》出版后（已经是一八五四年了），达尔文非常激动，并给虎克写了一封热情的信，答谢他的献礼，对他的书大加赞扬，并称它是“第一流”的书。
一八四五年，达尔文修改后的《考察日记》第二版以穆瑞的普及本形式出版了。达尔文为他修改了《日记》，删掉了各种累赘的东西，把“关于气候，冰川等冗长的论述”压缩了一半。
另一方面，由于在这期间出版了他在“贝格尔”号旅行时写的生物著作和地质著作，因此很自然就对日记中相应地方作了一些增加，并使之更加准确。例如，在第二版中，增加了对珊瑚礁起源理论的阐述，奥温整理的关于南美古生哺乳动物形态资料更加准确了，巴塔哥尼亚高地的地质更加准确了，补充了关于火地岛人的某些内容，增补了关于按几何级数增长的论断，根据已经发现的绝灭的哺乳动物的尸体，对动物绝灭原因的论断也增补进去了。
他在这里反对用一种突然的灾祸来解释动物毁灭的“灾变说”。他认为，正象在人类消灭任何一种动物时，这种动物在没有完全消失前就愈来愈少一样，自然界中的一个物种逐渐地绝灭，可能也是由于它们的天敌在增加。一些物种经常见到，而另一些物种却很少见到，对此谁也不会惊奇。那么为什么不能设想，很少见到的某种动物就总是预示着这种动物要完全绝灭呢？达尔文的论述是用下面有代表性的话结束的：“假定说，一个物种的逐渐减少总是预示着它的绝灭，同时对于一个物种比其它物种很少见到也不感到惊奇，而仍然用某种超自然的东西来解释这一点，并在一个物种最终不再存生时才感到惊讶，在我看来，也就是这样一种假定：一个人的病预示着他的死亡，对病本身毫不感到惊奇，可是病人一死，才开始困惑不解，并且揣测，他是死于暴力。”
可是对加拉帕戈斯群岛的生物性质及其公布情况的结论却特别增加了篇幅——原因是使他在《航行日记》里作的必须承认物种变异的重要笔记是一些还不十分清楚的印象，而这些结论就是为了说明这些印象的。
在第一版《航行日记》里，达尔文只提出了少量的意见，说加拉帕戈斯群岛的生物几乎全是只有在这个群岛才有，而且同时还具有明显的美洲的性质，这“可以用创造力按同一个规律曾在广阔的空间里起作用的说法来解释”。
在第二版里，他首先利用了虎克整理的加拉帕戈斯群岛的植物标本集的成果，因为虎克详细证实了最初的结论。例如，在二十一种头状花序植物中，有二十种只有在这个群岛上才能见到；除此之外，加拉帕戈斯群岛上的植物区系，还明显地表现出美洲的性质。对软体动物门类和其他动物的准确研究也清楚地指出，虽然该群岛也位于太平洋中，但它是美洲的一部分。令人吃惊的是：“加拉帕戈斯群岛各个岛相距只有五十海里或六十海里，遥遥相望，由同样的岩石组成，处于同样的气候里，并达到同样的高度，但可能住有不同的生物”。例如，在不同岛上可以见到不同的乌龟，不同种的鶫——反舌鸟，花鸡中的Geospiza属的分布是不一样的。虎克也观察了植物的这种类似的情景。达尔文用大量例子说明了所有这些结论。在这方面值得指出的是，观察到的差异并不大：同一个属的不同物种有着同样的习惯，生活在同样的地方，并在该群岛的自然经济中占有同样的地位。
达尔文在结尾时写道：“在一一查阅了这里引证的事实后，使人感到非常吃惊的是，在这些光秃秃的、岩石累累的小岛上，表现出来的创造力的数量，·如·果·可·以·使·用·这·一·说·法·的·话（着重点是我加的——作者注），但是，更使人感到吃惊的是，这一力量的作用却是多种多样的，虽然这些作用是在完全相同的情况下，在彼此相距很近的地方表现出来的。我说过，加拉帕戈斯群岛堪称为美洲的卫星，更正确地说，可以叫作美洲的卫星群，在体形方面是一样的，而在器官方面却是不同的，但彼此之间以及同美洲大陆之间却有近缘关系，不过同美洲大陆的近缘关系要少得多罢了……”。
