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李贽寓居京西极乐寺，此时正是深秋时节，他不以诗词见长，但面对久别重逢的京师秋景，还是吟出了“时逢重九花应醉，人至论心病已苏；老桧深枝喧暮鸦，西风落日下庭梧”的诗句。秋尽冬来，冬去春回，李贽在极乐寺迎来了新的一年。新年第一天，大雪纷飞，漫天皆白，他在《元日极乐寺大雨雪》中写道：“万国衣冠共一新，婆娑独占上方春；谁知向阙山呼日，正是花飞极乐辰。寂寂僧归云际寺，溶溶月照陇头人。年来鬓发随刀落，欲脱尘劳却惹尘”。诗的后两句，写的是他的烦恼，而这严酷的现实，与“万国衣冠共一新”的新气象是那么遥远，这令他十分的感慨。这年春末，李贽与焦竑一同乘船，顺运河南行，离开了北京。
通州迎福寺西的李贽墓一直保存了350年，1953年，卫生部在该地建造北京结核病医院，将墓迁走。其后又几经迁移，终于在1983年将李贽墓迁至通州西海子公园内。当年焦竑题写的“李卓吾先生墓”的石碑仍树立在墓前。 （张兆裕）
在明代东西方文明的交流史上，耶稣会士利玛窦具有不可替代的地位，北京则是他获得这一地位的最重要“平台”。如今的北京，还保留着许多与利玛窦有关的遗迹。
利玛窦是意大利人，字西泰，1552年10月16日生于意大利马塞拉塔城，1571年在罗马加入耶稣会，自愿到远东传教。1577年他参加了耶稣会派往印度传教的教团，同行十四人，次年三月乘船从里斯本出发，九月到达印度果阿。1582年4月利玛窦与巴范济被耶稣会负责远东教务的观察员派往中国协助罗明坚传教。他于1582年（万历十年）8月抵达澳门，第二年他们被两广地方当局获许在肇庆居住。1589年（万历十七年）利玛窦又迁居韶州，以后又到达南京。不久被逐出南京，暂避江西南昌传教。传教团考虑到如果不被明朝皇帝所接见，想长期居留在中国进行传教几乎是不可能的。1598年（万历二十六年）利玛窦重返南京，开始了到北京传教的努力。
利玛窦的第一次北京之行，得到南京礼部尚书王忠铭的资助和护送。他们从南昌出发到达南京，又从南京起程沿水路北上，于1598年（万历二十六年）9月17日）到达北京。在北京，他们获得的一项重大收获，是终于弄明白了他们所在的中华帝国，就是某些书中称之的契丹，而北京就是所谓的汗八里城。利玛窦立刻寄书印度和欧洲，建议修改地图。因为欧洲人一直认为契丹位于中国长城以北，是另一个国家。在北京，利玛窦等人住在南京礼部尚书王忠铭的府中。由于当时正在进行援朝抗倭战争，明神宗拒绝接见利玛窦一行。一个月以后，利玛窦等人被迫返回南京。
1600年（万历二十八年）5月18日，利玛窦等人又一次从南京启程去北京。船靠济宁时，利玛窦在漕运总督刘东星家中又一次见到了李贽，并向他们传播了基督教的教义。与他们的交谈，使利玛窦感到完全是在欧洲的家里，或与好友在他的教会的教堂中，而不是与异教徒在一起。
在天津，太监马堂没收了他们的全部行李，并将其看管起来，拜见皇帝又变得遥遥无期。六个月过去了，正当传教士们度日如年的时候，一天，明神宗忽然想起一份奏书中提到的利玛窦要献给他的自鸣钟，于是下旨命传教士们进京。他们到达北京是在万历二十八年十二月二十一日（1601年1月24日）。献给皇帝的礼物中有：圣母像、基督像、十字架、自鸣钟、《山海舆地全图》、三棱镜、古翼琴、印度棉布、粗羊毛布、玻璃制品、日晷、砂漏、《世界现状》等。明神宗第一次看到了耶稣受难的十字架，惊奇地高声说：“这才是活神仙！”据说他选择了一个最小的耶稣受难十字架，放在他的房间里。神宗很快派太监田尔耕接见了利玛窦，并询问进呈礼物给皇帝的目的。利玛窦等人特别向太监介绍了自鸣钟，并愿意教会中国人对这些钟的操作。于是明神宗指派了钦天监的四名太监学习自鸣钟的管理。三天后钟被送到皇帝面前，明神宗非常喜爱，把一座小钟放在自己的面前。神宗命工部在御花园为最大的钟建一座钟楼。
