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“贝格尔”号的启航日期一再推迟。最初打算在十月底启航。达尔文去看了一趟“贝格尔”号后，于九月二十二日回到了施鲁斯伯里，以便在临行前再与父亲和姐妹们一起过一段时光。十月二日他离开家，继续办理旅行的准备事宜，在伦敦购买东西。十月二十四日，他终于来到“贝格尔”号停泊地普利茅斯，并留下来，焦急地等待“贝格尔”号最后启航。
启航之所以推迟，最初是由于“贝格尔”号在第一次探险后要进行修理。达尔文在九月份第一次去参观“贝格尔”号时，看到它还没有桅杆，它的形状“与其说象是准备作环球旅行，不如说象是遇了难。”这只舰确实破烂不堪，因此实际上它被重新改造：上层甲板被抬高，这样它在风浪中就变得安全可靠（虽然全体船员仍然把这块甲板叫做“半湖礁”，因为在狂风暴雨的天气里，波浪不断地从这块甲板上头冲过去）；在它的下面腾出了更多的地方来住人和堆放食品；而主要是对船底进行了加固，使这只船坚固多了。当达尔文在十月份再次来到普利茅斯时，船员们正在忙着给船首部分油漆和装修船舱。
达尔文很快就同这些军官和海军准尉们认识了，因为他一会儿同一些人在一起吃饭，一会儿又同这另一些人在一起吃饭。他同斯托克斯在普利茅斯近郊散了几次步，同他一起测量了太阳的高度，关心磁性仪器。倒霉的是遇到了极其恶劣的天气，阴雨绵绵。在这种情况下，达尔文就呆在家里，读点书。在其他日了里，他有时同菲茨·罗伊在一起消磨时间，同他和水兵们一起用餐，或同他们在一起作一些磁性观测，有时同博物学家们——鱼类学家哈米尔顿·斯米特和物理学家哈里森——在一起。
十一月十二日，“贝格尔”号终于油漆完毕，所有甲板已清扫干净，各种物品已收拾停当，于是很快就要启航便有了一些眉目了。
十一月二十三日下午一点，“贝格尔”号解缆了，第一次从停泊处移动，行驶约一英里，改换了停泊地点。达尔文在《航海日记》中指出，为了最后准备启航，要做的事剩下不多了。他写道：“舰上装满了各种储备品……货舱里恐怕连一筐粮食也难以再放进去。我对舰内情况的了解是很模糊的，就象人们对一个人腹内情况的了解一样，也就是说，我对装载空气、水和食物的大船舱的了解是极其模糊的。”
此后，又过去了一些日子，在这些日子里，达尔文有时忙于收拾和布置自己和斯托克斯同住的船舱，有时学习一下子跳上吊床的本领（由于地方不够，所以每天晚上都得搭起吊床），有时在附近散步。终于一切都准备就绪。可是，“贝格尔”号还没有开动，因为逆风一个劲地刮个不停，所以启航日期一拖再拖。达尔文的情绪低落了：他想念亲人，并且想到一离别就是三年，就感到害怕。天气不断使人感到愁闷和沮丧。此外，他还感到心脏有点痛，心搏过速，于是他就象那些只有一知半解的医学知识的青年人所经常表现的那样，猜想自己得了严重的心脏病；不过他没有去找医生，因为他怕医生不让他去航行。
十二月十日终于出海了。达尔文很快就患了晕船病，船的摇晃使他感到十分难受。傍晚，海上迎面刮起了大风暴，因此第二天早晨“贝格尔”号又返航。到中午时分，这艘二桅方帆军舰又回到了它的停泊处。达尔文饱受了风暴之苦，所以在他恢复知觉，稍事休息，在海岸上散了一会步之后，他感到很高兴，因为散步大大恢复了元气。这只舰又不得不停泊在港湾里。这时达尔文着手制定计划，并把他准备在航海时要做的事一一写进了《航海日记》，收集搜集品，考察和阅读他所能消化的自然史的“各个领域”，进行气象观察，学习数学、德语、西班牙语和少量的古典语，例如在星期天用希腊语读读圣经，还读点英语书来消愁解闷。这个宏大的规划比起“剑桥”时的那个规划来虽然稍微逊色，但是在这个宏大的规划中，只有学习数学和阅读希腊文圣经这两项达尔文后来未能实现。
