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不过，在鲍林的阿尔法螺旋这一惊人的成就面前，人们提出的种种批评的意见也就黯然无光了。尽管阿斯特贝里不断提醒鲍林，应当对5。1埃这个数据得不到证实这一点作出明确的解释，但是鲍林提出的螺旋结构都有其充分的依据，这一点也是无可辩驳的事实。使人困惑不解的X光反射现象，看来是与基本结构本身无关的某一种因素造成的。鲍林在对阿尔法螺旋进行推广时，提出了各种各样的片层结构，看来也是很有道理的。在英国，人们开始认识到，尽管鲍林在其他结构问题上前进得快了些，但他终究解决了一个大问题，也即角蛋白的收缩形式和扩张形式的问题，阿斯特贝里相信，这种物质是所有蛋白质生成的源泉。正如鲍林在那时写下的那样，“我心里非常清楚，这些发现将会迎来蛋白质研究的一个新时代。”
事实也确是如此。鲍林对蛋白质的研究使这场竞争游戏的规则发生了变化。正是鲍林始终相信氢键是十分重要的。同样也是鲍林显示了根据精确的化学定律建造模型的巨大威力——这种随机研究的方法，使受过高等教育的人有可能利用猜测最终结果的办法，来解决复杂的X射线那样的问题。仍然是鲍林坚持将结构的精确度定到百分之一埃以内，从而将这场竞争提到这样高的水平，以至任何关于蛋白质结构的一般性粗糙的想法根本就没有立足之地。从此开始，人们提出任何一种蛋白质结构，都得满足鲍林对精度的要求。另外还有一点很重要，正是鲍林彻底打破了英国人有关整数对称性的思维定势。根据这种思维定势，人们一直认为晶图应具有对称的空间结构；正是因为这种思维定势，导致布拉格和佩鲁茨迷失了前进的方向。在阿尔法螺旋结构的理论提出以后，研究生物分子的晶体学家在思想上得到了解放，他们开始用新的方式思考生物分子，寻求其非整数特性——因而可以根据自己的想法弄清楚真实的研究对象了。
这是一项了不起的成就，鲍林确信自己是当之无愧的。1951年9月，来自42个国家的18000名化学家会集在纽约市，举行世界化学大会，又称纯粹化学和应用化学代表大会——这在历史上是最大的一次化学家聚会，庆祝美国化学学会成立如周年纪念日。会议规模宏大，地点又选在曼哈顿岛的中心，因此得到了新闻媒体的大量报道。鲍林根据大会的议程作了好几次报告，其中包括一次关于蛋白质结构的重要讲演。他还协助加州理工学院新闻系整理了一份长达六页的新闻稿，其中简要地阐述了他的发现所具的重大意义。这一篇文章后来成了科学家进行公关活动的一篇杰作。文章较为详细地概括了鲍林发现的成果，着重提到了在这些发现背后有关人员作出的努力，同时还强调了这些发现对科学和医学将会产生的巨大影响。文章使用的语言都是记者能够理解的，其中不乏诸如“生命的奥秘”那样一些引人注目的用语。美国化学学会公关部工作人员急切希望媒体能最大限度地报道大会的实况。除此之外，他们心里很清楚，鲍林这个人气度不凡，又平易近人，因此也乐于给鲍林的工作提供必要的帮助。
这样，鲍林在大会上出尽了风头。整个大会期间，他所作的关于蛋白质结构的讲演吸引的听众最多。这次讲演是安排在罗斯福宾馆的大会议厅中进行的。像往常一样，他兴致勃勃地面对着将大厅挤得水泄不通的听众，侃侃而谈。听众中不少人是来自几家大报的记者，另外还有一名来自《生活》杂志的摄影师。一切都非常顺利，事事都无可挑剔——一直到快要结束时，开始进入提问和答辩的阶段，一位头发稀疏、相貌一般、身着西服的男子从后排座位上站起，声称是他第一个发现了阿尔法螺旋。