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1621年，培根被国会指控贪污受贿，被高级法庭判处罚金4万磅，监禁于伦敦塔内，终生逐出宫廷，不得任议员和官职。虽然后来罚金和监禁皆被豁免，但培根却因此而身败名裂。从此培根不理政事，开始专心从事理论著述。
培根终年致力于著《学术的伟大复兴》，其中第二部分《新工具论》发表于1620年，这是一部在科学哲学史上具有重大影响的著作。
培根在科学史上是一位有争议的重要人物。但作为一个科学哲学家，培根在历史上所作出的贡献是不可忽视的。他是以新唯物主义哲学指导科学发展的主要代表人物，是最早认识到科学的历史意义以及它在人类生活中的重要地位的人。
弗兰西斯·培根是个唯物主义的哲学家。在科学事业上他没有从事某一项具体的研究，用他自己的话讲，他要作一个科学上的哥伦布。他在1605年出版的《学术的进展》一书中，主要阐述了这种观点。在这一观点的主导下，培根从哲学原理出发，深入地研究和论述了科学的方法问题。首先他明确指出，科学的目标是用新发现和新发明来改善人类的生活。这是他的哲学的突出特点之一。为此他提出了著名的口号“知识就是力量”。
在巨著《学术的伟大复兴》中，培根阐述了他一系列的有关科学的认识论。其中第二部分《新工具论》，是这一著作的核心。
培根认为，当时的学术传统是贫乏的，原因在于学术与经验失去接触。他主张科学理论与科学技术应相辅相成。他曾列出一张他认为值得研究的130个课题和操作方法的表，请求詹姆斯一世颁布命令搜集这些知识。实际上他只得到很有限的一些资料。在此基础上，他提出了关于科学的一系列看法和主张，如他提出热的本质是运动，因为有热的情况出现时总有运动存在。他还认为，产生可感觉到的热效应的原因是现象下面的物体微粒的运动，这种运动具有原子的特性等。
弗兰西斯·培根的哲学思想是唯物主义的。他反对经院哲学和唯心主义。他极力批判经院哲学，主张打破“偶像”，铲除各种偏见和幻想。他主张双重真理说，强调发展自然科学在人类生活中占有重要的地位。他认为自然是物质的，物质是多种多样的、能动的，人类掌握知识是为了认识自然和征服自然。他认为，一切知识来源于感觉，感觉是可靠的。
培根的科学方法是以实验定性和归纳为主的。其思想的进步一面，反映了英国资产阶级在上升时期对发展科学的要求。但他的学说中也充满了神学的不彻底性，如认为有“理性灵魂”的存在等。他不同意在科学方法上使用数学和演绎法，他的这些观点对机械唯物论有很大影响。
弗兰西斯·培根是近代哲学史上首先提出经验论原则的哲学家。他重视感觉经验和归纳逻辑在认识过程中的作用，开创了以经验为手段，研究感性自然的经验哲学的新时代，对近代科学的建立起了积极的推动作用，对人类哲学史、科学史都作出了重大的历史贡献。为此，罗素尊称培根为“给科学研究程序进行逻辑组织化的先驱”。
弗兰西斯·培根的著作长期吸引着历史学家们的兴趣。作为英国的大法官，他在1623年被发现有受贿行为之前，一直是詹姆士一世议会纲领的主要政治设计师。他因为其《论说文集》和历史剧而一直受到文学评论家的高度敬重，但他却主要致力于自然知识的革新。的确，他未完成的《伟大的复兴》在该世纪下半叶产生了非常重要的影响，以至于人们可以有把握地认为在当时刚出现的科学学会和科学院中进行的许多工作都受到了“培根”的启示。
近代哲学之父笛卡尔
笛卡尔，法国数学家、科学家和哲学家。他是西方近代资产阶级哲学奠基人之一。他的哲学与数学思想对历史的影响是深远的。人们在他的墓碑上刻下了这样一句话：“笛卡尔，欧洲文艺复兴以来，第一个为人类争取并保证理性权利的人。”
