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另一种情况更常见，那便是科幻小说的情节从真实向幻想“跳跃”的过程，既然要描写并不存在的发现或发明，作者当然不可能遵循既有的科学知识。他们总要从既有的科学知识出发，然后虚笔带过那个“跳跃”过程，使情节进入虚构的科学世界中。
第五节：奇迹与“解构”
在科学哲学家眼里，现有的科学理论都是可以突破，可以发展的。但它们却不会无缘无故地发展，而是受到了异质现象的冲击。面对这些新奇现象，科学家们总会试图以原有的科学理论去解释，但到了无法解释时，便会刺激新理论，新知识的诞生。
并非只有科学理论才是如此。现实生活中，每个人都有一套自己看待世界的“理论”，也都习惯于把新奇事件纳入旧的观念体系中去。科学工作者因为“见多识广”，在观念的自我突破方面，比普通人更主动。
在法国作家罗尼的科幻小说《另一个世界》里，主人公“我”拥有奇特的视力，可以看到空气中飘浮的奇异生物，而正常人则看不到。“我”生活在封闭落后的波内尔乡村，被邻里们当成怪物。“我”的愿望，就是成为科学家研究的对象，任何一个科学家都行。当“我”终于见到科学家凡德那维尔博士时，“我体会到了人类抵达迦南时的那种百感交集的心情——因为得到上帝应允之地而欢喜，也因为被上帝遗弃的命运而恐惧。”《科幻之路六卷》62页，福建少儿出版社出版。而这位博士确实思想开放，眼光敏锐，开始和“我”共同研究这些奇异现象。
不过，《另一个世界》写于十九世纪，科学的上升期，科学仍然以神秘而浪漫的气质展示在世人面前。而进入二十世纪，科学职业化了，成为“世俗”的一部分。在科幻作品里，科学工作者往往成为保守的典型。他们要用旧理论容纳一切新奇事件。
在《终结者》系列里，有一个精神病医生的角色，鲜明地概括了这一特征。在该系列的第一集中，萨纳康拉和未来战士卡尔雷斯被警方逮捕。由于事情奇怪，警方请这位精神科医生来作诊断。在影片里，他表现得十分专业：以非指导性原则，鼓励卡尔雷斯把他的经历说下去。但在诚恳的职业外貌下面，是他对这一事件的完全不接受，把卡尔雷斯和萨纳康拉完全当成妄想症患者。在第一集里，精神病医生没有亲眼目睹任何一次超现实的事件。而在第二集里，他在精神病院的走廊上，看到了终结者和液体金属机器人拨枪对射的场面。那是他的观念体系无法“整合”的事件。到了第三集里，当警察把卡特布鲁斯特从墓室里救出后，精神病医生又出现了。他完全沉浸在对往事的回忆里，看得出，二十多年的时间过去了，他仍然无法理解那个事件。而当他又一次看到终结者时，只有落荒而逃。
第六节：自然科学的“霸权”
在科学界，自然科学先于社会科学而成熟，由此便产生了对社会科学的岐视。比如，称自然科学为“硬科学”、精密科学，称社会科学为“软科学”。这种表面中立的称呼实际上包含着歧视色彩。又比如，将自然科学的结论或方法论直接引入社会科学，以力学、生物学的观点看待人类社会和心理规律，要求以黑箱方法研究人的心理现象，反对“内省法”，等等。
科幻作者和科幻爱好者未必清楚这些科学界的争论，但在科幻圈里，却也存在着对社会科学幻想小说的歧视。在西方科幻界，社会科学幻想小说被顺理成章地称为“软科幻”，与以自然科学为题材的“硬科幻”相对。相当一批科幻作者不承认社会科学题材科幻小说是“正统科幻”、“纯科幻”，而只是把它们当成社会问题小说看待。他们至多可以接受在一篇自然科学题材科幻小说探讨一些社会变化。在创作领域，以自然科学为题材的科幻小说更是远远多过以社会科学为题材的科幻小说。
当然，这种自然科学的“霸权”在社会科学界也正受到抵制。科学家逐渐认识到，人类社会拥有自身的规律，需要新的科学方法论。而在科幻创作中，也出现了探索社会科学题材的倾向。六十年代开始于英国的“新浪潮流派”就是这一倾向的重要代表。
