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种是基本肯定，一种是基本否定，一种是主张“一分为二”。
肯定者认为：耶稣会士本身虽是欧洲天主教反动势力的主要工具之一，但这一时期来华的传教士不是欧洲反动势力的代表。他们东来传教基本上是由于经济上的原因，反映欧洲资本主义原始积累时期的宗教活动，符合当时中国新兴市民阶级和资本主义萌芽的需要。这些传教士在传播西方科学文化知识方面起了很大的作用。
否定者说，当时侵入中国的耶稣会士，主要是以西方殖民主义为背景。他们的任务和目的是为了打开侵略中国的大门，实行“门户开放”。他们也不是散漫的个人宗教活动，而是依据殖民主义国家统治者的命令，进行有组织、有计划的侵略活动。不是传播科学，而是传播宗教，为殖民主义者的经济侵略服务，不利于中国资本主义萌芽的发展。他们本身也不具备传教士和科学家双重资格。
主张具体问题具体分析者认为，在揭露他们东来负有为欧洲反动势力效劳的同时，当肯定其所带来的西方科学文化，对于当时长期停滞不前的中国科学文化的苏醒、重新焕发青春所注入的积极因素。
八十年代以后，总的趋势是评价较高，而且有不断拔高的倾向。但意见交锋依然存在。
有人非常强调耶稣会士来华传教的进步作用。他们认为必须把明末清初的传教士同鸦片战争以后的传教士区别开。明清之际东来者，在经济上、军事上、政治上诸方面都没有对中国构成大的威胁。他们的主要活动是传播宗教，通过各种交往使中西方有了初步的文化交流与认识。交往的双方是平等的。有的还进而强调他们在传播西方科学文化、介绍中华文明以及为中国造就科技人才等方面的贡献。并说其时东来传教士大多数是知识渊博的学者，他们一心传教、著书立说，在华数十年遵守中国法律，没有从事侵犯中国主权和有损于中国利益的活动。他们是进步守法的宗教人员。总之，他们在华的活动，都是无可非议的。正是由于他们的东来才造成了中国科学文化史上一个极为特殊的时期。
当然，也有一些学者不赞成这种看法。以为明清之交来华传教士具有政治上的反动性和科学上的保守性双重特点。指出耶稣会士是当时资本主义殖民活动的一个重要组成部分，他们与西方殖民国家关系密切，利用宣传科学为殖民扩张服务，为入侵中国开辟道路。正是为了进入中国的大门，他们才被迫一再改变传统政策，其主观动机仍然是为了从思想上征服中国人，以帮助西方殖民主义为其主要目的。另一方面，利玛窦等人所代表的已经不是蔚为主流的近代科学与近代思想，对当时西方很多名著、名科学家的学说和理论，如哥白尼、培根、伽利略等，耶稣会士基本上没有向中国介绍。所以对西学东渐不能估计过高。有的还认为，当时中国处于闭关自守、对外妄自尊大的状态，这也决定了从整体上说，此时西方输入的科学文化，对中国社会所起的作用并不大。
此外，还有一些文章探讨了耶稣会士与中国士大夫的关系，以及他们向西方介绍中国物质文明和传统文化的过程。
三、嘉靖时的“倭患”
倭寇对中国沿海的侵扰，到嘉靖时又猖獗起来。明朝中期以后，国势日益衰落，尤其到嘉靖时，海防废坏，倭寇“剽掠辄得志，益无所忌”，倭患日益严重。嘉靖二年（1523）四月，日本左京兆大夫内艺兴遣僧宗设，右京兆大夫高贡遣僧瑞佐及宋素卿先后至宁波。宋素卿原是宁波人，后来投奔日本。他贿赂明市舶太监，得先查阅瑞佐货物，市舶司设宴时也使瑞佐上坐。宗设不平，袭杀瑞佐，并俘获了明军的指挥官袁琏，都指挥刘锦亦战死海上。嘉靖帝闻讯大怒，听从了夏言的建议，认为“倭患起于市舶，遂置之”。于是，撤销了市舶司，海禁更加严厉。在这种情况下，中国巨商和海盗便和倭寇相勾结，亦商亦盗，兼行劫掠。这也是嘉靖时期倭患严重的主要原因和突出特点。