但是，如果不把很久以前该群岛的博物学的总导言中的暗示算在内，那么达尔文在这里没有提出当时（他在一八四四年已经写好了他的选择理论的扩充概要）已经准备好了的说明。他说：“这个群岛完全是一个与世隔绝的地方；确切些说，它是美洲的一个卫星，它从美洲偶然得到几个移民，它用的是自己有的最普通的物产。如果你注意到这些岛屿的不大的地面，你就会不由地对岛上有很多（但分布的地区却很小）土著人感到吃惊。如果看到每个高地都有一个喷火口，并且熔岩流的界限迄今为止还清晰可辨，那么我们应当认为，在距今不远的地质时期，这个地方还被大洋覆盖着。从这里，就时间和空间而论，我们正在接近秘密中的秘密——·地·球·上·第·一·次·出·现·新·的·生·物”（着重点是我加的——作者注）
显然，达尔文认为，为了不使自己的理论过早地受到影响，在任何程度上公布自己的理论的时刻还没有到来。因此，上述的所有修改，只是对过去被各种事实和论断驳倒了的观点表示怀疑而已，达尔文在第二版里还认为，甚至象“创造”和“创造力”的说法都是不能触动的。
达尔文把他的《一个博物学家的日记》第二版献给了赖尔，承认他的《航海日记》以及其他著作的主要科学成果的取得，应归功于对众所周知的惊人的《地质学原理》的研究①。但是，这并不妨碍达尔文在那封告诉赖尔关于这个献礼的信以后，立刻在后来的一封信里提到，赖尔在他刚出版的美国旅行记一书中，对奴隶制的论断使他万分愤慨，以致他在极不愉快的数小时内不能入眠。显然，赖尔当时就急忙向达尔文证明自己对奴隶制的看法是正确的，因为达尔文在后来的一封信中写道，他对赖尔的回信感到非常高兴，但是他又做了一些温和的补充，他希望，赖尔对奴隶制所表述的厌恶情感，也在上面我们提到的他出版的那部著作中表现出来。
①在出版他的《南美地质考察》时，他早就想这样做，但他确信，这些专著得不到大量发行，于是他只好把非常普及的第二版《航海日记》献给赖尔。
在英国同时出版了匿名作者标题为《创造的痕迹》一书，引起了达尔文极大的注意，这本书以新形式阐述了进化的思想。该书的第一卷在一八四三年出版，第二卷在一八四五年出版。作者在第一卷里综合了他按地质时期分别整理出来的古生物化石的大量资料，在第二卷里竭力提出有机界的自然发展，并根据《创造的痕迹》和古生物学、解剖学以及其他自然科学的事实的对比，来确定这一发展的规律。显然，作者感到，宗教界人士会多么仇视这本书，而他也不愿意让他们起来反对自己。他强调指出，他的书不反对上帝和上帝的意志，仅仅反对上帝“一切都是注定的”这一说法专门参与新物种的出现，“例如，在贝壳上多长了一个结节或一个沟的头足纲动物出现的情况下就是这样”。作者在承认上帝是第一个推动力时，捍卫了科学应把规律作为上帝提出来的主张而加以研究的权利。他说：“对我们来说，越来越清楚，有机界的发展（即在现有各纲中的各种变化和一些新的更高的纲的出现）……主要取决于时间”。
同拉马克一样，《创造的痕迹》的作者承认“事物普通的自然进程”。某一个动物区系越古老，它的各形态之间的差异就越显著。“现在的目在远古时代是科，更早是属和种”。可见，现在的分类法同从前的分类法是相联系的，两者都是“自然的”。作者反对那种旧的“用创造者的通盘计划”来解释过去形态的现在形态之间的相似。他试图提出自己的进化的解释。首先，他建立有机界和无机界的联系和相互依附关系。他还设想，这种联系是“按年代的”，即植物机体曾经是由无机物晶体演化而来的，因为晶体在电的帮助下，会成为象树一样的形状。正电所形成的图像象有枝叶的灌木一样，而负电形成的图像就象一束树根一样。如果地球充的是负电，而大气层充的是正电，那么“我们可以想象，植物就会是一种象电刷子一样的东西”。于是，作者认为，试验正在指出“万能者借以使各种形态的植物出现的那些手段的痕迹”。
作者的其他一些论断，同样也是不科学的和空想的。但是，为了证明动物