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不过这篇充满好意的书评只是一个侥幸的例外。而当时出现的对这本书充满敌意的文章则是大量的。
对于那些直截了当的恶毒攻击和侮辱性的表示，达尔文能够泰然处之，宽大为怀。但是一些评论者和批评者随心所欲地歪曲达尔文的思想和学说（如赫胥黎所时常预言的那样），这却使他大为恼火。很少有一种学说能比得上达尔文的自然选择理论过去和现在所受到的那样的歪曲。
批评者们对达尔文的著作抱着这样一种“卑鄙态度”，他们根本不想知道达尔文要说的话，他们对达尔文的思想进行种种歪曲，这一切使达尔文越来越苦恼。他于一八六○年六月给赖尔的信中说，他担心所有这种反复不断的攻击会使那些纷纷前来“向他请教的人”从此止步，其中许多人也可能向后转。这个期间他在给虎克的信中忧郁地表示怀疑，他能否把自己的思想解释清楚，因为他这本书的评论者们根本不懂得他的论断过程。他说：“我开始认为我自己是完全错了，我成了一个最愚蠢的人，但是我还不能使自己相信，难道赖尔、您、赫胥黎、卡本德、爱沙·葛雷和华生等人也都是蠢才吗……不管怎样，时间会说明一切，而且只有时间”。
他在另一封信中写道：“至于有关这一问题的意见的进展，我清楚地看到它是极端缓慢的，差不多同物种变化一样的慢。那些暴风雨般的敌对意见正使我变得衰弱起来，我未必还能再有所作为了”。
就在达尔文情绪最低落的时刻，赫胥黎又给了他以意想不到的帮助，达尔文开玩笑地称赫胥黎是“我的总代理人”。
赫胥黎没有白白地磨利自己的“爪和牙”。
一八六○年六月“英国科学协会”在牛津召开会议。大家都在谈论《物种起源》。六月二十一日牛津的道宾尼博士作了一个报告，题目是“论植物性别的终极原因兼论达文的《物种起源》一书”。主席请赫胥黎发表意见，但赫胥黎拒绝了，理由是“大部分听众过于感情用事，这会影响他们进行有理智的判断，所以不可能在他们面前展开科学讨论。”奥温表示愿意从哲学的意义上来考察这个问题。他相信有些事实能够使公众断定达尔文的学说正确到什么程度。他认为，大腥腥的脑结构就属于这类事实。他认为，大腥腥的脑同人脑的差异当然比大腥腥的脑同最低等的猕猴的脑的差异要大。
曾经研究过类人猿的脑结构并得出了完全不同结论的赫胥黎，对此发表了如下的意见：“我要直接而明确地反驳奥温先生的这种论断。我的行动方式虽然不同寻常，但看来是必要的。我将在别的某个场合来证实这一点”。后来赫胥黎履行了自己的诺言。
赫胥黎认为，当在场的广大公众对科学问题都是些门外汉时，这种场合就不是进行科学争论的场所。因此，无论是他还是虎克，当他们听说在“英国科学协会”的会议上英国的芝威柏特将作一个报告，题目是《论欧洲的智力发展兼论达尔文先生的观点》，以及牛津的主教韦勃甫司准备“摧毁”达尔文的无神论学说时，他们都不打算出席这次会议，但是赫胥黎偶然遇到了《创造的痕迹》一书的作者詹博思，他请求赫胥黎一定要去参加会议，“不要抛弃我们”，虽然这个“我们”有点取悦于赫胥黎，但赫胥黎却答应出席会议。出席会议的还有虎克。
韦勃甫司是牛津的主教，数学家，他对自然史了解甚少，但是，正如达尔文的朋友们所听到的那样，他却被奥温“塞满”了许多反对达尔文的东西。作为宗教界的发言人，他还是很有威望的。因此，当他准备“消灭”达尔文的消息传开后，许多人都来参加会议，其中有许多宗教界的人士和女士。
共有七千多人。