笛卡尔出生于法国，父亲是法国一个地方法院的评议员，相当于现在的律师和法官。1岁时母亲去世，给笛卡尔留下了一笔遗产，为日后他从事自己喜爱的工作提供了可靠的经济保障。8岁时他进入一所耶稣会学校，在校学习8年，接受了传统的文化教育，读了古典文学、历史、神学、哲学、法学、医学、数学及其他自然科学。但他对所学的东西颇感失望，因为在他看来教科书中那些微妙的论证，其实不过是模棱两可甚至前后矛盾的理论，只能使他顿生怀疑而无从得到确凿的知识，惟一给他安慰的是数学。在结束学业时他暗下决心：不再死钻书本学问，而要向“世界这本大书”讨教，于是他决定避开战争，远离社交活动频繁的都市，寻找一处适于研究的环境。1628年，他从巴黎移居荷兰，开始了长达20年的潜心研究和写作生涯，先后发表了许多在数学和哲学上有重大影响的论著。在荷兰长达20年的时间里，他集中精力做了大量的研究工作，在1634年写了《论世界》，书中总结了他在哲学、数学和许多自然科学问题上的看法。1641年出版了《行而上学的沉思》，1644年又出版了《哲学原理》等。他的著作在生前就遭到教会指责，死后又被梵蒂冈教皇列为禁书，但这并没有阻止他的思想的传播。
也许笛卡尔哲学的最大有趣之处来自他的方法。笛卡尔十分留心被普遍接受的大量错误的概念，决定要达到恢复真理的目的，就须得从零开始做起。因此他开始怀疑一切——老师教给他的一切，他的所有最崇高的信仰，所有的常识观念，甚至外部世界的存在，连同他自己的存在——总之是一切的一切。
这自然就引出了一个问题：怎样才能消除如此普遍的怀疑来获得一切事物的可靠知识呢？笛卡尔用形而上学观点进行了一系列创造性的推论，证明出使自己满意的结果：由于他自己的存在（我思我在），上帝才存在，外部世界才存在，这就是笛卡尔学说的起点。
笛卡尔方法具有双重意义。第一，他把“什么是知识”这个认识论的基本问题置于他的哲学体系的中心。早期的哲学家力图描写世界的本质，但是笛卡尔教导我们这样的问题若不和“我怎么能知道？”联系在一起，就得不出满意的回答。第二，笛卡尔认为，我们不应该从信仰开始而是从怀疑开始（这恰好与圣奥古斯丁及大多数中世纪神学家的看法相反，他们认为信仰第一）。这样笛卡尔确实得出了正统神学的结论。但是他的读者对他的倡导方法远比对他得出的结论还要更为重视（教会担心他的著作会起破坏性作用不是没有理由的）。
笛卡尔在他的哲学中强调精神和物质之间的区别，在这方面他提倡彻底的二元论。这个区别以前就有人提出过，但是笛卡尔的论著引起了对该问题的哲学讨论。他所提出的问题从那时以来就引起了哲学家的兴趣，但是尚未得到解决。
笛卡尔的物质宇宙观也很有影响。他认为整个世界——除了上帝和人的心灵之外——都是机械运动的，因此所育的自然事物都可以用机械原因来解释。他否认占星术、魔法以及其他迷信形式，同样否认了对事物所做的一切目的论的解释（也就是他寻找直接的机械原因，否定事物的发生是为了某种遥远的终极目的的认识）。由笛卡尔的观点可以看出，动物从本质上讲就是复杂的机械，人体也受通常的力学定律所支配。从那时起，这就成了现代生理学的基本观点之一。
笛卡尔提倡科学研究，认为把它应用于实践会有益于社会。他觉得科学家应避免使用模糊不清的概念，应该努力用数学方程来描述世界。所有这些听起来倒很合乎现代要求，但是笛卡尔虽然自己也亲自做观察实验，但是却从未强调过实验在科学方法中的极其重要性。
笛卡尔不仅在哲学领域里开辟了一条新的道路，同时笛卡尔又是一个勇于探索的科学家，在物理学、生理学等领域都有值得称道的创见，特别是在数学上他创立了解析几何，从而打开了近代数学的大门，在科学史上具有划时代的意义。
笛卡尔的著作清楚地表明了他是上帝虔诚的信徒。他认为自己是一个良好的天主教徒，但是教会的权威不喜欢他的观点，他的著作被列入天主教的禁书之列。即使在信奉新教的荷兰（当时也许是欧洲最宽容的国家），笛卡尔也被指控为无神论者，他同教会的权威发生了矛盾，不胜烦恼。
