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蔡元培的兼容并包思想，也使一些旧派教员折服。五四运动爆发后，蔡元培被迫辞职，当局欲找一些北大的旧派作些落井下石的文章，而向来大骂新派的黄侃却站在了挽留蔡元培的行列。他对人说：“余与蔡孑民志不同，道不合；然蔡去余亦决不愿留。因环顾中国，除蔡孑民外，亦无能用余之人。”黄老先生也应算蔡元培的知音。
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5。《大学令》——教授治校
蔡元培多次到欧美留学、考察，西方政治民主思想和教育思想对他影响很深，因而他成为国内主张学术思想自由、民主办校、提倡教授治校的第一人。早在1912年他主持起草《大学令》时，就规定大学要建立评议会、教授会的组织，并对它们的权限作了明确的规定。
京师大学堂时期唯总监督马首是瞻的衙门作风自不必说，北京大学成立之后，学校权力仍掌握在以校长为首的少数几个人手中。正如蔡元培后来所说：“我初到北京大学，就知道以前的办法是一切校务都由校长与学监主任、庶务主任少数人总理，并学长也没有与闻的。我以为不妥，所以第一步组织评议会，给多数教授的代表议决立法方面的事；恢复学长权限，给他们分任行政方面的事。但校长与学长仍是少数，所以第二步组织各门教授会，由各教授与所公举的教授会主任分任教务。将来更要组织行政会议，把教务以外的事务均取会议制。并要按事务性质，组织各种委员会来研讨各种事务。”
1917年，蔡元培主持建立了北大评议会，作为全校的最高立法机构。评议会由评议员若干人组成，校长是当然的议长，评议员由各科学长和各科分别推举的教授代表二人组织，任期一年。1919年以后，评议员除校长和各科学长外，每5名教授选一名代表为评议员，一年改选一次。凡学校章程与条令的审核通过、学科废立、课程设置、教师的审聘、学校预决算等重大事项，都必须经过评议会的讨论决定，才能执行。
评议会实际上是一个教授会，是蔡元培教授治校的重要体现，在实际操作过程中也确可以“容纳众人意见”，具有民主讨论的风气。曾任过评议员的李书华教授后来回忆说：“目睹开会时对于各议案的争辩，有时极为激烈。”北大评议会中新派人物占有多数，在五四运动时期，他们能支持全校师生的爱国活动，多次发表反对北洋军阀政府的宣言，并几次宣布和北京政府教育部脱离关系。
由校长、各科学长和教授代表组成的评议会，毕竟只有少数几个人，所以蔡元培决定组织来源更广、更有代表性的各科教授会。1917年12月，北大评议会通过各科教授会组织法，随后分别成立了各学科教授会。1919年废门改系后，北大成立各系教授会。系主任由教授会投票选举。当时规定，系主任必须是教授，如一个系仅一名教授，这人就为系主任，无二话可说；有两人则按期轮值，以先到者为始；三人以上互相选举，如票数相等，校长可增投一票决定人选。教授会负责规划本系的教学工作。
1919年4月，蔡元培又在北大成立了教务处和总务处，这是蔡元培实施教授治校体制的第三步。蔡元培开始改革时，加强各科学长的职责，由学长负责各科的行政、教学工作，但这只是过渡，因为这易造成学长权力的集中。按他的民主办学的设想，是要按学校的行政、教务和事务方面分别设立各种相关的委员会，由有关教授分别领导，统一管理。大学的事务都由大学教授所组织的教育委员会主持，大学校长也由委员会选出。这样一来，学校的民主根基牢固，内部组织结构完备，在“城头变幻大王旗”的军阀混战岁月里，无论外部形势发生怎样变化，也无论何人来任校长，都不能独断专行，祸害北大。即使照德国的办法，一年换一个校长，也不成问题。
