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被彻底毁灭，两千多个殖民星受到严重破坏。虽然代价如此巨大，人类毕竟还是胜利了。所获得的利益也是空前巨大的。短时间内在银河系已不可能出现挑战人类地位的种族。可就在这绝大部分人都以为可以安享太平的时候，又一场比银河争霸战更可怕，更残酷的战争开始了。
银河战争结束后不到两年，位于人马臂的因鲁克人宣布独立，并对驻扎在附近的联邦第十七军团发动突袭，十七军团司令岗列上将报称受到毁灭性打击。请求联邦军事委员会尽快调集大军平定叛乱。
因鲁克人是人类在银河战争中最重要的盟友，也是实力最雄厚的一个。为了争取因鲁克人加入盟军，太阳联邦主席莫克曾向他们承诺，如果他们站到人类这一边来，战争胜利后将他们国境附近的六十七个星系划归他们管理。战争结束后，联邦政府立刻兑现了自己的承诺。但也因此让因鲁克人的实力急剧扩张，成为银河系中除了人类以外最强大的种族。联邦为了防备因鲁克人生出异心，就在附近星区部署了两支一级舰队和六支二级舰队，以震慑因鲁克人对控制范围以外的野心。
因鲁克人的攻击立即震动了正在忙于整顿征服星系的联邦政府。为了避免连锁反应，政府和圣殿一致决定，必须尽快将这次叛乱镇压下去，否则会对联邦目前已经十分混乱的局势急剧恶化。力争在最短的时间内打败因鲁克人。但是为了稳定银河的形势，元气大伤的联邦军队还不得不在每一个星球派遣安全部队。若想调集足够超过因鲁克人的军事实力，根本做不到。从那里抽取军队，那里就会出现力量真空状态。
后来、联邦副主席伯顿提议，从首都星系和附近的二十一个星区调用军队平叛，这一带是人类的老根据地，根本没有足以威胁人类的种族。主要军事力量被调走后，也不至于出现什么乱子。圣殿和政府在经过研究后，批准了这一提案。
只有极少数人感觉到了这个计划的危险性，金阳和莫平就是其中两人。不少人虽然提出了不少折衷意见，但是没有改变政府和圣殿的决定。但当时谁也没想到，这一切、竟是一个人类有史以来最恶毒的计划。
制订这个恶毒计划的就是联邦第一副主席伯顿。当时没有任何人会想到，备受圣祖尼玛宠爱的伯顿会在这个时候选择颠覆联邦。在尼玛的全力扶持下，他已经可以有绝对的把握可以继任莫克成为下一任联邦主席了。可是、伯顿不想要一个有太上皇的民选国家，即使是统一银河后空前强大的太阳联邦。
两个多月后，当远征舰队完成集结还未到达前线时，却在行军的途中受到了因鲁克和人类联军的猛烈攻击。幸好金阳临危不乱，迅速摆脱了敌方舰队。直到这时，金阳才明白中了调虎离山之计，急忙率军返回太阳系，希望可以拯救太阳联邦。
可是、即使金阳发现了这个可怕的阴谋，他也来不及返回了。更何况他还要摆脱敌方的追击。就在金阳受到攻击前一个多小时，太阳系已经受到了强度更大的攻击。对太阳系的攻击甚至比金阳遇袭时间更早。
最早发现异常的是莫平，自从金阳率军出征后，他就一直保持着高度警觉。除了将战舰全部部署在各大空间基地外，还将所有侦察舰和护卫舰布置在外层空间，密切的关注着周围星系的动静。也正是因为他的小心，才保住了圣殿和部分科学精英。
令莫平极为震惊的是，当他的侦察船和护卫舰纷纷发来紧急警报后，原本十分完善的多空间预警系统竟没有任何反应。在判明了敌方的兵力远超过他之后，莫平就立即做出了一个非常关键的决定。只分出一半兵力去拦截敌方舰队，另一半战舰立刻返回各行星，将政府主要官员和科学院的院士们全部转移。尤其是要首先保证圣殿和留在太阳系的大量圣灵学士安全。
当这些所有空间都塞满了人的战舰刚刚升空后不久，还没等集合成战斗队形，敌人已经消灭了前去阻击的小舰队，进入太阳系的超空范围了。莫平当机立断，立刻炸毁了超空星门，然后从正空间向太阳系外空逃去。