西南风刮个不停，启航也遥遥无期。不过达尔文还是怀着高兴的心情在《航海日记》中指出，三星期前从普利茅斯启航的二桅方帆军舰又被迫返航归来。
十二月二十一日“贝格尔”号终于第二次出海了，但是在退潮期间驶经德霍克岛时触了礁，一动不动地停了半个小时，最后驶进了公海。达尔文也患了晕船病。后来他睡着了，一直睡到第二天早晨才醒。早晨他得知，“贝格尔”号舰由于风向改变又返航回来。它趁着强大的顺风很快就返回到了普利茅斯。
所有这几次延期虽然使查理心情忧郁，但也有其积极的一面。“贝格尔”号属于那种老式的二桅方帆军舰，这类二桅方帆军舰由于轻便而得了一个外号“棺材”，其所以如此，是因为这种轻便的军舰一遇到大风浪便往往沉没。它的船舷与船的大小相比显得很高，因此大浪冲击它们的时候是很危险的。前面已经提到，它从上次航行回来时已破烂不堪，所以不得不对它几乎是重新改造。这只船上用的材料都是最好的。这只小船确实没有辜负舰长和全体船员对它的种种关怀，在它从长期的艰难航行归来时几乎连一根椽木也没丢。
另一方面，查理却有很多时间向那些有经验的人请教，准备收集自然史搜集物所必需的各种装具，准备他作为一个博物学家所需要的各种装具，准备他作为一个博物学家所需要的书籍。他后来在航途中的来信中写道：“我们在普利茅斯所经历的那一切遥遥无期的停留是极其幸运的，因为我认为在出外作自然史各部门的采集和观察工作的那些人之中，没有一个比我装备得更好的了。”
为了庆祝圣诞节（十二月二十五日）水兵们个个都要痛饮一番，因此哨兵的职务只得由一名海军练习生来担任。在圣诞节的第二天，尽管天气很好，“贝格尔”号却未能出海，因为有几名处于酒醉状态的优秀水兵由于粗野举动罚戴八、九个小时的重镣。
十二月二十七日，是一个东风吹拂、阳光灿烂的日子，就在这一天，“贝格尔”号在上午十一点起锚，终于第三次出海了。这次它没有返航回来。在克服了种种障碍和经历了几次延期之后，达尔文的环球航行开始了。
当然，决不能把这次乘“贝格尔”号的旅行想象为一次纯科学性的旅行。毫无疑问，这次旅行，即使没有达尔文，也一定会提供一些科学的成果，因为这次探险的任务之一是研究和详细勘察南美洲的东西两岸。但是政治和经济任务则是这次航行的基本原因。当时的英国，力求夺取南美洲的市场，力求促使英国的资本渗透到这个洲的各个国家的经济中去。因此，这次探险的所谓科学目的，只不过是英国用来掩盖自己在南美洲进行扩张的一个最方便的假面具而已。达尔文本人与这个“崇高的”政策是毫无关系的，不过乘“贝格尔”号舰的这次旅行，对他来说，则是最终决定他整个未来事业的大事。
第五章 乘“贝格尔”号旅行的第一年
“贝格尔”号以每小时七、八海里（十三——十五公里）的速度飞速前进。达尔文平安地度过了第一个晚上。“贝格尔”号虽然躲过了在海峡刮起的大风暴，但是却遇上了惊涛骇浪，于是从第二天起，达尔文便开始受折磨，这种折磨持续了整整一周，对他来说，这是可怕的一周，晕船把他折磨得“情绪大为低落”，使他对这次旅行感到“十分后悔”，他在《航海日记》中谈到晕船时写道：“这是最大的不幸”，当他们经过马德拉群岛时，他甚至不能登上甲板去看一看这个群岛。躺在吊床上使他多少好受些。他同斯托克斯合住的那个船舱，光线很充足，除了舰长室之外，可以说是最好的了，可就是非常狭窄，绘图桌旁的那个狭窄过道是他工作、穿衣和睡觉的唯一地方。斯托克斯在这张桌子的一端绘图，另一端是“刚够转身的那点空间”（给福克司的信）则是达尔文工作的地方。他的吊床就在绘图桌的上面，绘图桌另一端的上面是斯托克斯的吊床。在晕船期间，达尔文要么躺在吊床上，要么躺在舰长室的沙发上，同菲茨·罗伊谈话，阅读洪保德和其他旅行家描写热带自然界的著作，以此来转移注意力。
