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五年之后，第一艘灵梭建造完成并进入到调试阶段。麻烦就麻烦在，其实压根没有试飞的条件。灵梭这东西，能过去镜界就是能过去，不能的话……恐怕也没什么招，只能再改进再加强。
聂信想要亲自试飞灵梭，被一帮人拦了下来，其中包括已经身怀六甲的何蔓。最终，灵梭的首飞交给了墨翔和田抚。
结果还不错，灵梭顺利抵达镜界。虽然在一片密林里，在一众中高阶的灵兽环伺下，两人很有些担惊受怕地过了几天，但终于还是等来了一直在注意这边动静的天闲等人。
一个多月后，灵梭返回地球。还带来了足够建造第二艘、第三艘灵梭的材料。
镜界里其实修士很少，别看修行界存在那么多年，真能通过镜界飞升的毕竟是凤毛麟角。镜界真正的主人，还是那些个生存了不知道多少年的灵兽。随着灵梭的穿梭往返，修行界探索镜界的行动，才真正开始。那感觉并不像是一帮人升入了仙界，更像是被扔去了一个荒芜的世界，虽然那里各种物质条件的确更有利于修行者的发展，修为积累比地球上快了几倍，但拓荒和按部就班地采集、享用毕竟是不同的。
十年之后，镜界建立起了第一个修行者的城市，名为云山，用意自然是不提了。最初拥有两千两百人口而已。除了通过灵梭过去的人，还有不到一百个以前经过镜界飞升的修士，那些家伙可比乘坐灵梭过去的金丹期都不到的家伙们靠谱多了，由于寂寞了太久，也都十分乐于和后进修士们相处，加之熟悉环境，很快就成为拓荒、探索小队的一个个队长。人手多意味着有更丰富的战术来猎获灵兽，意味着更不容易错过藏匿在角落里，可能稍不注意就会错过的草药和矿石，有突破了金丹期壁垒，进入到元婴期的修士带队，普通修士们进步很快，也更容易在莽莽镜界中生存下来。
十五年之后，云山科学院迁移到了云山城，并立刻成为整个城市毫无疑问的中枢。作为第一个乘坐灵梭进入镜界的人，墨翔担任了首任首席科学家。这个职位也固定地是云山城除了总督、仙卫长之后的第三把交椅。有了一整个技术团队支持，性子活泼的墨翔立刻开始折腾各种有趣的事情，比如将那些世俗界的探险装备，全都以法宝、灵器的方式实现出来，并付诸批量生产，并且开始组织专业的科考队……此刻经过镜界里多年历练，实力突飞猛进的林瑾、何念生、苍深三人，则成为科考队的三位领队。
墨翔的举动迅速改变了云山城在镜界的探索一直都很无序的问题，云山城可以掌控的野外面积，迅速增长着。墨翔也由此获得巨大声誉，之后担任了好长时间的云山城总督。
但一直到二十年后，聂信与何蔓才第一次乘坐灵梭，踏足镜界。这两人此刻都已经迈过了金丹期的门槛，有着极强的战力。张翼轸与汤雪梵夫妇也同机抵达。当然，张翼轸和汤雪梵两人，可不是第一次来了，两人很习惯常来常往与镜界与世俗界。这次是来镜界正式定居的。
至于他们为什么会那么晚才来镜界安顿下来？这事情说起来挺不靠谱的。聂信与何蔓都是宠爱孩子的人，本来是想等孩子长大点，筑基完成之后一家人一起过来。虽然他们没来镜界，可现在上好的丹药法宝，怎么也不会少了他们的，聂信的孩子聂昶十二岁就已经灵息后期，进境快得让人看不懂。可没想到的是，正在聂信与何蔓处理完各类俗务，准备搬家的时候，却发生了一点让人哭笑不得的小插曲。聂昶和张翼轸与汤雪梵的女儿张弦在一起了……两个修行界和世俗界的双重新人类还有了孩子。
其实，聂信、何蔓、张翼轸、汤雪梵她们四个，对于这种亲上加亲的事情很乐见其成，但总不能再拖个十几年，等聂昶和张弦的孩子再筑基完成吧？而且，这几个人自觉还算年轻，实在受不了那么快就要变成爷爷奶奶外公外婆，赶紧灰溜溜地逃到了镜界。
有了聂信坐镇，云山科学院才算是真正有了底气，有了主心骨。聂信没有削弱原先墨翔重视的应用技术研发，却大大加强了在修行体系上，在能量理解和运用上的研究。