第七节：科幻小说中的科学研究方法
大部分科幻小说都只是涉及科学研究的成果，很少有哪部作品谈论到科学研究方法。但如果有这样的小说，它就是科幻小说的范本与核心了。刘慈欣的《球状闪电》，就是这样的“核心科幻”。
这部作品以自然科学之谜“球状闪电”为题材，描写了几代科学家为之倾毕生经历的故事。其中，以前苏联秘密进行军事用途的研究为背景，讲述了“线性的”，“机械论”的思维如何束缚科学家的思想：前苏联从六十年代开始，在某秘密基地设置了“3141”项目，那是世界上最大的球状闪电研究基地。苏联方面甚至建立了一个小城市，保障其供给，并且掩人耳目。项目启动三年后，在偶尔的情况下，苏联科学家制造了第一个球状闪电。于是，他们把当时的各种参数记录下来，在同样条件下反复实验，结果，球状闪电却再没有如愿出现。
面对这一情况，当时的项目负责人不是开创性地思考问题，而是去怀疑，最初的参数记录被“帝国主义间谍”伪造了。项目参与者被审查，搞得人人自危。后来，项目组改变参数进行实验，穷三十年之力，也只制造出二十七个球状闪电。而且由于它们不请自到，无法控制，还付出了人命的代价。
苏联解体后，该项目自然被取消了。后来，主人公林云和陈博士从项目参与者格莫夫那里，知道这一封存的历史。他们用创造性的思维判断，球状闪电不是闪电，而是被闪电激发出的特异空间结构。以前人们用机械化的思维研究这一课题，无异于守株待兔。于是，他们改用移动的人工放电进行搜索，终于可以成批地找到球状闪电。
作者刘慈欣在本书后记中介绍说，这部书里的“球状闪电”研究既不是现实中的真实情况，也不是他自己关于球状闪电的初步理解，完全是艺术虚构。所以，不能在表面意义上理解这一情节。作者完全是在写传统和现代的不同科学观的变化。
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与科幻文学一样，科学哲学本身也在发展变化之中。科学哲学对科幻创作的影响，更是乏人关注的课题。笔者把这个问题作为《科幻文学与科学》的开篇，正是为了强调它的重要性和基础性。舒东的思考或许可以作为本篇的结尾：
科幻创作在我国发展较晚，还很稚嫩。如果我们想在尽可能短的时间内赶上甚至超过西方（科幻）的发展水平，我认为，如果我们没有科学哲学的武装。就会象一个失去武器的角斗士，是永远不可能有成功的机会的。……要提高我们的科幻作品的思想内涵，没有丰富的科学哲学知识是不可能达到这个目标的。同上，77页
第六卷：科幻与科学 第二章：科学VS宗教（1）
第一节：科学与宗教的关系
第二节：对象化处理
第三节：拓展式处理
第四节：解构式处理
第五节：调合式处理
第一节：科学与宗教的关系
科学永远要面对宗教，而以描写科学为核心特色的科幻文艺，也无法回避科学与宗教的关系这一话题。不过，直到今天，就是在现实生活里，科学和宗教如何相处，仍然是一个有待解决的问题，而笔者能够提供给读者的，也只是科幻作品里围绕这个问题的几种观点，并不是最终的答案。
现实生活中，涉及两者关系的第一种看法，就是认为科学与宗教水火不容，此消彼长。并且，科学代表先进一方，无论经历多少波折，最终会战胜宗教，成为社会主导力量。十八、十九世纪，西方科学界的一些人出于急于从宗教约束中脱离出来，确立科学独立地位的目的，大力提倡这种观点。比如赫胥黎便是这样的斗士。而在尖锐的社会斗争里，一些政治力量更是突出两者之间的矛盾，比如在法国大革命时期，拥护科学还是拥护宗教并不是一个可以讨论的思想问题，而是不同政治立场的划线问题。
读者一定会注意到，这一观点正是当今中国社会的主流观点。对于一个后进国家，出于急速摆脱蒙昧落后现状，追求现代化而大力提倡科学，本有其合理性。而宗教又并非中国的主流文化，批之代价很小。对于宗教与科学的关系问题，中国人几乎听不到来自宗教这一方的声音。这些原因，都导致了在中国公众的心目中，科学与宗教形成绝对对立的印象。