这里我不来详细描述这次著名的会议，我请求读者去看一下前面指出的我的那本书。韦勃甫司的演说很吸引人，演说中充满了对达尔文的冷嘲热讽，博得了与会者的阵阵掌声。他预见到赫胥黎将要起来反驳他，因此他在结束演说时向赫胥黎提出了一个问题：赫胥黎教授是否认为他是通过他的祖父或者通过他的祖母而来自猿猴呢？这个问题引起了哄堂大笑，赫胥黎接受了挑战，他很镇静地指出了这位主教在发言中所犯的许多自然史方面的重大错误，然后对这位主教最后提出的一个讽刺性的问题作了如下的驳斥：“一个人没有任何理由因为他的祖先是一个猿猴而感到羞耻，使我感到非常羞耻的倒是这样一个人，他浮躁而又饶舌，他不满足于他在自己的活动范围内所取得的令人怀疑的成功，而要插手于他一窍不通的科学问题，结果只能是以自己的夸夸其谈而把这些问题弄得模糊不清，并且用一些娓娓动听的但却离题很远的议论，以及巧妙地利用宗教上的偏见而使听众的注意力离开争论中的真正焦点……”
赫胥黎的这篇发言给人们留下了深刻的印象。与会者报以雷鸣般的掌声。英国人应该承认，这位主教由于对赫胥黎的祖母说了那种出自“非绅士之口的”无礼语言而使自己受到应的谴责。
在赫胥黎之后虎克接着发言，他根据自己所知举了几个例子来说明主教对植物学的无知，主教没有提出反驳，会议就结束了。
牛津辩论会的结果大大地振作了达尔文的精神。主教受到的教训使那些外行的人们不敢再发表肤浅的言论和进行冷嘲热讽了。毫无疑问，这个教训在伦敦的舆论界对于捍卫新的学说起了转折性的作用。辩论会的一个参加者后来告诉达尔文的儿子弗朗西斯说，就在那天晚上，在好客的牛津植物学教授道宾尼的房间里，挤满了很多人，他们的话题几乎完全集中在《物种起源》的论战上，英国宗教界那些穿“黑礼服系白领带”的人们和赞同《物种起源》的人们，都对韦勃甫司的发言感得愤慨，而对论战的胜利者则表示祝贺。
达尔文写信给进行激烈论战的英雄赫胥黎说：“牛津的辩论具有重大的意义，它表明有几位第一流的人物不怕讲出自己的意见。”他在给赫胥黎的另一封信中写道：“虎克写信告诉我说，您同奥温那一仗打得很漂亮（虽然详细情节我不知道），还谈到您对那位牛津主教的回答太好了。我常常想，我的朋友们（首先是您）一定怨恨我，因为我惹起了这样多的是非，给他们增添了这样多的令人讨厌的麻烦。如果我处于我的朋友的地位上的话，那我是会怨恨我的（我不知道应该怎样用英文把这个意思很好地表达出来）。但是应当记住，如果我不引起这场是非的话，那么另外一个人不久也一定会这样做的。我对您的勇气表示敬佩，我宁愿死去，也不会在这样一个会议上来回答那位牛津主教提出的问题。”
但是达尔文主义的敌人并没有投降。《每季评论》上发表了一篇文章，达尔文的朋友们认为这篇文章是韦勃甫司和奥温写的，其目的是要离间赖尔和达尔文，因为赖尔在社会上享有很高的威望，他对新学说的浓厚兴趣是人所共知的。文章中说：“达尔文先生离开了一个博物学家进行工作的宽广大道而走入了虚幻假设的丛林，这是一大罪恶。达尔文先生认为他可以把赖尔看作他的信徒之一，我们相信他这样认为是打错了算盘。我们当然知道，达尔文先生可以对他那位地质学上的兄弟施以强烈的诱惑……但是没有一个人比赖尔更明确地、更合理地否认了物质可变的说法（文章的作者这样写，暗示的是赖尔的《地质学原理》第二卷，在那里赖尔对拉马克的观点进行了驳斥），他这种否认并不是发生在其科学生活的幼年时期，而是发生在其科学生活的精力充沛时期和成熟时期。”接着这位主教希望依靠赖尔的帮助来“彻底消灭这种浅薄而又抽象的理论，正如彻底消灭它的孪生兄弟……《创造的痕迹》一样”。