这个人就是莫里斯·哈金斯。这位科学家在1943年就曾提出蛋白质具有螺旋状结构，为此他曾要大家去寻找这种螺旋。这使鲍林一时感到很尴尬，他在头脑里苦苦思考着，试图回忆起哈金斯研究所得的详细结果。然后，他终于回过神来，指出哈金斯关于螺旋形态的基本思想是正确的，但他和布拉格一样，没有认识到平面肽基的必要性和非整数类型的重要性。但是，这并没有平息哈金斯显示出来的怒气。哈金斯和鲍林的交往可以追溯到很久以前——早在20年代，他曾用有关化学键的某些早期的想法帮助过鲍林，而且也提出过氢键的想法——但是，在每一种场合，一直是鲍林出名得利，相形之下，哈金斯的业绩却再三地受到冷落，他不想让鲍林在蛋白质研究方面窃取他的思想。鲍林花了好几个星期的时间试图说服他，他的模型相对来说比较含糊，在某些重要方面甚至是错误的。
这短暂的口头交火，不但没有使在场记者对鲍林的成果产生怀疑，正好相反，他们对这些发现的重大意义留下了更为深刻的印象。第二天，《纽约时报》的大幅标题是：“化学家揭开蛋白质奥秘——战胜疾病的有力帮手——探索生命起源道路上第一座里程碑——有可能解开千古之谜。”随附的报道使用了发动总攻击令式的语言，将这一发现比拟为“攻克自然界重要堡垒的第一个重大的据点——细胞质的结构，也即生命的物质基础——这一堡垒在不久以前还一直是坚不可摧的。”消息很快地传遍了全国。两个星期以后，五百万读者在打开《生活》杂志时，看到了鲍林的巨幅照片。照片上，他笑容可掬，手指着他填补空间的阿尔法螺旋的模型，标题是“化学家解开大秘密”。他在蛋白质结构问题上取得的成就，使他进入了世界上最著名科学家的行列。
就业资格审查委员会
两个月以后，鲍林被召到就业资格审查委员会面前，他又得为自己的名誉而战了。
无论在公开的场合，还是在杜布里奇收到的一系列信件中，鲍林的政治立场都不断地受到来自右翼的攻击。杜布里奇明白，大多数保守派人士，在一些情况下还有一些非常有钱的客人，他们是学校的经济后盾。这些人不喜欢鲍林，这一情况正在使学校失去巨额的资助。在那年10月份联邦调查局的一份报告中，杜布里奇和加州理工学院的许多人对鲍林的态度是这样归纳出来的：“在加州理工学院的员工中，谁也不相信鲍林真的是共产党员，大家将他划归为有点（原文如此）爱出风头的人。许多人指出，鲍林经常想看到自己的名字在报纸上出现，这种情况已经给加州理工学院带来了许多麻烦的事。”这位特工又写道：“鲍林近来名声不佳，加州理工学院校方对此感到很不快，这在全校的一般员工中也有所反映。……（此处原文已涂没）觉得他是一位独一无二的科学家，但也开始相信，迟早有必要采取某种措施，因为这已使学校失去了可能得到的几百万美元捐款。”于是，尽管杜布里奇在公开的场合仍一如继往地保护鲍林，但在私下里却再三劝说鲍林降低一下活动的调门。
在为就业资格审查委员会听证会作准备的过程中，杜布里奇在鲍林问题上的两面性做法得到了充分的体现。鲍林曾要求杜布里奇为自己指派一名律师，但这位加州理工学院的校长拖延了很长的时间不答复，致使鲍林失去了希望。他感到最好还是雇一名自己信得过的人。此人就是本地的美国公民自由协会激进分子阿伯拉罕·林肯·威林。鲍林一家人是在第二次世界大战期间抗击日冠歇斯底里的斗争中认识威林的。从那时起，威林就在公众心目中赢得强硬异常的激进律师这一名声，他随时准备和各种各样的调查委员会对着干。在非美活动调查委员会的一次听证会上，威林因为不肯闭口而被警卫人员驾着扔出了法庭，他也因此而远近闻名了。就在鲍林案听证会举行前的星期四，杜布里奇召见鲍林，告诉他威林不能当他的辩护律师，并且为他提供了另一位人选。鲍林回答说，时间太晚了。“我将尽力代表学校和我本人，让大家满意，威林先生也会这样做，对此我抱有信心，”他这样说道。鲍林还建议杜布里奇雇一名律师在听证会上代表加州理工学院作辩护。