1649年，笛卡尔接受了瑞典女王克里斯蒂的慷慨之邀，来到斯德哥尔摩做她的私人教师。笛卡尔喜欢温暖的卧室，总是习惯晚些起床。当得知女王让他清早5点钟去上课，他深感焦虑不安。笛卡尔担心早上5点钟那刺骨的寒风会要了他的命。果不出所料，他很快就患了肺炎，1650年2月，在他到达瑞典仅4个月后，便被病魔夺去了生命。
自由主义鼻祖约翰·洛克
约翰·洛克是培根、霍布斯之后，英国唯物主义经验论哲学的主要继承者。他的哲学、政治思想反映了上升时期资产阶级的要求，对后世产生了深远的影响。
约翰·洛克1632年出生于一个律师家庭。父亲曾参加过克伦威尔的军队，这使洛克从小就受到了资产阶级革命思想的影响。大学期间，他与波义耳、牛顿等科学家建立了交往关系，对物理、化学等自然科学产生了浓厚的兴趣。他潜心攻读经验科学，广泛地阅读了培根、笛卡尔等人的著作。大学毕业后，他当过教师，不久又作了辉格党领袖艾希利勋爵的秘书、顾问和私人代表，深受其政治思想的影响。1683年，因逃避斯图亚特王朝的迫害，洛克随艾希利避居荷兰。1688年“光荣革命”后，返回英国并在新政府中担任职务。
这种不平常的经历和社会关系，对洛克的世界观和政治态度产生了非常深刻的影响，也促使他成为新兴资产阶级的法律思想家。他的法律思想是为立宪君主制和相应的法律制度提供理论根据的。其主要著作有《论宽容异教的通信》、《政府论》上下篇和《人类理解论》等。
洛克集中研究了人类的知识起源和认识能力。他尖锐地批判了“天赋”观念，认为人的一切知识和观念都是通过后天的学习得来的，并不是早就存在于人的头脑中。他提出了著名的“人心白纸说”，认为人心就像一张白纸，上面本没有什么，要通过各种学习和有了各种经历后，才形成知识和观念。洛克又把经验分成外部经验和内部经验两种。认为外部经验是客观物质世界对人的感官作用的结果，内部经验则是人的心灵本身的活动，比如意愿、爱憎等等。外部经验论反映了洛克哲学的唯物成份，内部经验论则体现了洛克哲学的唯心论色彩。
作为一个在历史上产生了巨大影响的思想家，洛克最重要的成果在政治思想方面，它的社会政治思想体系主要体现在他的《政府论》一书中。在这本书中，它系统阐述了古典自由主义的思想，对后世产生了极大的影响。
在洛克看来，在法律产生之前，人类处在一种自由状态和平等状态之中。在这一状态中，虽然人具有处理他的人身或财产的无限自由，但是他并没有毁灭自身或他占有的任何生物的自由，也没有侵害他人的生命、健康、自由或财产的自由。自然状态有一种为人人所应遵循的自然法对它起着支配作用，这就是理性，也就是自然法。自然法所规定的权利，就是所谓“自然权利”，包括平等权、自由权、生存权和财产权。自然法是人定法的基础，法律只有以自然法为根据时才是公正的，它们的规定和解释必须以自然法为根据。
在谁论证自然法的基础上，洛克便推出了他的社会契约论。由于自然状态缺少一种明文规定的、众所周知的法律，缺少一个有权依照法律来裁判一切争执的公正的裁判者，人们在自然状态中虽享有种种自然权利，但这种享有很不安全，随时都会遭到破坏。这一情况促使人们互相协议，自愿放弃为了保护自己和别人的自然权利而单独执行自然法的权利，而把这部分权利交给社会，由社会委托经立法机关或指定的专门人员按照社会全体成员的共同意志来行使。在订立“社会契约”的基础上，人们摆脱了尽管是自由却是充满着恐惧和危险的自然状态，进入了政治社会，成立了国家，设立了政府，产生了公共权力和法律。这就是立法权和行政权力的原始权力和这两者之所以产生的缘由，政府和社会本身的起源也在于此。
洛克以近代资产阶级法治原则，反对任何形式的专制统治