严格来说，这一观点并不全面反映客观现实。特别是在此类宣传中，不仅有许多过激之处，甚至有偏离历史真相的地方。比如，布鲁诺案例一直被用来渲染科学与宗教间不可调和的矛盾，但历史学家却告诉我们，职业神甫布鲁诺被判火刑的原因是他宣传了异端教义，而非因为他宣传科学。达尔文提出进化论，本是受自然神学的影响。他在《物种起源》里也曾引用基督教教义，但此书的汉译本为了突出它的反宗教色彩，竟然将这些地方作了模糊处理。（约翰H布鲁克《科学与宗教》287页译注）
第二种观点，是认为科学与宗教各守各界，互不相干。科学不能越界来解释人生意义，善恶美丑一类问题，而宗教也不能越界解释自然规律。它们满足人类的不同需要，不可或缺。
持这种观点的人，多认为在历史上与科学对抗的，不是“真正的宗教”，而是体制化的，拥有既得利益的宗教机构和神职人员。他们喜欢举的一个例子就是，新教国家的科技水平普遍高于天主教国家，因为新教更提倡自由思想。再比如，在普通教育里取消“创世论”，改教“进化论”，意味着一大批神学教师要面临失业。这些具体利益的冲突才是科学与宗教冲突的背景，而从纯精神领域来说，科学与宗教并不冲突。
今天，除了极少数宗教国家外，当今世界所有现代国家在制定有关政策时都遵守这一前提。
第三种观点，则认为科学与宗教是互补的关系。比如，西方最初的一大批早期科学家都是在宗教精神的感召下研究自然的。他们认为，自然是上帝创造的又一部《圣经》，而研究自然正是在阅读这本《圣经》。象牛顿、伽利略、哈维这样的科学家，每当他们揭示出某种自然规律时，总会深深地感受到造物主的神奇。他们所创作的科学著作，经常围绕某些宗教教义展开，并且使用大量宗教术语。
即使在今天，在科学界里已经彻底排除宗教影响的情况下，最尖端的科学研究仍然是产成类似宗教情怀的沃土。宗教感情产生的重要基础，就是面对宏伟、神秘的大自然产生的敬畏感。科学发展确实起到了破除这种敬畏感的作用，但那往往只是针对普通大众。不从事科学研究的人们，面对的自然现象非常有限。人们不需要知道宇宙的尺度，或者恐龙在什么环境下生活。而常识涉及的有限自然现象，又差不多都能够找到确切的科学解释。人们知道喝生水得病是由于水里有病菌，知道天下雨是大气中的水气凝结，诸如此类的科学常识，加上围绕着我们的先进技术，足以令人们摆脱因果报应观念，获得对周围环境的把握感、力量感。
但是，那些要面对宇宙大爆炸、热力学第二定律，或者海森堡测不准原理的职业科学家，很难不在远比日常生活宏大和深远的领域里，重新获得对自然世界的敬畏感。
科学与宗教的复杂关系也折射到科幻作品里。不同的科幻作品以不同态度来对待这一关系，笔者大致把这些倾向分为以下四类，并分别选择代表作品来介绍。
第六卷：科幻与科学 第二章：科学VS宗教（2）
第二节：对象化处理
所谓对象化处理，就是把宗教当成现实生活的一个客观组成部分，和政治、军事、经济、文化等并列。作者既不倾向它也不加以反对，仅仅把它当成虚拟世界的组成部分。采取这种态度的作品，有的是直接描写现实中存在的宗教，有的则自创教派。这种倾向最突出的例子，就是《星球大战》系列里的“杰迪武士”。
杰迪武士完全是以宗教苦修团体为摹本塑造出来的。他们不蓄私产，一切自由交给团体支配，生活简朴，严禁婚恋，并且有类似“童子功”的严酷要求。他们信仰一种叫“力”的神秘力量。尽管故事里展示的科学技术十分发达，人们能够在星际间朝发夕至，但却始终没有搞明白“力”的本质是什么。当然，这种不明不白正是这个电影系列宗教色彩的出发点。
按照杰迪武士团的说法，万物从“力”中来，将来要复归于“力”。杰迪