这时神宗已经多年不见大臣了，虽然也想见见这些异国人，但是孤僻固执的性格，最终还是让他放弃了召见的决定。不过他派了两名画师画了两个神父的全身像，神宗见后，说：“嗬！嗬！一看就知道是回回人。”太监告诉他，他们不是回回，他们吃猪肉，是欧洲人。神宗出于好奇，想进一步了解欧洲君主如何穿着，问他们是否带来了皇宫的模型？神宗命画师按照利玛窦等人献上的描写圣经故事的画，绘制成一幅更大的画。利玛窦等人还呈上一幅画有威尼斯圣马可教堂和广场以及威尼斯共和国旗帜的画。
几天后，皇帝又派了四名太监来向神父们学习演奏古翼琴，因为古琴也是献给皇帝的礼物之一，它是钢琴的前身。后来庞迪我神父每天进入皇宫给太监上音乐课。音乐课上了一个多月，被演奏的外国乐曲配上中文歌词。利玛窦又亲自编写了八支歌曲，称之为《西琴曲意》八章，内容涉及伦理道德，是教导人们具有良好品行的抒情诗，还引用了基督教作家的话加以说明。这些歌曲非常受文人士大夫的欢迎和赞扬，人们认为皇帝应该以歌曲中提倡的道德去治理国家。
利玛窦等人很快认识了皇宫里所有重要的侍卫，并与一些人建立了友谊，又在官员中结识了一批新朋友。在这段时间里，对他们帮助最大的，莫过于时任吏科都给事中的东林党人曹于汴。他主动先去拜访了利玛窦。当利玛窦问他怎么会首先来访问象自己这样一个很少为人所知的人物时，曹于汴回答道：“因为我从某些途径听说你是一位模范人物，传播一种教导人们如何正当生活的教义。”
由于没有事先到会同馆报道而迁怒了该衙门的官员，提督会同馆的主事下令将传教士统统拘上公堂审问，并且明令他们住在会同馆中。这一突如其来的变故，给正在准备请求在北京建立传教点的利玛窦等人当头一棒。因为会同馆将按外国人来对待他们，而外国人是不能长期居住在北京的。利玛窦等人按例被召入皇宫，向皇帝的龙椅行了跪拜礼。又拜访了礼部右侍郎朱国祚。朱国祚详细了解了他们到中国来的目的。这次利玛窦等人索性公开大胆地声明，他们是被派到中国传播上帝的教义的，并希望永久居住在北京。朱国祚为此上奏皇帝，但是一月过去了，杳无音信，于是礼部决定再上奏章。奉命管理自鸣钟的太监也希望耶稣会士们留下，因为如果钟发生故障，会受到神宗的责罚。
在科臣曹于汴的干预下，利玛窦等人从会同馆中迁出，住在城内。派了四名差役，隔五天给他们送去生活用品，还派了一名差役供日常使用，这样，耶稣会士们又获得了自由。曹于汴再次修改了奏章，礼部第三次上呈神宗。这次总算得到神宗的口喻，即：他们可以放心住在京城里，并且不愿再听到让他们回到南京，或遣送回国的建议。同时朝廷还四个月发放一次生活津贴，这在当时是一笔很可观的收入，即使在欧洲也如此。
皇帝批准利玛窦等人以个人身份在京城居住，这是一件史无前例的事。前来访问利玛窦等人的士大夫越来越多，其中较著名的有内阁首辅沈一贯、刑部侍郎王汝训、兵部尚书萧大亨、礼部尚书冯琦、吏部尚书李戴、礼部侍郎杨道宾和郭正域等。内阁大学士叶向高早在南京就与利玛窦相识，入阁后又在北京的家中两次款待利玛窦，他有《赠西国诸子》诗，充分肯定了中西方文化交流的意义：
天地信无垠，小智安足拟。爰有西方人，来自八万里。蹑屏历穷荒，浮槎过弱水。言慕中华风，深契吾儒理。著书多格言，结交多贤士。淑诡良不矜，熙攘乃所鄙。圣化被九埏，殊方表同轨。拘儒徒管窥，达观自一视。我亦与之游，冷然得深旨。
由于宫中的自鸣钟又出了故障，神宗命令拿到耶稣会士的家中去修理，于是好奇的百姓蜂涌而至。神宗觉得不成体统，于是钦准神父们一年可以进宫四次修钟，而后来实际上变成可以随意出入皇宫了。
利玛窦等人在京期间极力宣传基督教，他们的住所向所有人开放，与他们相识的还有皇亲国戚，甚至扩大到普通穷人，时常有下层群众来拜访。在北京有两个明朝的官员皈依了基督教，一个是湖广佥事冯应京，另一个是在工部任职的李之藻。