从各大行星逃出的大量民用飞船为他们提供了最好的掩护，自从发现强大的空间防御系统也象预警系统一样在攻击开始前被彻底破坏后，公民们就竟相寻找一切可以利用的飞行器，只求能先离开没有任何防御的星球再说。可是，只有不太多的人有机会进入了空间，绝大多数人根本没等到逃离行星，敌人的攻击就已经开始了，
莫平在木星轨道附近通过临时布置的侦察仪器亲眼目睹了四大行星相继爆炸的惨痛情景，随之消失的还有他最挚爱妻子和女儿。幸好大量的逃难飞船为他们提供了最好的掩护，让敌人根本摸不清楚他们逃离的方向，为他们争取到了比较充足的时间。顺利到达了预先选定的目标，距冥王星轨道外很远的一块巨大氢云中。
然而好景不长，敌人很快从潜伏的间谍那里推测出了他们可能逃逸的方向，派出了大量部队进行追击。莫平率领这支小舰队在尼玛和少数没有随军出征的终极人帮助下，凭借着终极人那超卓的探测能力，在危险的氢云中和敌人展开了游击战，多次成功避开了敌人的搜索。直到过了两个多月以后，才与敌人发生的第一次战斗。不幸的是，莫克和政府主要官员所在的战舰“尼斯号”被敌人摧毁了，莫克等人全部遇难。
经过了地球时间四个多月的艰苦躲避，莫平终于坚持到了金阳冲破敌人的阻击，赶回太阳系。但是因为时刻不停的躲避氢云中的小行星和敌人的战舰，所有终极人的精神能量都已经消耗殆尽。失去了他们的跨空间感知能力，在确认逃脱了敌人的追击后。舰队的终极人不得不进入休眠状态，好尽快恢复精神力。莫平则率领舰队在氢云中摸索着前进。
金阳返回太阳系后，发现首都星系四大行星全部被彻底毁灭，尽管找到了不少幸存者。但却找不到莫平他们。只好留下一支小舰队继续搜索。自己率主力舰队前往亚特兰蒂斯，创建临时政府，号召各主要人类武装和他联合起来，共同讨伐丧尽天良的伯顿。在其他势力相继独立建国后，也宣布建立银河联邦。
莫平和尼玛直到地球毁灭六年多以后，才被主要由终极人组成的搜索队发现。因为缺乏星门舰，他们一直被困在正空间，又因躲避追击而失去了所有坐标，迷失在氢云中。直到尼玛等终极人恢复了部分能力才偶然和搜索舰队联系上。
伯顿在毁灭了太阳系之后立即宣布成立银河帝国，并在八个其他种族的支持下，开始进攻不服从他的星系。在太阳联邦原来的七十三个一级军团中，一直由伯顿控制和后来加入的有三十一个，只有十九个由金阳控制或投入联邦，其余的则宣布独立。二级舰队和大量的星系武装除约半数投向银河帝国外，只有不足五分之一加入新联邦。
人类的这种愚蠢行动同时给了无数其他种族一个难得的机会，他们纷纷利用这种乱局，有一定实力的宣布独立，实力不足者则依靠相互结盟和联合来摆脱人类的影响。在很短的时间里在银河就出现了几十万个大大小小的国家。但还没等这些国家站稳脚跟，实力雄厚的银河帝国和银河联邦就开始发动了扩张。近乎疯狂的兼并战争开始了。
兼并战争开始后，拥有人类大半实力和其他别有用心种族支持的银河帝国实力最为雄厚，所到之处锐不可挡。实力仅次与帝国的银河联邦也不甘示弱，由于有终极人的支持和帮助，也是所向披靡。只有那些距离这两大势力都有一定距离的国家才能拥有发展的空间和时间，处于这两个国家较近的不是被收编，就是被迅速消灭了。
仅仅过了不到两百年，银河的形式就逐渐明朗了起来。除了帝国和联邦这两个大国外，只有三十多个国家逃脱了被兼并的厄运，另外在双方都不太感兴趣的银河系边区。还有一些小国家幸存下来。但也只是因为各大势力暂时顾不上收拾他们而已。
这场疯狂的兼并战争一直持续了四百多年才算告一段落，对银河系的生命造成了空前浩劫，有不少种族被灭绝。最后幸存的这些国家也是筋疲力尽、元气大伤，在形式明朗后，相继停止了扩张。转而把主要精力放到国内治理上来。虽然还经常发动小规模冲突。但是大规模的战斗已经很少发生了。