星期一，鲍林走进了洛杉矶联邦大厦810房间，后面跟着威林和他们两人选中的一批鲍林品行的见证人。鲍林面对着陪审团就坐。听证会刚宣布开始，鲍林就宣读了一份长达十三页的声明，全面总结了自己的生活经历和政治信仰。他向陪审团成员谈到，他的园丁是一位美籍日本人，他们两人在一起相处，使他看清了一些社会问题的实质。通过阅读报纸和对历史的研究，他逐渐形成了一套自己特有的政治见解。“我没有对任何一个政党或团体作过任何一类承诺，”他对陪审团说。“我从来就不是共产党人，现在也不是共产党人。我与共产党从来就未发生过牵连。”
鲍林说，他是一个美国人。实行典型的民主制度，维护各个国家和民族之间的和平，尊重美国宪法中规定的人权，承认最高的道德准则，这些就是他信仰的准则。接下去，他又简要地说明了自己为政治活动付出的代价。他告诉陪审团，他为此失去了伊莱·莉莉公司顾问的资格。“我目前的雇主，也就是加州理工学院，为了迫使我停止政治活动，对我施加了巨大的压力。”他在声明的末尾，用了很大的篇幅回顾了他为国家所做的大量工作。他曾赢得杜鲁门总统颁发的奖章。他对自己作为一名科学家所掌握的知识作了非常自信的评价——“我认为，就总体上来说，我所掌握的科学知识，比任何一个美国人都更为广博——数学，物理学，化学，生物学，还有地质学（矿物学），”他说道。他申诉自己是清白无辜的。“我知道，由于我的政治活动和社会交往，有人在用于鉴定的分级档案里将我列入了不可靠一类，”他对陪审团说。“我本人认为，考虑到本人的人格和品德，考虑到我对国家可能提供的服务，考虑到我的人生价值，应当把清白的名声还给我。”
在洛杉矶，就业资格审查委员会花了两天的时间，例行公事般地对鲍林进行了令人乏味的盘问，并且出示了一份常见的清单，上面列出了“可疑”团体的名称、发言稿和一些经过签署的文件。唯一逗人发笑的是，陪审团顾问竟然问了这样一个问题：“你到底是还是不是保护红木组织的成员？”鲍林禁不住朗声大笑起来。最后，在听取品行见证人的不着边际的证词后，陪审团决定12月初在华盛顿继续举行听证会。这称得上大案——鲍林是至今面对就业资格审查委员会的一个最为有名的科学家——而且他们也不急于收场。
但是，华盛顿听证会后来根本就没有举行。洛杉矶听证会结束后第二天，杜布里奇给鲍林发出了一封令人吃惊的信函。他在信中称，学校人事处已对有碍于鲍林要求恢复名誉的一次工作上的“疏忽”作出了处理。看来，鲍林之所以要接受就业资格审查委员会的听证会审查，原因就在于他的名字“因误解”而被列入要求参阅绝密级文件的科学家名单，这些科学家正在从事名为“远景工程”的一个氢弹项目的研究。原来这一切全都是误会，就业资格审查委员会对他作了错误的调查。杜布里奇嘱咐校人事处的主管写了一封“道歉信”。鲍林将这封信转交给在华盛顿的就业资格审查委员会，之后，整个案子就被取消了。
鲍林已深受其害。一方面，就像他以前受到加州教育委员会纠缠那样，他必须面对当地一批反共政客的鼓噪；另一方面，他从事国家级科学研究的资格也受到了威胁。由于失去了接触机密材料的资格，他作为加州理工学院的一名高级管理人员，有效地进行工作的能力就大打折扣了。举例来说，他