冯应京因反对税监陈奉而闻名于世，在任时，就曾派他的学生刘元珍请教当时居住在南京的利玛窦。冯应京被械送入京，利玛窦在他入狱前看过他。狱中三年，他们之间始终保持着友谊。冯应京重印了利玛窦神父的《交友论》，并为书写了序言；还印了所有可以搜集到的神父们的著作，其中有利玛窦的《天主实义》。冯应京允许仆人自愿领洗，自己则在狱中虔奉着神父们送给他的十字架。出狱后，他本来想立即洗礼，但又怕招惹事非，决定回南京受洗；然而到达南京后几天，便病逝了。
当时在京的李之藻，看到利玛窦的世界地图，十分惊讶，于是开始向利玛窦学习地理学、数学和天文学，他重新绘制了一幅近两平方米的世界地图，即《坤舆万国全图》，还出资刊印了利玛窦的《教义问答》，分赠友人与百姓。几年后，他也接受了洗礼。
万历三十年（1602年），利玛窦在北京会见了后来被誉为中国天主教三大柱石之一的杨廷筠（另外两人是徐光启和李之藻），那一年，杨廷筠奉旨进京正准备接任湖广道监察御使一职。九年以后，即万历三十九年（1611年），他在杭州领受了洗礼。
利玛窦等耶稣会士在北京获得居住权后，基督教在中国从南到北，依次有了肇庆、韶州、南昌、南京、北京五个居留点，特别是在北京的定居，使它的影响进一步扩大。
万历三十二年（1604年），已经皈依基督教的徐光启到北京参加会试，他进京后第一件事就是拜访教堂（神父们自用的小教堂），行忏悔礼和领圣餐，据说他在领圣餐时竟虔诚地留下泪来。徐光启这次还把他七十多岁高龄的老父亲也带到北京，想争取让老人在有生之年也皈依基督教。经过徐光启和利玛窦等传教士的努力，老人终于在逝世的前一年受了洗礼。万历三十二年是会试之年，各地举子汇集京城；这一年又是外察之年，外任官都到京城朝觐，传教士们利用这个机会与各地官员、士子及商人结交，扩大基督教的影响。
在北京，传教士们靠租房子住了六年，最初住在宫门附近，后来为了侯命随时入宫修钟而住在钦天监；从会同馆迁出后，仍租房居住。他们一直在选择可以修建教堂的地方，最终看中了顺城门（北京市宣武门东）附近一处面积宽敞的宅院，于是找来在京的一些朋友共议此事，徐光启也在其中，还帮助凑足了买房的钱。1605年（万历三十三年）8月27日，传教士们迁入新居，接着，他们修建了一间正式的礼拜堂，从此，北京有了最早的基督教的天主教堂，这就是后来著名的“南堂”。教堂中陈列有千里镜、地球仪、简平仪等天文仪器，以及龙尾车、砂漏、自鸣钟、天琴等。上至士大夫达官，下至普通穷人，各阶层不断有人登门“领教”，这一年在北京受洗的教徒超过了200人。利玛窦还专程去过北直隶保定府的乡村考察，发现在他们到北京之后的一年中，这里已经有150多名信徒加入基督教，而且人数正在增多。
徐光启进一步向传教士提出，应该印行一些有关欧洲科学的书籍，万历三十五年（1607年），经利玛窦与徐光启为时一年的共同努力，欧几里德的《几何原本》前六卷被译成中文。徐光启将六卷合印成一册出版，并为其写了《译几何原本引》和《刻几何原本序》两篇序言。《译几何原本引》是以利玛窦神父的名义撰写的，该书的出版，在当时中国知识界产生了重大的影响，一种新的科学的推演方法开始被中国人所接受。同年，他们又合编《测量法义》。通过向利玛窦学习数学和天文学，李之藻编译了《浑盖通宪图说》，这是第一部由中国人写成的介绍西方天文学的著作。利玛窦又与他合译了《同文算指》并合著了《乾坤体义》。 万历十一年（1583年），从利玛窦在肇庆第一次将标有经纬度的《坤舆万国全图》展示给中国人后，这幅地图在二十多年中广为流传，它使中国人第一次认识了整个世界。这次又通过太监呈献给明神宗，神宗将其看成是装饰品，十分喜爱；下令以织锦