只是在一月五日，当“贝格尔”号驶近特纳里夫岛时，大海和天气才起了明显的变化，但就是在这里，达尔文也大失所望，他在自己的《航海日记》中连声说道：“倒霉！倒霉！”
“贝格尔”号舰向圣克鲁斯镇驶去，这个镇的许多白色小屋子在火山岩的映衬下显现出来。达尔文观察了这时在浓云上空显露出来的白色山巅，或称“大糖块”，他认为，饱赏洪保德引人入胜地描述在攀登山峰时所见的美景的宿愿，眼前就要实现。突然从圣克鲁斯驶来一只小船，从它的上边一位执政官登上了“贝格尔”号的甲板，他宣布，现在欧洲有霍乱，“贝格尔”号必须进行十二天隔离，在此之前，任何人都不准上岸。听到这个意外的消息后，全船的人无不沮丧，死气沉沉。不过，菲茨·罗伊舰长马上改变主意，因为要无所事事地度过十二天，这不合他的性格，他马上下令张帆，向佛得角群岛驶去。就是到了第二天，达尔文还以恋恋不舍的目光送别他极其向往的目标——那久久还历历在目的特纳里夫峰，它被初升的阳光照耀着，以及它那被羽状云朵遮盖住的大圆锥体。不过使他快慰的是，天气变得晴和了，热带的夜晚美丽无比，晕船之苦也没有来缠绕他了。在他后来发表的《考察日记》中，他把他从正在远去的“贝格尔”号上看到的特纳里夫峰上的曙光称为“是我永远不能忘记的那许多令人神往的日子中第一天的曙光。”
到美洲去乘下的旅程，确实是在风平浪静的海面上渡过的。一月七日和八日，达尔文安静地阅读了一些作品。可能他这时读的是赖尔的著作。关怀备至的汉斯罗，曾建议达尔文在旅行中带上当时刚刚出版的赖尔的《地质学原理》第一卷。汉斯罗说：“您一定得读一读这本书，因为它很有趣味，但除了事实以外，其余的可不必注意，至于理论，那是极其荒谬的。”
赖尔的这本书，对当时在地质学上占统治地位的实变论者的观点，进行了最有力的驳斥。大家知道，法国科学家居维叶发现了一个完整的绝种动物界，并在他的多卷本《对骨化石的研究》中，把他本人在赖尔之前所发现的脊椎动物化石加以系统化。居维叶通过对海沉积层层理顺序的研究，确信大海曾几次向陆地移动，海水留下了痕迹以及海生动物的遗骨，后又退去了，让位于陆上沉积物和淡水沉积物。化石在沉积物更替时也发生了变化。因此，一定的化石是与一定的层理相符合的。他认为，根据严格的原理重叠性来判断，海沉积物是特别静止地、大概是在相当长的时间内沉积成的。但是使他感到惊讶的是，最初沉积成的那些层理显然是卧式的，有时呈斜状、或者是立式的，有时则弯曲得很厉害。还使他惊奇的是，一些性质完全不同的层理明显地代替了这些层理。是什么力量形成这些层理，又把它们折断、弄弯的呢？是什么力量用完全不同的层理代替了这些层理呢？应该有一种力量，它立即并且直接起作用，沉积成这一些新的层理，那么，这种力量是从哪里来的呢？
居维叶在解释这种现象时说，由于发生了毁灭整个原先动物群的突变，所以就存在目前没有起作用的力量。他认为，在西伯利亚冻土中发现的犸猛和犀牛的尸体，就是发生突变的记据。在他看来，只有突然并且立即冻结才能预防这些动物的皮和肉在死后不会腐烂。
前面提到的岩石水成论者的理论，被岩石水成论的主要理论家魏尔纳的学生，即亲自了解火山的构造与活动的洪保德和列奥波尔德·布赫驳倒之后，这些关于灾变的思想也得到了地质学家们的支持。布赫在研究加那利群岛的火山之后，发展了《火山口隆起论》，根据这个理论，火山是靠隐藏于地下的一种有弹性的岩浆的压力而逐渐升起的。他认为山脉层的隆起、变形和折断，与结晶岩的出现有关系，于是断定，曾经有过几个时代产生了许许多多的火山，这些火山流出了大量的熔岩，提高了山脉层，从而形成了许多沙丘和石岗，因而某些科学家说，地质破坏性灾变学说的真正创造者是布赫，而不