赖尔的立场尚未确定。他对《物种起源》深表赞同，他很有兴趣地、仔细地阅读了这本书，但他还不能坚决地“转向”新的信仰。他继续和达尔文进行着频繁的书信来往，经常向达尔文提出一些新的次要的异议，达尔文则逐一给予答复。达尔文知道，赖尔正在准备写一部巨著《人类的古远性》，因此他期望赖尔在这本书中将坚决地站到他这一边来。但有时候他也流露出自己的顾虑。因为赖尔年事已高，赖尔以前曾抱有反进化论的观点，赖尔在“社会上颇有地位”——所有这一切本来是会把赖尔拉向另一边的。然而赖尔却巧妙地处理了“与华莱士的冲突事件”，坚决主张公布“巨著”的摘要。这部巨著的成绩表明，赖尔是对的。因此达尔文在遇到小小的困难时，继续向这位聪明的朋友请教。
有一篇对达尔文这本书的评论使他颇为激动，他曾准备在《物种起源》的新版（穆瑞已经主张出第三版了）中对这些攻击予以回击。赖尔建议达尔文将原文再稍微扩大一些，在某些地方加进对各种异议的答复，但不提到持这些异议的人的名字。他还建议达尔文不要亲自出面干预论战。达尔文采纲了这一建议，因为他的朋友们都在积极地继续“为捍卫达尔文主义而战斗”，特别是赫胥黎，达尔文在一封信中说赫胥黎“在传播魔鬼的福音方面是他的殷勤周到的代理人”。
一八六三年出版的赖尔的《人类的古远性》一书，既没有使达尔文本人满意，也没有使达尔文的论敌满意。赖尔所说的最有利于达尔文理论的一句话，达尔文认为，可以说成这样：“如果物种借助变异和自然选择而发生变化这种情况无论何时都被证明是极其可能的话……”。人们从这样一句话中当然不可能了解赖尔本人的看法究竟是什么。除了一些似乎足以说明物种变化的事实以外，在关于大脑和智力那一章中，他甚至还暗示在动物智力的最高形式同人类智力的最低形式之间还有着鸿沟。
达尔文以懊丧的心情写信给虎克说：“在这个问题上最有意思的是，赖尔认为，他以昔日殉道者的勇气采取了行动。”
在美国，反对达尔文这本书的主要是有影响的博物学家亚格西，还有几个教授也附和他的看法。坚决捍卫达尔文的是爱沙·葛雷，他收到了达尔文的这本书并进行了认真的研究。达尔文曾写信问爱沙·葛雷：“您最喜欢的是书中的哪一部分？”爱沙·葛雷对此写信回答说：“我认为最好的部分是这本书的整体，即这本书的结构和写作方法，大量的事实和巧妙的推论。”爱沙·葛雷曾打算出一本与众不同的“美国”版的《物种起源》，这一点他很快就实现了。他在美国的《希利曼杂志》上写了一篇评论这本书的文章，对这本书备加赞扬。达尔文认为这篇评论写得非常好。它把亚格西和达尔文两人的物种起源理论作了对比。爱沙·葛雷证明：前者是多么粗浅，后者是多么令人信服；前者是多么神秘，而后者又是多么自然。
可是亚格西并未就此罢休，于是新理论就成了一些学术会议上进行激烈争论的导火线，亚格西、波文教授和其他一些人在会上纷纷发言反对爱沙·葛雷。但是爱沙·葛雷对反对者的论点进行了详细的批驳。这个发言后来刊登在《美国科学院院报》上，它的校样寄给了达尔文。
达尔文写信给爱沙·葛雷说：“您比其他任何人都内行。我认为，您对我这本书十分清楚，如同我自己对它的认识一样；您在讨论问题时提供了许多新的例证和论据，因此使我惊奇，甚至几乎使我嫉妒……您所使用的每一个字都经过了慎重的选择，都击中了要害，其效力象是一颗三十二磅重的炮弹……我的结论是，您不应当是一位植物学家，而应当作一个律师。”
但是论战并未就此停止。奥温和亚格西继续在报刊上攻击这一理论。看来，他们的论据并不是特别有力的。例如，亚格西坚持说地质证据是完善的，他否认变异。他采取了诡辩的态度。他以讽刺的口气问道：“如果物种不存在，它们如何能够发生变异？”好象达尔文怀疑过物种存在的暂时性似的。他甚至达到了曾经否认拉丁文、希腊文和梵文是来自一个共同的起源的地步。他认为这些语言中的每一种都是独立发展起来的。众所周知，达尔文通过对各个特性差异的积累把新的变种的起源和新的方言的逐步形成作了比较。
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