嘉靖二十六年（1547），明朝命巡抚赣南的右副都御史朱纨巡抚浙江，提督浙闽海防军务。朱纨到任后雷厉风行，着力整顿了海防，“革渡船，严保甲，搜捕奸民”，处死李光头等走私海商及海盗九十余人，震动一时。闽浙海商因而失去商利，遂群起攻击朱纨，朱纨愤而自杀。明朝也罢设提督海防军务的巡抚御史或巡视大臣。于是海防更加空虚，海盗与倭寇的活动也更加猖獗了。
面对倭寇的侵扰，明朝不得不再设巡视大臣。嘉靖三十一年（1552）以佥都御史王忬提督军务，巡视浙江及福、兴、漳、泉四府。王忬到任后，在浙、闽沿海地区逮捕沿海各地作为内线的猾民，倭寇因而“不复知中国虚实与所从向往”，其在海中的船只，也得不到菽粟和火药，往往自行遁走。王忬又巡视诸未筑墙的府、州、县，建城三十余处。但不久他便被调任大同巡抚。
嘉靖三十三年（1554）五月，明朝任命南京兵部尚书张经，“不解部务，总督江南、江北、浙江、山东、福建、湖广诸军，便宜行事”。同年秋，又改为右都御史，兼兵部右侍郎，专总督军务讨贼，解兵部事。张经是福建侯官人，曾总督两广军务，为当地少数民族拥戴。他受此重任，“亦慷慨自负。中外忻然，谓倭寇不足平”。
当时倭寇二万盘踞在华亭（松江）柘林川沙洼。张经选将练兵，筹划捣毁倭寇的巢穴。次年陆续调集两广土司兵，分配给总兵官俞大猷、参将汤克宽和游击邹继芳等，俟永顺、保靖苗兵到达后，即展开决战。可在此时，工部右侍郎赵文华又受命到浙江祭告海神，以镇倭寇，兼督察沿海军务，使问题变得复杂起来。
赵文华来到东南，即催促张经出兵，张经自以为地位比文华高，“心轻之”，不予理会。赵文华极不满意，竟密疏诬告张经“糜饷殃民，畏贼失机，欲俟倭饱飏，剿余寇报功，宜亟治”。世宗得疏大怒，嘉靖三十四年（1555）五月，诏令逮治张经。
然而就在此时，永顺、保靖苗民已到，倭寇自柘林侵犯嘉兴，张经派参将卢镗从水陆两路进攻，大败倭寇于石塘湾。倭寇行至王江泾，张经又令永顺、保靖土兵夹击，斩首二千级，倭寇大败。余寇奔窜柘林，纵火焚巢，驾舟二百余艘出海而逃。张经指挥作战，取得王江泾大捷，一时称为自有倭患以来“为战功第一”。
王江泾大捷后，世宗命将张经逮解进京，这年十月，将张经斩首。与此同时，世宗以赵文华督察军务，赐铸关防。赵文华自此“出总督上，益恣行无忌”。张经死后，浙江巡按御史胡宗宪得赵文华荐引，巡抚浙江，又晋为总督，以兵部侍郎兼佥都御史。嘉靖三十五年（1556）、三十六年，胡宗宪虽然诱杀了海盗徐海、汪直等人，沿海屡获胜利，但“新倭复大至”，对闽、浙沿海地区侵扰如故。
嘉靖三十五年（1556），戚继光受命任参将，守台州、金华、严州三郡，负责御倭事宜。戚继光到浙江后，请求在义乌招募农民和矿夫，组织、训练新军，得到朝廷恩准。嘉靖三十八年秋，他亲自来到义乌，招募了三千人，制定纪律，严格训练。戚继光还创造了“鸳鸯阵”的战术，将盾牌、狼筅、长枪、叉、钯、棍、刀等长短武器联合使用，各尽所能，密切配合。经过两个月的训练，戚继光招募的这支军队就成为战斗力很强的精锐部队，开赴抗倭战场。由于这支队伍英勇善战，屡立战功，被誉为“戚家军”。
嘉靖四十年（1561），倭寇大掠浙东桃渚、圻头。戚继光率部急趋宁海，扼桃渚，在龙山大败倭寇。倭寇逃遁，乘虚袭击台州，戚继光回军与战，也大获全胜。戚继光先后九战九捷，俘馘一千余。此后，总兵官卢镗、参将牛天锡又在宁波、温州一带大败倭寇，浙东的倭患遂告平息。
嘉靖四十一年（1562）福建成为倭患的中心，福建明军连连告急。戚继光被调入闽，在横屿、福清、兴化等地又获全胜，班师回浙。戚继光还浙后，又有大批新倭来福建。福建倭患再起，明廷急调俞大猷往剿，任命俞大猷为镇守福建总兵官，以戚继光为副，领兵剿倭。次年四月，戚继光至闽，与刘显、俞大猷分三路进攻平海，戚继光所率戚家军首先登上敌垒，刘、俞部相继突入，斩首二千二百，戚继光以军功升都督同知，世袭千户，并代俞大猷为总兵官。次年春，戚继光相继败倭于仙游城下、同安王仓坪等地，斩获颇多，余倭掠渔舟出海去。福建倭患至此亦被平定。嘉靖四十三年（1564）广东总兵俞大猷在提督两广兼理巡抚吴桂芳的支持下，与其他将领先后击败倭寇于海丰等地，广东倭患也得到解除。东南沿海的抗倭斗争，终于取得了最后的胜利。