在这场弱肉强食的淘汰战争中，收获最大的是伯顿的银河帝国，控制范围达到了银河生命带的一半。实力已经接近全盛时期的塞特帝国。另外还和一直支持他的因鲁克人和其他几个种族建立了宇宙联盟。以对抗银河联邦和十四个国家组成的反帝国同盟。加上帝国拥有人类的全部科技资料和大半军事实力，在战争中一直占有不小的优势，故而发展极为顺利。
银河联邦虽然论军事实力远远比不上帝国，但是因为拥有所有终极人的支持，加上金阳这样的军事天才。发展也是异常迅速，控制范围从刚开始的两千多光年扩展到了现在的一万七千多光年，接近银河生命带的三成。
有了圣殿的帮助，重组科学院后的工作也进行的极为顺利。圣灵们均是各方面杰出的专家和权威，从事的基本都是各学科最前沿的工作。他们那种远超人类的信息存储量在这个时候，更是发挥出了难以比拟的作用。虽然失去了所有科技资料，但圣灵们把自己的科技资料设法提取后，加上各星球终端存贮的科学资料，虽然受到了一定影响。科技实力却在迅速的恢复。到兼并战争末期，已经追上了科技实力最强的银河帝国，在不少学科甚至凌驾与帝国之上。
希望战城可以说是最好的例子，虽然希望城在大规模战争结束前不久才服役，但在它参加的几次大型战役中，可以说是所向无敌。帝国为了对付希望城，曾经在风神星区争夺战中，集中了帝国十二座战城中的九座。而联邦的三座战城和盟友的两座战城也全部投入战场。希望城在圣灵舰队的配合下，不仅在绝对劣势下丝毫无损，反而在对方的四座战城围攻下，将其中三座战城击伤，其中一座还受到重创，在追击途中被帝国抛弃后引爆，取得了联邦建立以来最辉煌的胜利。
风神星区大战使希望城威震银河，加上圣灵舰队的配合。被公认为人类所有战城中战斗力最强的一座，就是因为风神星区之战和希望城，才迫使帝国停止了对反帝同盟的大规模进攻。使此前一直处于劣势的反帝同盟获得了喘息机会，从那时起，各国开始专心于国内的治理，恢复损伤的元气。
希望城中除了太阳圣殿外，还是联邦科学院中心分院的所在地，尽管这里只有一千多位一级院士，但还有超过一半的圣灵。圣灵们在战场是所向无敌的杰出战士，在科学研究方面也是无与伦比的科学家。将圣殿和科学院设在强大的希望城中，主要是为了充分利用圣灵的长处。同时、也是为了避免象太阳系的那种情况。
设在希望城的第三个部门是只有在希望城回到首都星系才会出现的空间防卫部，但外部的战舰和人员也不会进入希望城。只是把外部的星系安全部队纳在圣殿的指挥之下。虽然也是一个重要的部门，但是比起圣殿和科学院来，就显得不太起眼了。
由于体积庞大，希望城不能象普通战舰那样通过星门进行空间转换，而是采用另一种方式。在碟形的战城顶端，有一个象大帽子一样的装置，这就是移动星门，需要转换时，会分解为上百个可以伸缩的星门臂。当这些星门臂沿着固定的轨道移动到另一端时。就可以将战城转换的另一个空间了。
战城的空间转换所需时间很长，快的也需要半个小时，慢一点的至少要三个小时，这段时间可以说是战城最脆弱的时候。故此、在战城进行空间转换时，两个空间必须有足够的战舰进行警戒。这也是限制战城在战场作用的主要因素，虽然这次到太阳系是在一个很安全的环境中，舰队还是按规定进行了警戒。
曾经是光芒万丈的太阳如今已被浓密的尘埃云遮盖，即使是在原来地球的轨道附近，也只是能偶尔看到一个不太清楚的影象。因为地球已经不复存在，不用怕实验后期的爆炸影响地球，实验区进行了调整，由原来的距地球三十万公里调整到了不到十万公里的位置。这样可以更有效的利用黑洞能量，也能使实验时间延长一倍以上。
莫平在战城开始进行空间转换的时候，就已经坐回到他那宽大的指挥椅中，陷入了沉思。重新回到这个令他神伤魂断的星系，他已经再也伪装不下去了，一任那种已经很陌生的无力感将他征服。直到战城完成空间转换，他才恢复了一点活力。让个人智脑把外部环境以全息影象技术显示出