1919年3月，学校评议会通过了文理科教务处组织法，准备成立教务处。教务处由各科教授会主任组成，从中推出一人任教务长，襄助校长领导全校教学，任期一年。原计划这个组织法在该年暑假后与分系制一起实行，但因这时社会上攻击北大甚猛，尤对陈独秀特别激烈，蔡元培为避锋芒，缓和气氛，决定提前实行文理科教务处组织法。4月8日，蔡元培召集有关会议，筹组教务处，选举教务长。马寅初当选为北大的第一任教务长。
在成立教务处的同时，北大还成立了总务处，主管全校的人事和财政。首任总务长蒋梦麟后来也做到北大校长，对北大的发展作出过重大贡献，有很不错的口碑。
1919年9月，蔡元培经五四运动后返校任职，进一步调整了北大的学校组织。到年底，北大除仍设评议会为全校最高的立法机关和权力机关外，还设行政会议、教务会议和教务处、总务处等几个重要机构，基本确立了一套完备的民主治校的领导体制，达到了民主治校的目的。正如蔡元培后来在北大25周年纪念会上所指出：“凡此种种设施，都是谋以专门学者为本校主体，使不至因校长一人之更迭而摇动全校。”即学校领导体制的改革，目的是要使专门学者即教授成为大学的“主体”，成为学校办学的管理者，保证民主办学制度的实施，防止学校少数人专权。教授治校调动了广大教师的积极性，提高了办事效率和教学质量。北大教授对此很满意，经常有人回忆起这段民主的岁月。顾孟余先生在《忆蔡孑民先生》一文中说：“先生掌北大数年，以政治环境关系，在校之时少，而离校之时多。离校之时，校务不但不陷停顿，且能依计划以进行者，则以先生已树立评议会及各种委员会等之制度。此制度之精神，在以教授治理校务，用民治制度，决定政策，以分工方法，处理各种兴革事业。然非校长之清公雅量，则此制度不克成立；非师生绝对信赖校长，此制度不易推行也。”
6。蔡元培的大学之“学”（1）
蔡元培了解中外教育制度，而且主持过全国的教育工作。可以说他是五四时期中国极少数具有系统教育思想和理论的教育家，尤其是对高等教育，从教育宗旨、教育内容、教育体制，都有一整套的设想，他也是怀着这一整套设想去改革北大的。因而他一到任就能大刀阔斧，将改革全面铺开。
首先是学科体制改革。
蔡元培非常强调大学的学理性质，认为大学是以培养研究高深学问的学者为目的的。他认为：“所谓大学者，非仅为多数学生按时授课，造成一毕业生之资格而已也，实以为共同研究学术之机关。”作为大学，就应该围绕研究学术这一核心，设置合理的学科。对于“学术”二字，应该有深刻的理解。“学与术可分为二个名词，学为学理，术为应用。”他认为工商、法律、医学等科目，既讲学理又讲适用，均为术，只有纯粹的科学与哲学，才是学。他虽然认为“学必借术以应用，术必以学为基本，两者并进始可”，但又强调“学应该重于术”，“以学为基本，术为支干”，而在基础理论和应用学科之间，应该重“纯粹的科学”研究。他主张在高等教育中要有所分工，“治学者可谓之‘大学’，治术者可谓之‘高等专门学校’。两者有性质之别，而不必有年限与程度之差。”北京大学既然称大学，而且是全国唯一国立大学，就应该致力于把它办成研究学理的中心。
1919年，蔡元培在北大进行了学科体制上的第二个重大改革——“废门改系”。设立学系的思想动因，基于蔡元培对近代科学发展的理解和认识。他从科学演变的历史及其发展趋势，看到了学科之间相互渗透和相互影响的特点，认为“文理是不能分科的”，例如文科的哲学，必植基于自然科学，而理科学者最后的假定，亦往往牵涉哲学。从前的理学属于哲学，而现在用实验法，应列入理科。地理学的人文方面，应属文科，而地质、地文方面则属于理科。历史学自有史以来，属于文科，而推原于地质学的冰期与宇宙生成论，则属于理科。教育学和美学，也渐用实验法，有同一趋势。他指出，许多专门学者，不明了科学发展的趋势，不明白各学科之间的相互关系，以至存在“专己守残之陋见”。如“治文学者，恒蔑视科学，而不知近世文学，全以科学为基础；治一国文学者，恒不肯兼涉他国，不知文学之进步亦有资于比较。