但抗倭战争也使明王朝消耗很大。自嘉靖三十一年（1552）倭犯台州等地起，“七八岁间，所破城十余，……官军吏民战及俘死者不下数十万”。为了御倭，明朝几乎帑藏空虚，不得不在江南实行加派，全国各地精兵良将也被调往东南沿海，因此有人指出：“由于倭寇的侵扰，明朝东南沿海富庶之区，人民的生命财产，农工商业生产，都遭受了极其严重的破坏。”
通过这场战争，使越来越多的人认识到开放海禁的重要性。明朝廷也鉴于嘉靖时“倭乱”的教训，到隆庆时开始部分开放海禁。
明世宗的时候，有一批日本的海盗经常在我国东南沿海一带骚扰。他们和中国的土豪、
奸商勾结，到处抢掠财物，杀害百姓，闹得沿海不得安宁。历史上把这种海盗叫做“倭寇”。
公元１５５３年，在汉奸汪直、徐海的勾结下，倭寇集结了几百艘海船，在浙江、江苏
沿海登陆，分成许多小股，抢掠了几十个城市。沿海的官吏和兵士不敢抵抗，见了倭寇就逃。
倭寇侵略越来越严重，使躲在深宫里的明世宗也不得不发愁了，叫严嵩想法子对付。严
嵩的同党赵文华想出一个主意，说要解决倭寇侵犯，只有向东海祷告，求海神爷保佑。明世
宗居然相信赵文华的鬼话，叫他到浙江去祷告海神。后来，朝廷派了个熟悉沿海防务的老将
俞大猷（音ｙó；ｕ）去抵抗。俞大猷一到浙江，就打了几个胜仗。但是不久，浙江总督张经
被赵文华陷害，俞大猷也被牵连坐了牢。沿海的防务没人指挥，倭寇的活动又猖獗起来。朝
廷把山东的将领戚继光调到浙江，才扭转了这个局面。
戚继光是我国历史上著名的民族英雄，山东蓬莱人。他到了浙江，先检阅那儿的军队，
发现那些军队纪律松散，根本不能够打仗，就决心另外招募新军。他一发出招兵命令，马上
有一批吃够倭寇苦的农民、矿工自愿参军，还有一些愿意抗倭的地主武装也参加了进来。戚
继光组织的新军很快发展到四千人。
戚继光是个精通兵法的将领，他懂得兵士不经过严格训练是不能上阵的。他根据南方沼
泽地区的特点，研究了阵法，亲自教兵士使用各种长短武器。经过他严格训练，这支新军的
战斗力特别强。“戚家军”的名气就在远近传开了。
过了几年，倭寇又袭击台州（今浙江临海）一带，戚继光率领新军赶到台州。倭寇在哪
里骚扰，他们就打到哪里。那些乱七八糟的海盗队伍，哪儿是戚家军的对手，交锋了九次，
戚家军一次次都取得胜利。最后，倭寇在陆地上呆不住，被迫逃到海船上，戚继光又用大炮
轰击。倭寇的船起了火，大批倭兵被烧死或掉到海里淹死，留在岸上的也只得乖乖投降。
倭寇见到浙江防守严密，不敢再侵犯。第二年，他们又到福建沿海骚扰。一路倭寇从温
州往南，占据了宁德；另一路倭寇从广东往北，盘踞在牛田。两路敌人互相声援，声势很
大。福州的守将抵挡不了，向朝廷告急。朝廷又派戚继光援救。戚继光带了新军赶到宁德，
打听到敌人的巢穴在宁德城十里外的横屿岛。那儿四面是水，地形险要。倭寇在那儿扎了大
营盘踞，当地明军也不敢去攻打他们。
戚继光亲自调查了横屿岛的地形，知道那条水道既不宽，又不深。当天晚上潮落的时
候，戚继光命令兵士每人随身带一捆干草，到了横屿对岸，把干草扔在水里。几千捆干草扔
在一起，居然铺出了一条路来。戚家军兵士踏着干草铺成的路，神不知鬼不觉地插进倭寇大
营。经过一场激烈战斗，盘踞在岛上的二千多个倭寇全部被歼灭。
戚家军攻下横屿，立刻又进兵牛田。到了牛田附近，戚继光传出命令，说：“远路进
军，人马疲劳，先就地休整再说。”
这些话很快传到敌人那里。牛田的倭寇真的相信戚家军暂时停止进攻，防备也就松懈下
来。就在当天晚上，戚继