离经叛道么？其实多少有一点。修行难道不该是驾着飞剑穿梭往来么？怎么就变成了乘坐小型飞梭在空中穿行，打出一束束灵光，追逐敌人和灵兽了呢？为什么那些修士们身上穿着的不是袍服法宝，而是很现代款式的铠甲，一个个看着跟钢铁侠似的呢？为什么修行界的沟通，靠的不是飞剑传书之类很浪漫很帅气的手段，而要依靠手机样的东西呢？居然还有一大帮年轻修士抱怨镜界没有互联网，没有3G信号这真的是修行界？
哪怕是这种抱怨，都没持续太久。就在聂信与何蔓踏足灵界的第四年，云山城架设了第一组网游服务器。修行界人口不算多，年轻修士更少，三组服务器刚刚足够。一部分人总觉得现实里打魔兽不够，还是在游戏里打魔兽带劲……
又过了一年，镜界移动和镜界联通成立，镜界广电总局、镜界发改委等等组织、团体也随着需要渐渐诞生。一些人很无聊地在计算着，镜界石化之类的玩意什么时候能诞生？可当等了几年没消息之后，忽然有人想起来了，这边没人烧油啊。倒是有人发现，天工坊的一名学医的弟子，悄悄注册了一家公司，名为“辉瑞”。
到底是世俗界同化了修行界，还是修行界改变的世俗界？这个问题不言自明了。
后来，据说那个天工坊的弟子被他师父打了个半死，一边打还一边喊：你能不能不要丢人丢到镜界这边来？有点毛病还要搞得人尽皆知的
完本感言
《修仙科学院》让我意识到各种各样的问题：情节比创意重要；比如我并没有能力同时开几条相关性很差的线索还都能驾驭好；比如，我的神经并没有强大到能在巨大的压力、干扰下稳定坚持创作。
我感谢大家，一路陪伴着，磕磕碰碰地走完《修仙科学院》这段旅程。我知道，很多人都在咒骂，为啥我些完本感言的次数比我开书的次数少那么多？嗯……好吧，这其实就是个自我美化的说法了。
修仙科学院》写得有点纠结。
写作对我来说，绝对是生命中最重要的东西之一。或许……没有之一。从十几年前我开始认真地写作，并以此为生，不管我迁移进入了什么样的职位、工作，无论我在其他领域掠过多少次，学习技能、掌握技术、挣点外快，我从来都是以写作为核心的。至少一直到现在都是。
但文字，是我至今还没有能完全驯服的魔兽。
最开始，我写这个故事，是为了能有一个不纠结的开始，能有比较丰富的元素可供操作，或许还有些新鲜感，可以吸引读者们的眼球。但是，正如一个编辑提出的极为致命的意见：这里面的主角，不是一个“我”，不是一个能站在那里，能自然而然地说出让人觉得就该是那样的话，做出就该是那样的事情的主角。
我想到了一个残酷的箴言：“一个作者无论写什么样的主角，他归根到底写的是自己。”
如果我想回避在写作中剥离自己的一部分的这种残酷性，那我也就回避了写作中最重要的一个命题：真诚 。
一个世界，是不是能够在读者的心目中站住脚，不是看小说里的世界和现实世界有多像或者有多不像，而是看那里面一个个角色和我们周围的人、事、物，能不能重合、共鸣。于是，精心架设起一个世界，反而变得没有意义了。玄妙的理论代替不了情节，代替不了人物，甚至代替不了灌水时候故作无意义的话唠。
于是，纵然我仍然有着一个完整的大纲，《修仙科学院》也仅仅变成了一个为了持续下去而持续下去，为了完本而完本的作品了。那是我最不愿意看到的那种作品。
算是烂尾也好，或者读者在这个结尾里看到了那么点意思也罢。写这个感言，不知道多少人会看，但我要非常认真地向大家鞠躬致歉。
我不该这么写。真的。
原谅我，并且，请求大家再给我一个机会，一个用更好的作品为自己的网文写作生涯进行救赎的机会，一个创造一个更美，更真实的世界的机会，一个让我用热爱写作的灵魂献祭的机会。
亲爱的读者，你们知道的，我爱你们。
新书很快就会出现……那是一个我在脑子里推演了好多遍，为之闭关过一次，伤痛过若干次的故事……
稍等，稍等……就来了。
全书完