治自然科学者，局守一门而不肯稍涉哲学，而不知哲学即科学之归属，其中如自然哲学一部，尤为科学家所需要；治哲学者，以能读古书为足用，不耐烦于科学之实验，而不知哲学之基础不外科学，即是超然之玄学，亦不能与科学全无关系”（见《北京大学月刊发刊词》）。他进一步认为这种认识的局限，造成了大学文理科学生培养上的流弊，“文科之史学、文学，均与科学有关，而哲学则全以自然科学为基础，乃文科学生，因与理科隔绝之故，直视自然科学为无用，遂不免流于空疏。理科各学，均与哲学有关，自然哲学，尤为自然科学之归宿，乃理科学生，以与文科隔绝之故，遂视哲学为无用，而陷于机械的世界观。”他主张要融通文理两科之界限，主张学生文理兼习。学文科者，不可不兼习理科之某种。如学史学的，兼学地质学；学哲学的，须兼习生物学等。而学理科的，不可不兼习文科的某些门，如哲学史、文明史之类。书包 网 。 想看书来
6。蔡元培的大学之“学”（2）
从沟通各科的目的出发，1919年北大决定取消科别，改门为系。全校当时共设数学、物理、化学、地质学、哲学、中国文学、法国文学、德国文学、俄国文学、史学、经济、法律等14个系。学长制同时废除，改设系主任。这样，原属文、理、法三科的各学系分别称为第一、第二、第三院。第一院在沙滩汉花园，第二院在马神庙公主府，第三院在北河沿。第一、第二、第三院只是各学系所在地区的标志，已不是一级机构。
蔡元培在北大进行学制方面的第三个重大改革是改年级制为选科制。
改制之前，北大实行的是日本的年级制，一学年要学习若干课程，都是必修课。这种年级制之流弊，使锐进者无可见长；而留级者每因几门课程之不及格，须全部复习，兴味毫无，遂有在教室中瞌睡，偷阅他书及时时旷课之弊，而其弊又传染于同学。而且年级制太束缚学生的思想，不能让学生发展个性、自由地钻研其心向之学科，不符合学术自由、思想自由的原则。早在1917年10月，蔡元培在教育部召集的在京各高校代表会议上就提出废除年级制，采取选科制议案，并决定由北大试行。1919年暑假后，随着文理科教务处的设立、废门改系，文理科各系陆续地改年级制为选科制。
选科制仿美国办法，大学生在必修一定数量的课程之外，同时可以自由选修一定数量的其他课程，这些课程可以是本系开设的，也可以是其他相关系开设的。北大的选科制是和实施单位制（即后来的学分制）相联系的。当时北大本科生必须修完80个单位方可毕业（按每周1学时，学完一年的课程即为1个单位）。80个单位中，一半为必修课，一半为选修课。预科学生必须修满40个单位，其中四分之三为必修课，四分之一为选修课。各系选科由教授会决定，学生选课必须经过教员审定。
自从北大在近代高等教育史上开了选科制的先河之后，各大学纷纷效仿。选科制的实行，被公认为是我国大学教育上一个极大的进步。直至今天仍为我国大学的一项基本制度。
蔡元培鼓励师生集中精力进行学术研究，改变学生“奔竞及游荡的旧习”，但又反对死读书、读死书的坏传统。他认为“研究学理，必要有一种活泼的精神，不是学古人‘三年不窥园’的死法能做到的”。为鼓励和提倡学术研究，引导学生参加各种有益的社会活动，在他的倡导下，北京大学组织了各种学术和社会团体。1918年到1919年间，比较重要的学会和社团就有国文学会、史学会、地质学会、数学会、心理学会、教育研究会、新文学研究会、俄罗斯文学研究会、画法研究会、音乐会、马克思学说研究会、平民教育讲演团、新潮杂志社、国民杂志社、进德会、哲学研究会、新闻研究会、体育会、静坐会等。其中进德会、哲学研究会、新闻研究会、画法研究会等是由蔡校长亲自发起的，其他各会也多是在他的倡导和支持下得以建立起来的。这些社团，有的是为了砥砺德行、提高修养，有的是从事学术研究，有的是把学生引向正当的娱乐。各种社团活动改变了北大